Ликвидацию коллегий и других отживших элементов старой административной системы Александр I предполагал осуществить на следующем этапе реформы. Разрабатывать же проекты дальнейших административных преобразований было поручено министру внутренних дел, которым стал В. П. Кочубей. Виктор Павлович остро нуждался поэтому в сотрудниках, наделенных государственным умом и способностями к составлению преобразовательных проектов. Именно таким человеком был Михайло Сперанский. И министр внутренних дел постарался переманить его к себе.
Сказавшись больным, молодой чиновник перестал ходить на службу в канцелярию своего начальника Д. П. Трощинского и втайне от него начал работать на В. П. Кочубея. За два-три дня до утверждения императором Александром Манифеста «Об учреждении министерств» Дмитрию Проко-фьевичу сделалась каким-то образом известной тайна «болезни» Сперанского. Немедля бросился он к государю и попытался вернуть себе способного помощника. Но не остался в стороне и Кочубей, желавший заполучить Сперанского в свое ведомство. Ф. Ф. Вигель писал впоследствии в своих мемуарах: «Надобно отдать справедливость этому Кочубею: он имел одно достоинство, которое исключительно должно бы принадлежать царям. В нем была удивительная способность выбирать людей, уметь их употреблять и знать им цену. От природы беден, он был самый искусный оценщик чужих сокровищ и без собственных капиталов, одним кредитом, был целый век богат».
Между Кочубеем и Трощинским разгорелся спор о том, где следует служить способному молодому чиновнику. «Сперанский должен необходимо состоять исключительно при Министерстве внутренних дел и быть поставлен вне всякого прикосновения к прежнему месту своего служения», — писал Виктор Павлович императору, добавляя к этим своим словам нечто очень похожее на обыкновенный донос (видимо, для придания большей убедительности своим аргументам): «Зависимость от двух начальников была бы неуместна даже и при действии обоих по одинаковым началам, а о г. Трощинском известно, напротив, что он есть один из самых упорных порицателей и врагов (!) нововводимой системы».
И то ли Кочубей оказался настойчивее, то ли был он более доверенным у государя лицом, или же у его величества просто-напросто возобладал здравый смысл, но в день 8 сентября одновременно с Манифестом, объявлявшим о начале министерской реформы, вышел и Высочайший указ, который повелел: «Статс-секретарю Сперанскому быть при Министерстве внутренних дел».
Новый начальник Сперанского превосходил прежнего почти по всем параметрам. Был Виктор Павлович еще сравнительно молод[14] (всего на три года с небольшим старше Михаилы Михайловича), хорошо образован[15], умен, знатен — словом, имел хорошую перспективу, в то время как Дмитрий Прокофьевич уже старел — опытный царедворец, он насквозь был пропитан старыми традициями и вряд ли мог подняться по ступеням государственной службы на большую высоту, чем та, которой достиг. На следующий день после издания Манифеста «Об учреждении министерств» император Александр назначит Д. П. Трощинского на скромную должность министра Департамента уделов. Дмитрий Прокофьевич будет занимать ее до июня 1806 года, после чего уйдет в отставку на целых девять лет, которые проведет в своем имении в Полтавской губернии. 30 августа 1814 года он будет назначен государем на пост министра юстиции. В августе 1817 года, за два месяца до того как ему исполнится 68 лет, Д. П. Трощинский окончательно оставит государственную службу. Умрет он в 1829 году.
В Министерстве внутренних дел чиновник Сперанский с самого начала стал ведать бумагами министра. 7 января 1803 года был издан нормативный акт, на основании которого в министерстве создавался Департамент, призванный выполнять роль канцелярии при министре. Сперанский занял пост директора Департамента. В подчинении у него оказалось сорок пять чиновников. В соответствии с указанным актом функции Департамента распределялись по четырем экспедициям: Первая ведала народным продовольствием и соляной частью, Вторая была экспедицией спокойствия и благочиния, Третья — государственного хозяйства и мануфактур, Четвертая ведала делами Медицинской коллегии и приказами общественного призрения.