Конфликты сибирских властителей с различными группами местного населения и с чиновниками, находившимися в подчинении министерств, а не генерал-губернатора, порождали потоки жалоб на имя государя императора. 10 октября 1813 года его величество повелел учредить при Комитете министров специальный комитет под председательством В. П. Кочубея «для рассмотрения поступивших от Сибирского генерал-губернатора представлений по делам тамошнего края». В состав Комитета по делам Сибирского края вошли: государственный контролер Б. Б. Кампенгаузен, главноуправляющий делами иностранных исповеданий князь А. Н. Голицын. И. Б. Пестель относил их к числу своих «величайших врагов». Включенные позднее в состав данного комитета член Государственного совета (государственный секретарь до 30 августа 1814 года) А. С. Шишков и министр полиции А. Д. Балашов также считались недоброжелателями И. Б. Пестеля.
Собирался Комитет по делам Сибирского края от случая к случаю и действовал до 4 февраля 1819 года. Он рассматривал на своих заседаниях представления генерал-губернатора И. Б. Пестеля, а также разного рода жалобы на действия сибирских губернаторов.
И. Б. Пестель был ярым сторонником реформы системы Сибирского управления. О том, какой мыслилась ему эта реформа, можно судить по его записке графу Аракчееву, составленной после 1810 года. В ней говорилось: «Трудно удержать благоустройство в той государственной части, которая управляется несколькими лицами. Точно так, как в частном быту, если в одном доме находится несколько хозяев, один от другого не зависящих, никогда почти не бывает доброго устройства. Управляемый мною Сибирский край, к несчастию, обретается точно в сем состоянии. Край сей не только по качеству населения своего и по отдаленности от верховного правительства, но даже по самому натуральному положению долженствует иметь
Намерение отрешить И. Б. Пестеля от должности генерал-губернатора Сибири император Александр проявил первый раз еще в апреле 1817 года. Вместе с ним его величество хотел отправить в отставку и томского губернатора Д. В. Илличевского. На пост нового сибирского генерал-губернатора планировался тогда командующий войсками, расположенными в Сибири, генерал-лейтенант Г. И. Глазенап. Но граф Аракчеев отговорил государя от этих намерений.
Поступившие к Александру весной 1818 года новые доносы на Н. И. Трескина, и в особенности доклад С. А. Гор-новского, в котором содержалась просьба к государю назначить для расследования деяний иркутского губернатора специальную комиссию с участием в ней иркутского совестного судьи и директора гимназии П. А. Словцова, заставили его величество принять решение по проблеме Сибирского управления.
Один из вариантов разрешения данной проблемы разработал председатель Комитета министров П. В. Лопухин. Он предложил осуществить две меры: 1) направить в Сибирь с задачей ревизии деятельности местной администрации двух сенаторов и 2) учредить специально для Сибири уголовный и гражданский департаменты Сената. По его мнению, данных мер вполне достаточно, чтобы прекратить беспрерывный поток жалоб из Сибири в столицу.
Министр внутренних дел О. П. Козодавлев был сторонником другого варианта решения проблем Сибирского управления. В его записке, переданной 24 октября 1818 года графу Аракчееву и показанной затем императору Александру, говорилось о том, что направление в Сибирь сенаторов для ревизии местного управления совершенно бесполезно. Вместо этого необходимо создать в самой Сибири Верховный совет, состоящий частью из чиновников, назначаемых правительством, частью из членов, избираемых из сибирских жителей разных сословий. При этом предполагалось, что именно совет будет уполномочен принимать решения по важнейшим вопросам управления Сибирью, а генерал-губернатор займет пост председателя этого совета с полномочием приостанавливать исполнение его решений. Кроме того, О. П. Козодавлев предлагал создать в Сибири настоящее городское самоуправление с широкими полномочиями, позволяющими управлять торговлей, промышленностью и системой образования.
Ни один из этих проектов не был принят даже к рассмотрению Комитетом министров.
Между тем вопрос о недостатках Сибирского управления обсуждался на заседаниях этого органа 14 и 16 ноября 1818 года, и после долгих дискуссий Комитет министров пришел к мнению о необходимости отставки И. Б. Пестеля и назначения нового генерал-губернатора Сибири. Особенно рьяно настаивал на этом министр внутренних дел О. П. Козодавлев.