При своем назначении на должность сибирского генерал-губернатора И. О. Селифонтов получил особую инструкцию, разработанную М. М. Сперанским и В. П. Кочубеем. Данная инструкция предоставляла ему расширенный круг полномочий. Генерал-губернатор назывался в ней «хозяином» вверенных ему губерний. Для содействия себе он мог создавать совет из высших чиновников Сибирской администрации, который имел только совещательные функции и не обязывал своими решениями генерал-губернатора.
И. О. Селифонтов был наделен правомочием назначать на должности в Сибирском управлении и смещать с них всех чиновников, кроме губернаторов, вице-губернаторов и начальников губернских палат, имевших свои «особенные начальства» в столице. На генерал-губернатора Сибири возлагался надзор за снабжением продовольствием населения и войск. Однако командование как военно-сухопутными, так и военно-морскими силами оставлялось при этом в подчинении военных.
Из-за малочисленности сибирского дворянства в Сибири не были сформированы предусмотренные «Учреждениями для управления губерний Всероссийской империи» органы дворянского самоуправления. Данное обстоятельство в сочетании с большой удаленностью сибирских губерний от столицы давало генерал-губернатору Сибири возможность действовать совершенно произвольно. В этих условиях российскому императору «не осталось иного делать, как избрать особу, заслуживающую доверие, и снабдить довольною властью разрешаться сами собою во всем том, что не терпит отлагательства».
Основываясь на результатах своей поездки в Сибирь в качестве «особенного чиновника», Селифонтов выступил с предложением об организации здесь в дополнение к Иркутской и Тобольской губерниям Томской губернии. Решение об этом было принято государем 6 июня 1803 года. 26 февраля 1804 года император Александр издал Указ «Об учреждении Томской губернии», гласивший: «Повелеваем: 1. Все пространство, составляющее ныне Тобольскую губернию, разделить… на две части, из коих первая, из девяти уездов, составлять будет губернию Тобольскую, а вторая, из восьми уездов, составит губернию Томскую».
Создание министерств по Указу от 8 сентября 1802 года привело к возникновению в местном управлении административных органов, подотчетных соответствующим министерствам и не подчинявшихся генерал-губернатору. Это порождало условия для конфликтов между двумя ветвями власти. Особенно остро подобные конфликты должны были протекать в Сибири, где генерал-губернатор считался «хозяином» и обладал самой широкой властью.
И первый крупный конфликт такого рода разразился в 1804 году, когда генерал-губернатор Селифонтов захотел удалить из своего края строптивого иркутского прокурора С. А. Горновского. На защиту последнего встал министр юстиции П. В. Лопухин, заявивший: «Я с моей стороны никак не позволю себе располагать участью чиновников, мне вверенных, при всем уважении к донесениям управляющих губерний, по одному их взгляду, по одному поверхностному обозрению». Министр внутренних дел В. П. Кочубей, которому непосредственно подчинялся Селифонтов, в ответ выразил мнение, что генерал-губернатор «есть первый и главный прокурор вверенных ему губерний». Одновременно он пояснил П. В. Лопухину: «Составляя в министерстве одно целое, мы не можем действовать раздельно, и как нет в губерниях ни ваших, ни моих чиновников, а все они служат равно Государю и Отечеству».
Стремление генерал-губернатора Селифонтова усилить свою власть и распространить ее на все сферы сибирского общества превратило его правление в борьбу всех против всех. Раздорами были охвачены даже его отношения с губернаторами. Особенно сильно конфликтовал он с руководителями Иркутской губернии, поскольку именно в Иркутске находилась резиденция генерал-губернатора. С 1802 по 1806 год на должности иркутскою губернатора побывало шесть человек.
Император Александр всерьез обеспокоился состоянием дел в Сибирской администрации в начале 1805 года. 20 мая указанного года его величество направил отправлявшемуся в Китай главе российского посольства графу Ю. А. Головкину секретное письмо, в котором сообщил, что до него дошли вести о беспорядках и злоупотреблениях в Иркутске. Государь поручил Головкину понаблюдать за действиями сибирского генерал-губернатора. В своих инструкциях ревизору Александр I заявлял: «Отдаленность сего края и особенные местные его положения делают весьма уважительными все способы, кои могут представиться к точнейшему познанию его нужд и к лучшему его устройству».
Ознакомившись на месте с деятельностью сибирской администрации, Ю. А. Головкин пришел к выводу о том, что Сибирью невозможно управлять на основании «Учреждений для управления губерний Всероссийской империи» и что поэтому этот край должен стать «отдельною и особливою частию в общем государственном управлении». По его мнению, Сибирью необходимо управлять не как губернией, а в качестве казенного поместья.