Термин «генерал-губернатор» появился еще при Петре I. Но в то время он использовался в качестве почетного титула или для названия руководителя местности, находившейся на военном положении. Создание института
Статьи 81 и 82 «Учреждений для управления губерний Всероссийской империи» определяли основные направления деятельности этих должностных лиц: «Должность государева наместника, или генерал-губернатора, есть следующая: строгое и точное взыскание чинить со всех ему подчиненных мест и людей о исполнении законов и определенного их звания и должностей, но без суда да не накажет никого; преступников законов и должностей да отошлет, куда по узаконениям следует для суда, ибо государев наместник не есть судья, но оберегатель ИМПЕРАТОРСКОГО ВЕЛИЧЕСТВА изданного узаконения, ходатай за пользу общую и государеву, заступник утесненных и побудитель безгласных дел. Словом сказать, нося имя государева наместника, должен он показать в поступках своих доброхотство, любовь и соболезнование к народу». Из содержания приведенных статей вытекало, что главной функцией генерал-губернатора являются общий надзор за управлением губернией и забота о соблюдении законов. Однако на практике генерал-губернаторы стали заниматься всеми текущими делами местного управления: они обеспечивали сбор налогов, поддержание общественного порядка и т. д.
Действительность показала, что на отдаленных от столицы территориях власть генерал-губернаторов становилась почти неограниченной. Не видя эффективных способов ее обуздания, Павел I вскоре после своего вступления на престол принял решение упразднить институт генерал-губернаторства, оставив его только для приграничных местностей.
Ко времени вступления на престол Александра I территория Сибири делилась на две губернии: Иркутскую и Тобольскую. Уже в первые месяцы Александрова царствования стал решаться вопрос о разработке для Сибирского края нового административного устройства, в полной мере учитывающего особенности этой обширной местности[4]. Дать Сибири «особенное образование» обещала в свое время еще императрица Екатерина II[5].
27 мая 1801 года «Непременный совет», рассмотрев вопрос об управлении Сибирью, признал, что «страна сия, по великому ее пространству, по разности естественного ее положения, по состоянию народов, ее населяющих, нравам, обыкновениям, промыслами и образом жизни толико один от другого разнствующих, требует как в разделении ее, так и в самом образе управления особенного постановления». Одновременно было принято решение направить в сибирские губернии для изучения местных условий «особенного чиновника» с заданием представить после этой поездки проект нового административного устройства Сибири, «приличнейший многочисленному разнообразию народов, в ней обитающих».
На роль такого чиновника император Александр своим указом от 9 июня 1801 года определил Ивана Осиповича Селифонтова. В первой половине 90-х годов XVIII века он занимал должность тобольского вице-губернатора. В 1796 году был назначен иркутским генерал-губернатором, но не успел вступить в эту должность, так как генерал-губернаторство было упразднено императором Павлом. Общие результаты поездки И. О. Селифонтова в Сибирь нашли свое отражение в отчете министра внутренних дел В. П. Кочубея за 1803 год, в котором говорилось следующее: «Расстояние Сибири от места Главного Управления, великое ее пространство, рассеянность населения и многие другие местные уважения, отличающие сей край от всех других губерний, давно уже заставляли помышлять, чтоб состав полицейского и судебного ее управления более приспособить к сим существенным различиям ее положения. Послание сенатора Селифонтова имело целью, чтоб точнее наблюсти сии различия и представить о положении Сибири сколь можно подробные и достоверные сведения. При рассмотрении здесь сведений, от него доставленных, открылись два рода неудобств, с настоящим состоянием ее сопряженных: одни происходили от самого состава управления ее; другие от разных злоупотреблений, временем и бездействием власти вкравшиеся».
13 июня 1801 года «Непременный совет» принял решение о целесообразности восстановления должности генерал-губернатора по всей территории Российской империи. 23 мая 1803 года был учрежден единый для Сибири институт генерал-губернатора с центром в Иркутске. На должность эту император Александр назначил И. О. Селифонтова. По словам Ф. Ф. Вигеля, он сначала «отговаривался и насилу принял должность, многотрудную для добросовестного человека».