Чтобы получить лучший обзор немецкой верховной структуры и оперативного командования с 1938-го по 1945 годы, отдел истории США предложил Гальдеру сотрудничество и контроль за дальнейшими исследованиями. Гальдер принял предложение летом 1946 года и составил собственную рабочую группу. Осенью 1946 года после многократных замещений и привлечения других сотрудников на добровольной основе в лагере Аллендорф под руководством Гальдера началась военно-историческая работа немецких офицеров как части отдела истории США.
Среди сотрудников и американцев Гальдер считался «последним живым представителем» образа мышления генерального штаба под руководством Мольтке, Шлиффена и Людендорфа. Таким образом, он стал «духовным центром» группы, занимающейся историей верховного главнокомандования сухопутных войск. Однако продвижение работы страдало от вынесенного в то время на Нюрнбергском процессе приговора немецким генералам, который привел к ожесточению пленных. Гальдер взял на себя роль посредника. Ему казалось целесообразным и дальше работать над проектом армии США, чтобы «продолжить борьбу против большевизма». Он надеялся на то, что западные союзники постепенно изменят свою позицию по отношению к немецким офицерам и военным институтам, в чем в конечном счете оказался прав. К тому же ему удавалось постоянно улучшать внешние и внутренние условия исследовательской работы, как, например, размещение и финансовые возмещения, переписка и возможность посещений. Его готовность работать на американцев не находила безраздельного одобрения среди бывших товарищей-генералов и офицеров генерального штаба. Прежде всего более пожилые офицеры критиковали работу Гальдера.
В конечном счёте исследовательские работы продолжались и после 1 июля, срока освобождения военнопленных, так как все офицеры генерального штаба должны были остаться при проекте как гражданские интернированные, пока не будет проведена их денацификация; другие сотрудники продолжали работать добровольно. С 1 июля 1947 года Гальдер принял на себя руководство всеми заключенными, переехавшими в новый лагерь Нейштадт недалеко от Аллендорфа. Как раз после освобождения из плена он постоянно старался улучшить условия труда и жизни офицеров, чтобы их не называли презрительно «оплачиваемыми писарями победителей» или бесчестными и бесхарактерными предателями. Так, он добился того, чтобы в лагерь приехали семьи.
Летом 1948 года группа была переведена в Кенигштейн в Таунусе, где были организованы и сформулированы новые задания. Гальдер стал руководителем «контрольной группы» отдела истории и должен был вместе с заместителем генералом фон Грейффенбергом и еще семью сотрудниками координировать и проверять выполненные на дому разработки по отдельным вопросам истории второй мировой войны. Почти 150 бывших офицеров генерального штаба и войсковых командиров работали надомниками и занимались разработками историографических исследований, при этом Гальдер организовал их подобно генеральному штабу. Благодаря этой работе Гальдер оказывал во время всеобщей нищеты и кризисов снабжения в оккупированной Германии после 1945 года значительную материальную поддержку многим своим товарищам, пока они не находили другой работы. И сам Гальдер извлекал пользу из заказа американцев, так как постепенно он стал признанным центром первой немецкой историографии о второй мировой войне. Различные рабочие группы и команды составляли под общим руководством Гальдера многочисленные описания отдельных вопросов истории второй мировой войны с немецкой точки зрения. Однако не было последовательного изображения военных событий; обрабатывались только те моменты второй мировой войны, которые армия США считала важными.
Хотя главнокомандующий США в Европе генерал Клей сначала намеревался закончить проект через год, он был потом продолжен на 1948 год, так как администрация США в рамках развития «холодной войны» требовала все новые заключения и экспертизы в качестве важных источников информации для войны на востоке. Наконец после очередного переезда в Карлсруэ в начале июня 1954 года работа была официально продолжена и распространена на исследования военно-воздушных сил. В качестве первоисточников обработчикам была в большом объеме предоставлена также немецкая документация, захваченная западными союзниками. До 1961 года под руководством Гальдера было составлено более 2 500 различных исследований.