Судя по текстам в книгах Чилам Балам, жрецы майя разработали сложнейшие мистические учения о богах, главным образом в связи с жреческим календарем, летосчислением и астрологией. Согласно этим учениям, боги правили миром поочередно, сменяя друг друга у власти. Четыре бога — Хобниль, Кан Цик Наль, Сак Кими и Хосан Эк' — сменяли друг друга у власти ежегодно. Они отождествлялись с богами стран света — Бакабами, Чаками и Павахтунами, а также с обожествленными ягуарами. Эти представления в своей основе фантастически отражают древний социальный институт смены власти по родам, и боги, сменяющие друг друга у власти, первоначально, вероятно, соответствовали тотемам сменяющих друг друга у власти родов. Аналогичным образом возникли представления о богах, сменяющих друг друга у власти каждое "двадцатилетие" (к'атун), отражающие, очевидно, позднейший этап, когда срок пребывания у власти значительно удлинился. Согласно жреческим учениям, было 13 богов, которые правили миром в следующем порядке: каждый бог находился у власти 30 лет; в течение первых 10 лет "двадцатилетия" он принимал власть у своего предшественника, затем 10 лет он правил один и, наконец, последние 10 лет (уже следующего "двадцатилетия") он правил вместе с преемником, передавая ему власть. Но эти боги не только поочередно правили миром. По Авенданьо (Минс, 1917, 141), 13 богам "двадцатилетий" соответствуют 13 провинций, на которые делился Юкатан, согласно древним традициям. Каждый из 13 богов постоянно правил одной из этих провинций и периодически — всем миром. Имена этих богов следующие: Яшхаль Чак ("двадцатилетие" 11 Ахау), Сак Вакналь (9 Ахау), Эк'Чуах (7 Ахау), Пуск'охом (5 Ахау), Яш Кокай Мут (3 Ахау), Амайте К'у (1 Ахау), Яшхаль Чуэн (12 Ахау), Лахун Чаан (10 Ахау), Амайте К'авиль (8 Ахау), К'инич К'ак'Мо (6 Ахау), Ах Бакокоб (4 Ахау), Булук Ч'аб-тан (2 Ахау), Ицамна Ицам Цаб (13 Ахау). Некоторые из этих имен понятны, например Лахун Чаан ("десятое небо", бог планеты Венеры), но многие не поддаются убедительной этимологии. Соответственно с тем, какой бог должен принимать или сдавать власть, его статую с подобающими обрядами вносили в храм или выносили. В таком же духе были тщательно разработаны мистические учения о том, какой бог является покровителем каждого дня в году, и даже каждого часа в сутки. На этих учениях основывалась жреческая астрология в своих предсказаниях.
У майя была особая категория жрецов, которые специализировались на пророчествах, — чиланы. Согласно книге Чилам Балам из Тисимина, способ пророчествовать был следующим: чилан уходил в комнату своего дома и, придя в экстаз, ложился там; считалось, что в это время чилан беседует с богом или духом, спустившимся на крышу дома чилана. Другие жрецы, собравшись в соседнем помещении, слушали откровение с опущенными лицами. В книгах Чилам Балам сохранилось много пророческих текстов. Кроме того, у майя были знаменитые оракулы, особенно в Чичен-Ице и на острове Косумеле. По Когольюдо, на Косумеле был пышный храм божества Теель Кусам, которое изображалось с лапами ласточки. Статуя этого божества, сделанная из терракоты, была пустой внутри и прислонялась к стене. В середину прятался жрец, который от имени божества давал ответы паломникам. Кроме того, на острове Косумеле был оракул богини Иш Ч'ель.
По словам Лисаны, правители и некоторые жрецы почитались у майя наравне с богами. Из описания Ланда видно, что имелся культ умерших правителей. Их пепел помещали в статуи, вероятно, портретные. Лица, которых приносили в жертву, в ряде случаев рассматривались как воплощение бога.
У майя имелись развитые космогонические и эсхатологические мифы (о начале и конце мира), известные отчасти по мифологическим текстам в книгах Чилам Балам, отчасти по этнографическим данным. Тоззер записал со слов индейцев в окрестностях Вальядолида (бывшая провинция Купуль) рассказ об эрах, которые пережили мир. В первую эру жили карлики