В сельской земледельческой религии важнейшую роль играли Чаки, боги дождя и покровители полей. По представлениям майя, Чаки были связаны с символикой цветов и странами света: красный Чак помещался на востоке, желтый — на юге, черный — на западе, белый — на севере. С Чаками очень тесно связаны Бакабы и Павахтуны, также находившиеся в четырех странах света. Различие между Чаками, Бакабами и Павахтунами не совсем ясно. По мнению Ройса, Павахтуны считались преимущественно богами ветра; представления о них оказались очень стойкими и сохранялись до XX в., но в результате христианизации майя стали называть красного Павахтуна св. Домиником, белого — св. Габриэлем, черного — св. Диэго, а желтого Павахтуна — богиню Иш К'ан Леош, покровительницу кукурузы — отождествили с Марией Магдалиной. И Чаки и Бакабы могли рассматриваться у майя (по-видимому, уже в жреческом толковании) как один бог Чак или Бакаб в четырех ипостасях. Далее, в земледельческой религии важнейшую роль играли бог кукурузы и бог смерти. Бог кукурузы всегда изображался юным. Имя его было табуировано и он назывался описательно Юм К'ааш ("владыка лесов"). Бог смерти изображался в виде скелета, звали его тоже описательно Ах Пуч ("разрушитель"), Юм Кимиль ("владыка смерти"), Мультун Цек' ("холм черепов").
Верховным богом в пантеоне майя был Ицамна, бог неба. Женой его считалась богиня Иш Ч'ель, богиня плодородия. По Лас Касасу, Иш Ч'ель была матерью богини Иш Чебель Яш, жены Ицамны и матери Бакаба, которого христианизированные индейцы отождествляли с Христом. Когольюдо называет женой Ицамны Иш Асаль Box, богиню луны и ткачества, а их дочь Иш Чебель Яш — изобретательницей рисования и искусства делать узоры на одежде. Эти противоречия объясняются тем, что в различных городах-государствах пантеон был разным; хотя некоторые божества были общими для всех, но называли их часто по-разному.
Ицамна, бог неба, обитающий на облаках, считался создателем цивилизации майя; ему приписывали изобретение письменности и наук; считалось, что он разделил Юкатан на провинции и дал название местностям. Жрецы считали его своим покровителем. Бог войны, покровитель военной знати, назывался по-разному и всегда описательно; К'ак'-у-пакат ("огненный лик"), Пак'ок ("несущий ужас"), Ах Чуй К'ак' ("вносящий огонь"), Хумпикток' ("8 тысяч копий"). К'ук'уль-кан считался покровителем тольтекской по происхождению знати; культ его был принесен в Юкатан тольтекскими завоевателями в X в. Купцы считали своим покровителем бога Эк' Чуах, который считался также покровителем плантаций какао. Бог полярной звезды Шаман Эк' ("северная звезда") был также покровителем купцов и путешественников.
В иероглифических рукописях майя и в произведениях искусства боги, как правило, изображаются в человеческом, образе, кроме К'ук'улькана, который обычно имеет тело змеи и человеческую голову. Но наряду с богами в мифологии значительную роль играли обожествленные животные. В иероглифических рукописях они часто изображаются с звериной или птичьей головой на человечьем туловище. К'инич К'ак' Мо ("солнечноглазый попугай"), по-видимому, олицетворял солнце и, по Когольюдо, в Ицмале отождествлялся с Ицамной.