Принявшую широкий размах палаческую деятельность учрежденной Ланда инквизиции приостановил прибывший 12 августа 1562 г. в Мериду епископ Франсиско Тораль. Последний справедливо опасался восстаний индейцев и постарался смягчить отношения между церковью и индейцами. Кроме того, конкистадоры воспользовались случаем свести счеты с не в меру деятельным монахом, виновником присылки в Юкатан королевских ревизоров, и в свою очередь обвинили Ланда в превышении своих полномочий и злоупотреблении властью. Ланда, а вслед за ним и поддерживавший его главный алькальд были отозваны. Епископ Тораль, продолжая укреплять позиции церкви в Юкатане, столкнулся с присланным в 1565 г. губернатором и в 1571 г. уехал в Мексику, где и умер. В 1573 г. в Юкатан возвратился Диэго де Ланда, на этот раз в качестве епископа. До самой смерти (1579 г.) он продолжал ссориться с губернаторами, отстаивая церковные интересы.
Лицемерные ламентации Ланда об угнетении индейцев и зверствах конкистадоров объясняются, конечно, не сочувствием к индейцам. Католическая церковь стремилась приобрести за океаном обширные епархии, приносящие верный и постоянный доход. Поэтому высшие церковные власти противодействовали обращению индейцев в рабство и истреблению их распоясавшимися конкистадорами. При этом небезынтересно отметить, что как раз франсисканцы, игравшие видную роль в колониальной администрации Антильских островов, в первые десятилетия после открытия Америки отстаивали прямой грабеж и рабство индейцев (сам Колумб, положивший начало рабству индейцев, был мирским членом ордена франсисканцев). В то время за свободу индейцев ратовали доминиканцы, которым на первых порах почти ничего не досталось. После завоевания Юкатана, где все богатства вначале захватили конкистадоры, "святые отцы" франсисканского ордена соизволили изменить свое мнение. Оказалось, что и они не хуже доминиканцев могут ратовать против нехристианского поведения конкистадоров, грабивших население только в свою пользу.
Значительный интерес представляет богословское отступление в конце главы XXXIX, объясняющее, почему католическая церковь считала укрепление своих позиций в Америке делом особой важности. В это время вся Европа была охвачена протестантскими "ересями" и Ватикан терял одну страну за другой. Доходы папской казны таяли с каждым днем. Хиреющий католицизм мечтал найти новую опору в американских колониях и направлял все новые и новые монашеские миссии для обращения в христианство завоеванных индейцев. Не следует, разумеется, преувеличивать образованность католических миссионеров. Когда надо было закрепиться в новой стране, в нее направляли обычно подготовленных ловких проповедников, которые тщательно изучали местный язык и обычаи. Но как только индейцы были крещены, а монастыри основаны, монахи все свои заботы направляли на увеличение монастырской казны. Уже Кортесу пришлось обратиться к императору Карлу V с просьбой "не посылать больше в Мексику каноников, ибо они ведут здесь необузданно роскошную жизнь, раздают громадные богатства своим незаконным сыновьям и подают скандальный пример индейцам, только что обращенным в христианство". Ланда в главе XLIII всячески увещевает священников быть усерднее и ставит им в пример... индейских "языческих" жрецов. Все эти увещевания, конечно, не помогли. Духовенство становилось все более невежественным и развращенным. Но католической церкви все же удалось добиться своей главной цели — католицизм в Латинской Америке пустил глубокие корни и даже до сих пор остается одним из главных оплотов ватиканских мракобесов, ведущих смертельную борьбу со всеми прогрессивными силами человечества.
В главах XX — XXXIII Ланда дает этнографическое описание майя в период перед испанским завоеванием. Эти главы охватывают самые разнообразные стороны хозяйства, социального строя, культуры и религии майя. Данные Ланда могут быть уточнены и дополнены не только сведениями других испанских источников XVI — XVII вв. (из которых важнейшую роль играют "Сообщения из Юкатана"), но и материалами этнографического изучения майя в XX в. В критическом рассмотрении и дополнении нуждаются прежде всего основные проблемы, которые следует выделить из всего громадного круга вопросов, затронутых Ланда.
Основу хозяйства у майя составляло земледелие, описанное у Ланда довольно кратко. Описание Ланда может быть дополнено этнографическими наблюдениями (Баррера Васкес, Ганн, Томпсон), так как в некоторых местах Юкатана древнее подсечно-огневое земледелие сохранилось в почти неизменном виде с XVI в. до нашего времени.