В результате завоевания численность индейского населения резко сократилась. Множество индейцев погибло во время военных действий, особенно при подавлении восстаний, когда жители подвергались массовому избиению. Не менее опустошительными были эпидемии завезенных европейцами болезней, особенно оспы и кори.
Колониальное управление в Юкатане долгое время оставалось неупорядоченным. В 1544 г. Юкатан подпал под юрисдикцию Пограничной Аудиенции, резиденция которой находилась в городе Грасиас-а-Диос в Гондурасе. В декабре 1546 г. в Юкатан прибыл аделантадо Монтехо и вступил в свои права, но уже в 1548 г. он был отозван в Испанию и смещен. После этого управление в Юкатане перешло в руки главных алькальдов (Alcalde Mayor). С 1560 г. главный алькальд Юкатана стал подчиняться королевской Аудиенции в Мексике.
После завоевания в Юкатане, как и в других испанских колониальных владениях, развернулась ожесточенная борьба по вопросу о порядке эксплуатации индейцев. В борьбе принимали участие три главные силы — конкистадоры, королевское правительство и церковь. Каждая из этих сторон старалась урвать себе возможно большую часть доходов от ограбления индейского населения. В первое время после открытия Америки конкистадоры обычно делили между собой завоеванные земли и индейцев и грабили их всеми возможными способами Владелец такого "надела" неограниченно распоряжался свободой и жизнью индейцев, заставлял их выполнять любые работы и взимал дань произвольных размеров. При этом было широко распространено легальное рабство. Охота за рабами приняла такие размеры, что за несколько лет все население Малых Антильских островов было переловлено и продано в рабство. Индейцы вымирали с невероятной быстротой, не принося никаких доходов королевской казне. Королевское правительство стремилось отнять индейцев у конкистадоров и превратить их в прямых данников короны. Но конкистадоры были слишком сильны в колониях, чтобы допустить подобное положение. В результате долгих дебатов были приняты различные половинчатые меры. Сначала индейцев разделили на "диких" и дружественных", причем под "дикими" понимались все индейцы, сопротивлявшиеся захватчикам (что рассматривалось как сопротивление обращению в христианство). "Диких" индейцев разрешалось обращать в рабство, а "дружественных" — не разрешалось. В 1530 г. рабство индейцев было формально отменено, хотя с этим очень долго никто не считался. Так, например, во время завоевания Юкатана у конкистадоров было столько рабов, что они ввиду недостатка денег платили торговцам за товары рабами. Далее, в 1543 г. королевское правительство ввело систему энкомьенды ("поручение"). Формально индейцы объявлялись свободными, а испанцы — "опекунами" приписанных к ним индейских общин. Согласно королевскому указу, испанские помещики должны были приобщать "опекаемых" индейцев к благам испанской цивилизации и христианства, а индейцы, в благодарность за это, должны были содержать своих "опекунов". Фактически помещик-энкомендеро получал право и на сбор дани и на безграничную эксплуатацию труда индейцев. Система энкомьенды возникла и развилась как форма тяжелой крепостной зависимости индейского населения от испанских завоевателей. При распределении энкомьенд королевское правительство в каждой провинции удержало за собой часть земель с населением, которое должно было работать на королевскую казну. Знатные индейцы, перешедшие на сторону испанцев, были приравнены к испанскому дворянству и получили "удостоверения в знатности" (proban-zas de hidalguia). Они тоже получали энкомьенды и немногим отличались от испанских помещиков. Так, хроника майя отмечает, что в 1610 г. "были повешены люди Тек'аша", восставшие против своего господина дона Педро Шиу, который, хотя и индеец, по словам Санчеса де Агиляр, "был настоящим католиком".
Область около озера Петен-Ица, куда ушла часть "людей ица" после разрушения Чичен-Ицы, долгое время оставалась независимой от испанцев благодаря окружавшим ее непроходимым лесам. Центром здесь был город Тах-Ица (Тайясаль) на острове Флорес, где правила династия халач виников из рода Кан Эк'. Эта область была завоевана в 1697 г., когда испанские войска с двух сторон, из Гватемалы и Юкатана, подошли к озеру Петен-Ица и разрушили город Тах-Ица.
Система энкомьенды формально была отменена королевским правительством в 1720 г., но фактически сохранялась в испанских колониях до XIX в.
В главах XVII — XIX Ланда описывает деятельность франсисканских монахов в Юкатане. Эти главы содержат много любопытных и ценных сведений, но в то же время являются наиболее тенденциозными. Под короткими, уклончивыми фразами можно распознать истинное лицо палача индейского народа, достойного сына католической церкви.