В-четвертых,параллельно со следствием проводился ряд дознаний для разъяснения сомнений, нет ли в обстановке крушения следов покушения с политической целью. И я и следователь были засыпаны различного рода доносами, нелепыми по своей фантастичности (например, в одном, подписанном «Русский» и пересланном из Острогожска, старик барон Шернваль обвинялся в злом умысле, тайно им организованном и подготовленном) или такими, б которых слишком ясно сквозила цель личного мщения тому или другому человеку. Ко мне являлись разные анонимные добровольцы, из которых один оказался впоследствии помощником присяжного поверенного, а другой провинциальным публицистом, и считали «священным долгом» сообщать мне самые невероятные и фантастические свои предположения о том, в каком направлении следует искать виновников в злоумышлении против жизни государя и его семьи. Но все предпринятые по этому поводу жандармским управлением розыски и исследования не привели решительно ни к чему. Замечательно, что при этом ни с чьей стороны не было даже и намека на образовавшуюся впоследствии легенду о каком-то мальчике, принесшем в вагон-кухню форму с мороженым, в которой будто бы заключался разрывной снаряд необыкновенной силы. По выяснении в этом отношении всего возможного генерал Владимирский и будущий директор департамента полиции Зволянский (впоследствии сенатор) заявили мне, что желали бы отбыть к месту службы, находя дальнейшее свое присутствие и наблюдение за дознаниями совершенно бесполезным. Я их не удерживал и скоро получил от Зволянского письмо о том, что министр внутренних дел, выслушав его подробный доклад, и с своей стороны нашел, что дело не представляет ни малейшего намека на политическое преступление. О ходе следствия я известил частными письмами и шифрованными телеграммами Манасеина, избрав первую форму, как наиболее удобную для сообщения ему моих предположений, сомнений и наблюдений. Составление и чтение шифрованных телеграмм меня чрезвычайно утомляло. Но письма я писал с удовольствием, отдавая в них отчет самому себе. Впоследствии оказалось, что Манасеин как-то сослался при докладе у государя на одно из этих писем и государь выразил ему желание читать эти письма. Манасеин не решился меня предупредить об этом, и мои письма с откровенными и подчас резкими суждениями о людях и о положении вещей посылались им государю, который возвращал их с подчеркнутыми синим карандашом и отмеченными местами. Письма эти, очевидно, читались в семейном кругу, потому что впоследствии Николай II, при представлении моем в январе 1895 года, сказал мне, что с большим интересом слушал чтение моих писем по делу о крушении поезда. Я мог их писать только по ночам, во время тягостных нервных бессонниц, так как днем и вечером я был непрерывно занят или на следствии, или в маленьком рабочем кабинете в дружеской обстановке гостеприимного дома А. Г. Хариной. Иногда, торопясь отправить письмо и вообще не желая доверить его посторонним рукам или любознательности харьковской почтовой конторы, я в 5 часов утра шел по пустынным улицам спящего Харькова на станцию железной дороги и сам сдавал письмо в почтовый вагон, проходивший на Петербург в седьмом часу утра. Эти длинные путешествия освежали мою голову и в то же время влекли за собою физическое утомление, дававшее мне краткий сон часов до 10 утра, когда надо было ехать в камеру прокурора палаты. К величайшему сожалению, эти письма, полные непосредственных впечатлений и представлявшие живую летопись следствия, исчезли бесследно и ни в бумагах министра юстиции, ни в переписке, оставшейся после покойного Манасеина, их найти не удалось.
19 ноября я получил телеграмму министра юстиции Манасеина, которою он вызывал меня в Петербург для представления государю личных объяснений по делу. Так как экспертиза в Технологическом институте была как раз к этому времени окончена, то я выехал в тот же день в особом вагоне, предоставленном мне, без всякой моей просьбы, железной дорогой. Скука одиночного заключения в пустом вагоне искупалась, впрочем, возможностью свободно ходить по большому салону, писать у стола и глядеть в широкое зеркальное окно на все убегавшую и на все выраставшую из-под вагона пару рельсов, светившихся вдоль бесснежного и сырого полотна дороги. Благодаря моему одиночеству я мог свободно обдумать все подробности дела и выработать план изложения, поставляя форму последнего в зависимость от обстановки и характера объяснений и приема. Я решился при этом коснуться и различных вопросов, указывавших на ненормальные условия нашего железнодорожного хозяйства, и раскрыть перед государе?л всю доступную мне картину беззастенчивых хищений и злоупотреблений железнодорожного мира.