Золя, как уже было сказано, со временем преодолел чрезмерное увлечение физиологией, связанное в ту пору, в середине 60-х годов, с отрицанием научной достоверности за социологией и даже философией, но он и в дальнейшем утверждал необходимость для литературного исследования ориентироваться на естественнонаучные методы. В статье об экспериментальном романе, представлявшей собою пятьдесят четвертое «Парижское письмо» в «Вестнике Европы» (1879, кн. 9), говорилось о примере Клода Бернара, который превратил медицину из искусства в науку — такую же, как физика или химия. Дело в том, что и физика и химия изучают мертвую природу, до К. Бернара казалось, что изучать живой организм можно только средствами искусства. Теперь, после создания экспериментальной медицины, выработан метод научного анализа не только мертвых тел, но и живых организмов, — физиология стала наукой. Для того чтобы психология, а значит, и социология приобрели черты науки, они должны усвоить экспериментальный метод. Эксперимент — это, по Бернару, «сознательно вызванное наблюдение» (observation provoqu'ee), выяснение связи фактов с их ближайшими причинами и установление причин, непременно приводящих к вполне определенным следствиям. «Романист-экспериментатор, — пишет Золя, — принимает доказанные факты, описывает механизм происходящих в человеке и в обществе явлений, которым овладела наука, и вкладывает свое личное чувство лишь в описание тех явлений, закономерности которых еще не установлены, стараясь при этом как можно больше контролировать свою априорную идею с помощью наблюдения и опыта». Теория экспериментального романа окончательно решила проблему «уголка природы, увиденного сквозь темперамент», в пользу объективных свойств природы: «темперамент» подвергается все более жестокому контролю, отныне он и сам рассматривается как факт объективной природы. Создавая теорию экспериментального искусства, Золя по-прежнему ссылается на опыт и авторитет Бальзака — первого, как он считает, «экспериментатора» в мировой литературе.
Золя неоднократно заявлял, что ставит жизнь выше искусства. «Я предпочитаю жизнь — искусству», — писал он в статье «Актеры». Художественная правда достижима лишь при том условии, если будут отброшены условности традиционных форм искусства и действительность как бы прямо, в своем первозданном виде, войдет в произведение: «…правда не нуждается в драпировках, — пусть она появится во всем блеске своей наготы». В статье о В. Гюго эта мысль получила выражение еще более резкое: «…мы — натуралисты (здесь в смысле „естествоиспытатели“. —
С наибольшей энергией этот аргумент был использован Золя в его многочисленных театроведческих работах, сыгравших немалую роль в становлении реалистического театра во Франции.
Во французском театре второй половины XIX века почти безраздельно господствовали эпигоны романтизма. Театр стоял в стороне от столбовой дороги литературы, он зависел от кассового успеха пьес, а значит, от буржуазной публики, искавшей в нем не ответов на животрепещущие вопросы общественного развития, не правду, а развлечение. Театр — как это доказал Золя своими исследованиями его состояния в 70-е годы — больше, чем литература, скован мертвящей традиционностью приемов: «В наши дни потребность в истине дает себя знать в театре, как и всюду, но в театре больше, чем где бы то ни было, эта потребность наталкивается на непреодолимые препятствия. Выработалась привычка к фальши, к сценическим условностям… извращенность вкусов зашла так далеко, что публику раздражают именно правдивые картины действительности, она видит в них лишь преувеличения, вызывающие комический эффект. Суждения зрителя искажены вековой привычкой». Драматурги, завладевшие французской сценой, эксплуатируют косность зрительской массы — это авторы «ловко скроенных пьес», в которых сюжет, интрига преобладают над анализом характеров; Золя тщательно изучает творчество таких своих противников в области театра, как А. Дюма-сын, Э. Ожье, В. Сарду, Э. Лабиш и другие. Все они, по мнению Золя, прежде всего буржуазные литераторы, удовлетворяющие прихоти своей невзыскательной и косной публики.