Первый самозванец, по меткому замечанию В. О. Ключевского, был испечен в польской печке, но заквашен в Москве. Новый Лжедмитрий также не миновал польской кухни, но его судьба была иной: его не допекли и не вынули из печи. «Вор» таился в темных углах самборского дворца в течение всего восстания 1606–1607 годов, не осмеливаясь показать лицо не только полякам, но и восставшему русскому народу.
Московские власти возлагали ответственность за восстание в Путивле на одного Шаховского, не зная того, что за его спиной стоял Молчанов. Князь Григорий, как отметил автор «Нового летописца», сказал путивльцам,
Самозванческая интрига, возрожденная усилиями Молчанова и Шаховского, во многом отличалась от интриги Отрепьева. Двадцатичетырехлетнему Отрепьеву не приходилось беспокоиться, похож ли он на восьмилетнего царевича Дмитрия, которого через пятнадцать лет после смерти забыли даже те немногие, кто видел его лично. Для нового самозванца главная трудность заключалась в том, что он нисколько не походил на своего предшественника, характерную внешность которого не успели забыть за несколько месяцев, прошедших после переворота. По временам Молчанов брался за исполнение роли царя Дмитрия, и тогда посетители Самбора видели его на «троне» в парадном зале Самбора. Но подобные инсценировки устраивались крайне редко и лишь для лиц, никогда не видевших Отрепьева. Роль самозванца оказалась Молчанову не по плечу. Результатом было новое и весьма своеобразное историческое явление —
Приняв на себя роль «Дмитрия» в Польше, Молчанов не посмел въехать в Путивль и занять трон на первом отнятом у Шуйского клочке земли. Путивляне хорошо знали и своего «государя» Отрепьева, и его придворного Молчанова, обман здесь был невозможен.
Жители Путивля сами пытались разыскать «воскресшего» царя и поторопить его с возвращением на родину. В двадцатых числах августа 1606 года духовник короля Барч сообщил нунцию Рангони, что в Киев приехала депутация из Северской земли, члены которой разыскивают Дмитрия и выражают твердую уверенность, что найдут его в одном из польских замков. Примечательно, что прибывшие из России представители восставших северских городов не знали точно, где скрывается «Дмитрий». Очевидно, в письмах в Россию Молчанов не указывал своего местонахождения. «Прелестные письма» нового самозванца рано или поздно должны были попасть в руки Шуйского, и тогда любое указание на Самбор повлекло бы за собой самые суровые санкции против Марины и Юрия Мнишеков.
Самозванческая интрига не получила развития. Тем не менее появление призрака в самборском замке оказало большое влияние на ход гражданской войны в России. Деятельность Молчанова в роли «законного царя» и преемника Лжедмитрия I развернулась по двум направлениям. Во-первых, он стал рассылать по всей России «прелестные письма» с призывом свергнуть узурпатора Василия Шуйского. Во-вторых, он предпринимал попытки поставить во главе повстанческого движения лично преданных ему людей. В силу традиции царские указы не имели подписи царя, но их непременно скрепляли печатью. По словам современников, инициаторам интриги удалось похитить государственную печать перед бегством из Москвы. Это позволило Молчанову не только составлять воззвания, но и производить назначения в повстанческом лагере. Сохранившаяся переписка между руководителями повстанческих отрядов содержит прямую ссылку на присланную им «государеву цареву и великого князя Дмитрия Ивановича всея Русии грамоту
Первоначально Молчанов предполагал направить в Путивль в качестве своего главного эмиссара дворянина Заболоцкого. Но тот был задержан на границе польскими властями. Потерпев неудачу с Заболоцким, Молчанов остановил свой выбор на казачьем атамане Иване Исаевиче Болотникове.