Развязка наступает поздней осенью 1581 года. Иван IV сначала избивает беременную жену своего сына Елену Шереметьеву (после побоев у нее происходит выкидыш), а потом и сына, который через пять дней умирает. После смерти слабоумного царя Федора в 1598 году династия Калиты пресекается. Остается добавить, что, по мнению многих современников, и сам Грозный был отравлен ближайшими приближенными Богданом Бельским и Борисом Годуновым (как и Андрей Боголюбский).
Неудачи русской историографии в объяснении опричнины вызваны чрезвычайно прямолинейным, лобовым ее рассмотрением, в результате все концепции опричнины не только противоречат современным ей источникам, но и не могут объяснить важнейшие политические события опричной поры — само ее учреждение (1564), отмену (1572), деятельность опричников и Новгородский погром 1570 года, второе издание опричнины и воцарение Симеона Бекбулатовича,— они или считаются не объяснимыми из-за недостатка источников, или (Новгородский погром и грабежи опричников) трактуются как печальные эксцессы, происходившие вопреки воле Ивана IV.
Когда С. Ф. Платонов в своей работе о Смутном времени и в лекционном курсе отказывался сводить назначение опричнины к обеспечению личной безопасности царя, не доверявшего старому государеву двору, он был прав так же, как был прав и С. Б. Веселовский, считавший, что территориальный состав опричнины противоречит мнению С. Ф. Платонова о том, что опричнина была «государственной реформой, направленной на слом княженецкого землевладения вообще на всем его протяжении», и что характеристика Платоновым бывших удельных князей как «могущественных феодалов, сохранивших некоторые права полунезависимых владетельных государей», запоздала лет на сто.
Потомки удельных князей и бояр, начавших служить московским князьям много поколений назад по договору и присоединивших свои княжества и земли к Московскому государству, и в середине XVI века продолжали считать себя соправителями царя, такой же исконно русской властью, как и царская. Многочисленные опалы и казни знати в царствование Ивана Грозного и его предшественников мало меняли это положение. Защищенная местничеством от проникновения в свою среду лиц из других социальных групп знать успешно восполняла все потери: места казненных занимали их дети и родственники. Чтобы добиться реализации своих представлений о сущности царской власти («Русские самодержцы изначала владеют всем царством, а не бояре и вельможи»; «Жаловать своих холопей мы вольны и казнить их так же вольны»), Ивану IV было необходимо заставить боярство отказаться от его собственного, боярского представления о происхождении, характере и структуре государственной власти; чтобы превратить бояр и титулованную знать в обыкновенных подданных, холопов великого государя, надо было уничтожить их прошлое — именно в этом был главный смысл опричнины. Рабы — люди без корней, без связей, без родины; перебор людишек, переселения, высылка в Казань означали именно такой разрыв с прошлым.
Однако опричнина не довольствовалась внешним отрывом знати от ее корней. Ее основная цель состояла в полном уничтожении прошлого. Известно, что Иван Грозный был первым из русских диктаторов, которые пытались изменить прошлое. Он неоднократно приказывал переписывать официальные летописи страны, вымарывая из них имена тех, кто подвергся опале и был казнен, или, наоборот, задним числом внося туда обвинения против опальных.