Перспективный путь решения вопроса о методологической специфике системного подхода связан с признанием неоднородной структуры методологии науки, с выделением разных уровней методологического знания и исследованием каналов их взаимодействия друг с другом.
Какое же место в сложной системе методологического знания занимает системный подход? Отвечая на такой вопрос, следует учитывать, что формирование системного подхода тесно связано с возникновением дисциплин так называемого системного цикла (кибернетики, теории организации, исследования операций и т. д.). В этих дисциплинах ясно обнаружилась тенденция к методологизации специальных отраслей научного знания. Нередко они разрабатывают собственные методологические аспекты, уделяют повышенное внимание методам приращения знаний. В рамках указанных наук сформировались представления о синтетическом характере их понятий и методов, выявлен междисциплинарный тип их теорий, был положительно оценен процесс унификации научного языка на базе понятия «система» и других родственных с ним понятий.
Обобщенный характер системного подхода проявляется в том, что он разрабатывается в русле концепции, которая стремится снять специфические черты конкретных методов системного исследования, обусловленные их происхождением, их связью с той или иной первоначальной сферой приложения, с решением тех или иных частных задач.
При этом теоретические средства системного подхода приобретают высокий уровень абстракции. Многие составные элементы системного подхода теряют свою гносеологическую наглядность вследствие разрыва в цепи, ведущей от них к конкретным областям знания. Однако они приобретают операциональную наглядность, становятся знаком некоторой операциональной стратагемы, представляющей собой схему системно ориентированной деятельности.
Принципиальное значение для формирования этой концепции системного подхода имеет положение, что в современной науке возникает нефилософский источник обобщающих тенденций. Данное положение учитывает возрастающую роль частных и особенных способов обобщения научного материала. В первую очередь учитывается прогрессивная роль математики в решении задач синтеза и интеграции научного знания. Ее применение к разнокачественным по своей природе объектам дает возможность переносить знания из одной области в другую и получать новые выводы и результаты. На уровне теоретического исследования математика дает возможность анализировать основные выводы и следствия теории с точки зрения общей формы.
В этом свете становление системного подхода правомерно трактовать как одно из проявлений процесса отпочкования от философии комплекса научных дисциплин, способных решать методологические задачи общенаучного порядка. К числу таких задач относится важная для нашего времени проблема интегративного взаимодействия наук.
Системный подход включается в процесс интегративного взаимодействия наук, разрабатывая весьма общие требования к выделению предмета исследования. Среди них на первый план выдвигается требование целостного изучения того или иного сложного объекта, которое оформляется в виде специфического образа, модели. Такой образ сохраняет известную неопределенность границ и не входит составной частью в специальный язык науки. В то же время он используется как база разработки норм и правил описания, создания модельных форм теоретических обобщений в специальных науках. Под этим углом зрения следует, например, рассматривать применение системного подхода к разработке синтетических теорий в современном естествознании.
Так, современная биология опирается на теоретико-методологические программы, которые выделяют ряд взаимодействующих аспектов многогранной сущности живого и уточняют системные признаки биологической организации материи. К общим сторонам этой сущности относятся многоуровневая природа жизни, принадлежность ее к различным типам функционирования во времени, нелинейный, ветвящийся путь генезиса и эволюции живого. Соответственно, объяснение феномена жизни строится с применением всех названных фундаментальных идей, которые рассматриваются как дополняющие и конкретизирующие друг друга. Системный подход в объяснении жизненных процессов реализуется также через использование синтетических понятий, на базе которых складываются интегральные методы биологического исследования. Примером может служить применение понятия о структурно-генетическом плане формирования отдельного организма, понятия об адаптациогенезисе как особой форме эволюции живых систем и др.
Конкретизируя представление о системном подходе, правомерно говорить о нем как о ядре широкой методологической концепции. Здесь важно подчеркнуть, что этот подход становится интеграционным центром, объединяющим большую группу общенаучных методов (методов структурного, функционального, информационного, вероятностного исследования и др.). Применяя эти подходы в единстве, современная наука раскрывает многогранную сущность универсального предмета научного познания, определяемого в качестве сложной динамической системы.