Когда в начале 1927 года раздумья об интерпретации квантовой механики приняли рациональный облик и Бор создал понятие дополнительности, Паули был одним из первых физиков, безоговорочно вставших на сторону новой интерпретации. Философская позиция Паули была изначально близка главной отличительной черте этой интерпретации, характерному сочетанию «выбора и жертвы» — тому, что при всяком эксперименте, при всяком вторжении в природу у нас есть возможность выбирать, какую сторону природы мы хотим высветить, но в то же время мы приносим жертву, будучи вынуждены отказаться от наблюдения другой стороны природы. При всем том в центре его философской мысли всегда стояло стремление к цельному пониманию мира, к единству, вмещающему в себя напряжение противоположностей, и он приветствовал истолкование квантовой теории как новую мыслительную возможность, позволяющую выразить единство, пожалуй, полнее, чем прежде. Алхимическая философия привлекала его своей попыткой говорить о материальных и душевных процессах на одном и том же языке. Паули пришел к убеждению, что поиски подобного языка могут возобновиться в той абстрактной сфере, в которую вступили современная атомная физика и современная психология. «Мне представляется, что попытка алхимии выработать единый психофизический язык провалилась только потому, что там шла речь о зримой, конкретной реальности. Но в сегодняшней физике мы имеем дело с невидимой реальностью (объектами атомарного уровня), в обращении с которой наблюдатель обладает известной свободой (поскольку он стоит перед альтернативой „выбор и жертва“), а в психологии бессознательного мы изучаем процессы, которые не всегда могут быть однозначно приписаны какому-то определенному субъекту. Попытка создания психофизического монизма представляется мне сегодня несравненно более перспективной, если искомый единый язык (еще неизвестный, нейтральный по отношению к дихотомии психического-физического) будет отнесен к более глубокой невидимой реальности. Тогда отыщется и способ выразить единство бытия, трансцендирующий, в смысле принципа соответствия (Бор), каузальность классической физики и предусматривающий в качестве особых случаев психофизические связи и согласование априорных инстинктивных форм представления с данными внешнего восприятия[110]. При таком подходе придется пожертвовать онтологией и метафизикой, зато выбор падает на единство бытия».
Из частных исследований, к которым Паули привели только что изложенные философские работы, особенно заметные следы оставлены его наблюдениями над символикой алхимиков, иногда встречающиеся в его письмах. В теории элементарных частиц, например, его захватывают различные переплетающиеся друг с другом симметрии с участием четырех элементов, непосредственно сопоставляемые им с тетрактидой пифагорейцев; или еще: «Двуделение и уменьшение симметрии, — говорит он в одном письме, — вот где зарыт Фаустов пудель. Двуделение — старый атрибут дьявола (недаром сомнение называют „раздвоенностью“)»[111]. Философские системы эпохи после картезианского раскола были ему менее близки. Он в очень определенной форме критикует применение понятия «априори» у Канта за то, что Кант прилагал этот термин к рационально фиксируемым формам созерцания или мысли. Паули подчеркнуто предостерегает: «Никогда не следует объявлять единственно возможными предпосылками человеческого разума рационалистически установленные и сформулированные тезисы». Имеющиеся в естествознании элементы априоризма Паули ставит в теснейшую связь с первообразами, архетипами юнгианской психологии, которые не обязательно считать врожденными: они могут медленно изменяться и зависеть от той или иной познавательной ситуации. Здесь Паули и К. Г. Юнг отходят от взглядов Платона, который представлял первообразы неизменными и независимыми от человеческой души. Архетипы — суть следствия или свидетельства более общего порядка космоса, в равной мере охватывающего материю и дух.
Думая об ускользающем пока от рациональной формулировки едином порядке космоса, Паули скептически относится к очень распространенному в современной биологии дарвинистскому воззрению, согласно которому развитие видов на Земле стало возможным лишь благодаря случайным мутациям и результатам действия законов физики и химии. Он ощущает эту схему слишком тесной и считает возможными более универсальные взаимосвязи, которые нельзя ни ввести в рамки причинно-следственных структур, ни адекватно описать с помощью понятия «случай». Мы постоянно находим у Паули стремление выйти из привычной колеи мысли и вступить на новые пути понимания целостной структуры мира.