Паули считает, кроме того, что кеплеровский символ вообще олицетворяет установку, из которой возникло современное естествознание. «Из внутреннего центра психическая сила как бы экстравертивно движется вовне, в телесный мир, все происходящее в котором заранее представляется автоматическим, самодвижущимся, так что дух, словно бы покоясь, охватывает этот телесный мир своими идеями». В естествознании Нового времени живет христианская модификация платонической «мистики света», которая отыскивает в первообразах единую основу духа и материи и предоставляет место для разнообразных степеней и видов понимания вплоть до познания истины спасения. Паули, однако, предостерегающе добавляет: «Эта мистика так светла, что, стремясь вдаль, она не замечает многих неясностей, чего мы, сегодняшние люди, не имеем права и не можем себе позволить». Позиции Кеплера он противопоставляет поэтому позицию его современника, английского ученого, врача Флудда, с которым Кеплер вступил, в ожесточенную полемику по вопросу о приложении математики к опыту, усовершенствованному количественными измерениями. Флудд здесь представитель архаически-магического описания природы, как оно практиковалось алхимией и вышедшими из нее тайными союзами.
Развертывание мысли Платона в неоплатонизме и христианстве привело к тому, что характеристикой материн стало отсутствие идей и, поскольку постижимое отождествлялось с благом, материю отождествили со злом. Мировая душа со своей стороны была по ходу дела заменена в новоевропейском естествознании абстрактным математическим законом природы. Алхимическая философия, представителем которой был Флудд, являла собой определенный противовес этой односторонне спиритуализирующей тенденции. Согласно взглядам алхимиков, «в материи живет дух, дожидающийся избавления. Алхимик, работающий в своей лаборатории, всегда вовлечен в природный процесс так, что реальные или мнимые химические процессы в реторте мистически отождествляются у него с психическими процессами в нем самом и получают одинаковые обозначения. Избавление вещества преображающим его человеком, увенчивающееся изготовлением философского камня, в мировосприятии алхимика — вследствие мистического соответствия между макрокосмом и микрокосмом — отождествляется со спасительным преображением самого человека силою деяния, удающегося лишь „по Божию благословению“». Ведущий символ этого магического восприятия природы — четверица, так называемая тетрактида пифагорейцев, складывающаяся из двух попарно полярных начал. Деление приписывается темной стороне мира (материи, дьяволу), причем магическим восприятием природы охватывается также и эта темная область.
Обе вышеописанные линии развития, берущие свое начало соответственно в платонизме и христианской философии, с одной стороны, и в средневековой алхимии — с другой, позднее распались каждая на две противоположные мыслительные системы. Платоническая мысль, первоначально ориентированная на единство материи и духа, распалась в конечном счете на научную и религиозную картины мира; а традиция, ознаменованная гнозисом и алхимией, породила на одном полюсе научную химию, а рта другом — религиозную мистику, снова отрешающуюся от материи (например, Яков Бёме).
В этих расходящихся и все-таки внутренне взаимосвязанных линиях духовного развития Паули видит взаимно дополняющие друг друга моменты, изначально определявшие западную мысль и ныне понятные нам лучше, чем в прежние эпохи, поскольку логическая возможность подобных соотношений сделалась для нас ясной на примере квантовой механики. В научном мышлении, особенно характерном для Запада, душа обращается вовне, она спрашивает о причинах. «Почему Единое отражается во многом, что здесь зеркало и что отражение, почему Единое не осталось одним?» Мистика же, одинаково чувствующая себя дома и на Востоке, и на Западе, пытается, напротив, жить единством мира, стремится разоблачить множество как иллюзию. Жажда научного познания привела в XIX веке к предельно упрощенному представлению о некоем объективном, независимом ни от какого наблюдения материальном мире, а в конце мистического переживания видится как предельное состояние вполне отрешившаяся от всех объектов, соединившаяся с божеством душа. Между этими двумя предельными представлениями, согласно Паули, как бы растянуто все европейское мышление. «В душе человека всегда живут обе установки, и одна из них неизбежно уже несет в себе зародыш другой. Тут возникает своего рода диалектический процесс, о котором мы не знаем, куда он нас ведет. Мне кажется, что мы как западные люди должны довериться этому процессу и принять противоположности в качестве двух дополнительных моментов. Выдерживая напряжение двух неустранимых противоположностей, мы должны признать также, что на всех путях познания и избавления зависим от факторов, находящихся вне нашего контроля и носящих в религиозном языке название благодати».