Роль активного члена «монархической организации, ставившей своей целью вести подготовку к свержению советской власти», была отведена и С. И. Фуделю. В постановлении о его аресте подчеркивалось, что якобы «часть участников этой организации стояла на позиции террористических методов борьбы с советской властью». Личная же вина недавнего военнослужащего усматривалась в следующем: «На протяжении ряда лет Фудель связан с руководителями организации архимандритом Серафимом Битюговым (умер), священниками B. В. Криволуцким (арестован), П. А. Шипковым (арестован), находившимися свыше 10 лет на нелегальном положении. Этих нелегалов Фудель скрывал у себя на дому и оказывал им материальную помощь. Дом свой представлял под сборища участников организации, где намечались и обсуждались формы и методы борьбы с советской властью» [217].
Выписанное 14 мая 1946 года постановление на арест C. И. Фуделя было на следующий день утверждено первым заместителем министра госбезопасности генералом С. И. Огольцовым — тем самым, что впоследствии прославился личным участием в убийстве С. М. Михоэлса и был одним из главных авторов «дела врачей». По свидетельству дочери Фуделя, кто- то из еще не схваченных друзей дал знать ему о том, что «арест дело даже не дней, а часов», — и он успел приехать в Загорск проститься с семьею [218]. Беда настигла Сергея Иосифовича 16 мая в арбатской квартире сестры Марии. После проведенного здесь обыска всё повторилось в загорском доме: трое гебистов сдирали ризы с икон, потрошили убогий скарб, рылись в ящиках, вспарывали обивку стульев — якобы в поисках «немецких листовок» [219]. Листовок не нашли, изъяли письма, стихи и «рукописные материалы религиозного содержания» [220].
17 мая Фудель был доставлен в знакомую внутреннюю тюрьму на Лубянке, и в тот же день состоялся первый допрос. На протяжении следующих четырех месяцев были задокументированы еще 12 многочасовых допросов (часто — ночных) и шесть очных ставок, хотя уже 29 мая следователь майор Карпов постановил, что С. И. Фудель «достаточно изобличается в том, что являлся участником монархической организации, по заданию которой на протяжении ряда лет проводил организованную вражескую работу» [221].
По тому же делу «антисоветского церковного подполья» были арестованы в марте, апреле и мае священник Владимир Криволуцкий и его двадцатидвухлетний сын Илья, студент авиационного института; работник НИИ Министерства авиационной промышленности Маргарита Тыминская, на квартире которой отец Владимир и был арестован после совершения им пасхального богослужения; священник Алексий Габрияник; священник Димитрий Крючков; капитан Красной армии военный переводчик Николай Романовский, после возвращения с фронта работавший вместе с Фуделем в Военном институте иностранных языков, тайный инок с 1933 года; Мария Закатова, до войны проживавшая с мужем в доме Фуделей; библиотекарь Лидия Андреева, духовная воспитанница скончавшегося 15 лет назад отца Владимира Богданова; Иван и Вера Корнеевы, на даче которых в Лосиноостровской была устроена на чердаке тайная домашняя церковь; Александр Некрасов, у которого Фудель жил в Хотькове в 1937 году; монахиня в миру Серафима (Ольга Сахарнова), духовная дочь владыки Афанасия; зубной врач Мария Тепнина, прихожанка архимандрита Серафима еще в период его открытого служения в московской церкви Святых Кира и Иоанна; художник Алексей Арцыбушев; московская учительница Пелагея Литвиненко; хирург Тамара Жилина — Евзович, мать семимесячного на момент ареста сына. Их было семнадцать человек, и не все они знали друг друга лично, но все были объединены принадлежностью к тайной, катакомбной Церкви не поминавших митрополита Сергия, к кругу епископа Афанасия (Сахарова) и архимандрита Серафима (Битюгова).