Продолжались переговоры и по линии Душанбе — Москва, причем последняя выдвигала также экономические предложения.
Внутренняя ситуация характеризовалась крайней напряженностью. Сообщалось о продолжавшихся разборках между различного рода местными лидерами, большинство из которых ранее были командирами отрядов Народного фронта, об убийствах журналистов, военнослужащих и представителей оппозиции.
18 июня в Тегеране начался второй раунд переговоров между делегациями правительства Таджикистана и объединенной оппозиции. В результате 9-дневного обсуждения по основному вопросу о прекращении огня, соглашение так и не было подписано, поскольку правительственная делегация не соглашалась на ряд условий, выдвинутых оппозицией, в том числе — освободить всех политических заключенных.
Не добившись политических результатов на переговорах, оппозиция развернула широкомасштабные боевые действия в Таджикистане, охватившие долину Тавильдары, Дарваз, некоторые районы Каратегина и Припянджья. Потерпев ряд неудач и понеся ощутимые потери в живой силе и технике, правительство вынуждено было направить в Тегеран делегацию, которой теперь оставалось только согласиться с условиями оппозиции. Таким образом, соглашение о временном прекращении огня было подписано.
В республике продолжалась предвыборная кампания, сопровождавшаяся силовым давлением на оппонентов и население. В Ходжент был направлен отряд кулябских боевиков численностью до 300 человек во главе с министром внутренних дел, бывшим душанбинским рэкетиром Я. Салимовым; начальники районных управлений внутренних дел Ура-Тюбе и Ганчи были заменены на лояльных Э. Рахмонову лиц; в СМИ развернута кампания по дискредитации основного оппонента Рахмонова — А. Абдуллоджанова, заключено «соглашение» с бывшим председателем Ленинабадского облисполкома А. Хамидовым — родственником А. Абдуллоджанова, которому за поддержку Э. Рахмонова был возвращен пост директора мелькомбината; начата кампания по запугиванию населения вооруженными группами с целью побудить граждан голосовать за Рахмонова. В столице эта акция сопровождалась составлением списков населения с личной подписью каждого жителя.
На юге продолжались бои, в которых активное участие приняла узбекская авиация, бомбившая не только Калаихумбский район Дарваза, но и некоторые районы Бадахшана.
6 ноября в Таджикистане, а также на единственном участке для голосования в Москве прошли выборы президента республики. Как и ожидалось, президентом был избран Э. Рахмонов.
В течение последующих недель, вплоть до начала 1995 года, продолжались отдельные стычки и операции в приграничной полосе юга Таджикистана, а также в Бадахшане, причем противоборствующие стороны последовательно обвиняли друг друга в нарушении подписанных договоренностей о прекращении огня. При этом оппозиция возлагала особую вину на российские погранвойска.
В 1995 году военно-политическая обстановка в Таджикистане не претерпела существенных изменений. В течение всего года продолжались попытки проникновения на территорию республики отдельных групп боевиков или более крупных отрядов из Афганистана, обстрелы застав и пограничных постов с сопредельной территории и т. д.
Однако дважды в течение года военная обстановка существенно осложнялась, и боевые действия приобретали широкомасштабный характер. Так, в начале апреля существенно обострилась обстановка в Бадахшане. Это было вызвано тем, что еще в октябре прошлого (1994-го) года Душанбе, в нарушение соглашения о временном прекращении огня, ввел в Калаихумбский район (Дарваз) батальон правительственных войск, который решил навести «порядок» в селении Дашти-Язгулем (в зоне, контролируемой силами самообороны Бадахшана). Отряд самообороны под командованием полевого командира Зайниддина не только отбил наступление, но и предпринял контратаку, в результате которой противник с большими потерями отошел к близлежащему кишлаку Хихик. В этих боях погибло 24 таджикских и казахских военнослужащих.
В середине октября существенно обострилась обстановка в Тавильдаринском районе в результате начавшихся широкомасштабных действий правительственных сил. 22 октября правительственные войска предприняли попытку силой отбить в Тавильдаре 57 военнослужащих, 14 октября захваченных в плен оппозицией. В этих боях участвовало свыше 500 солдат при поддержке 10 единиц бронетехники. В боях была отмечена узбекская авиация, бомбившая несколько селений. Правительственным силам противостояли около 1,5 тысячи боевиков.
9 ноября в Тавильдару был выброшен тактический вертолетный десант из 50 человек, который был почти полностью уничтожен. 8 и 9 ноября узбекская авиация бомбила расположения отрядов оппозиции в Гармском районе, а 10 ноября, по оппозиционным источникам, около 100 солдат и офицеров сдались в плен командиру одного из оппозиционных отрядов Мирзохудже Низомову.
21 ноября в 15:30 правительственные силы вновь предприняли наступление на Тавильдару. В нем участвовало около 500 солдат и офицеров, а также 21 танк и другая бронетехника.