В ночь с 12 на 13 июля отряд боевиков под командованием полевого командира афганца кори Хамидулло численностью более 200 человек прорвался на территорию Таджикистана в районе 12-й заставы. В результате ожесточенного боя погибли 24 пограничника, а также несколько военнослужащих 201-й мсд и сотрудников КНБ Таджикистана. [35]
Обострились боевые действия в районе Тавильдары, где правительственным войскам противостоял отряд Абдулгафура. Дорога из Душанбе в долину Каратегина была блокирована отрядами Нозима и Исмата. Оппозиционные силы контролировали также Рогун и Обигарм.
Начиная с конца июля активизировалась деятельность правительственных сил на памирском направлении, преимущественно в районе Тавильдары вдоль шоссе, ведущего через перевал Хабуработ в Хорог, что было вызвано, прежде всего, необходимостью подвоза продуктов в Бадахшан. Одновременно продолжалось практически непрерывное давление на российских пограничников со стороны отрядов оппозиции с территории Афганистана — преимущественно в районах 7-й, 10-й, 11-й и 12-й застав. При этом государственная граница была прорвана в нескольких местах — так, один из отрядов оппозиции численностью около 400 человек занял плацдарм шириной до 8 км и глубиной в 9 км.
В боях за перевал Хабуработ, который защищал отряд обороны Горного Бадахшана, в конце июля — начале августа были подбиты 7 танков и 4 БТРа правительственных войск.
Одним из печальных результатов гражданской войны стали многочисленные заболевания холерой, от которой только 2 августа в Пянджском районе скончались 6 человек, еще 132 жителя района в тяжелом состоянии находились в районной больнице.
3 августа около 20 часов правительственными войсками была предпринята массированная атака на силы бадахшанцев и отряды оппозиции, которую поддерживали 22 вертолета и 16 самолетов (так как авиации у Таджикистана фактически не было, это были самолеты и вертолеты узбекских ВВС, за штурвалами которых сидели российские летчики). Бомбово-штурмовые удары были нанесены по кишлакам Сайдо, Кулумбои-боло, Кулумбои-поён, Кур и Даштиджум. В результате погибло около 60 мирных жителей — в основном, старики и женщины, а также 14 детей.
6 августа с 8 утра парой Су-24 были нанесены бомбовые удары по селениям Дажти-шер, Лангаров, Калаи Хусейн и Хур.
В 14:00 правительственные войска штурмом взяли кишлак Калаи Хусейн, а через два часа 13 танков и 4 КамАЗа с пехотой вошли на территорию Клаихумбского района, закрепившись в селении Сагирдашт.
В этот же день в центре Каратегина — поселке Гарм произошло вооруженное столкновение между местными жителями и узбеками, проходившими службу в правительственных войсках. Причиной явилась попытка узбеков изнасиловать местных женщин. В результате боя были убиты 8 узбеков и 1 местный таджик, несколько бойцов НФ были ранены. Узбеки вызвали помощь из Турсунзадевского района, подоспевшую 8 августа на двух КамАЗах. В результате ожесточенных перестрелок, в которых гармцы объединились против узбеков с кулябцами, погиб 41 боевик.
7 августа в Москве состоялась встреча глав государств России, Средней Азии и Казахстана, посвященная ситуации в Таджикистане. На председателя Верховного Совета Таджикистана Э. Рахмонова было оказано сильное давление со стороны президентов Б. Ельцина и И. Каримова с целью заставить его пойти на переговоры с оппозицией. На этой же встрече под давлением России было принято решение о коллективной обороне таджико-афганской границы как границы СНГ.
В ночь с 9 на 10 августа правительственные войска подвергли бомбардировкам кишлак Сагирдашт, в результате чего появились новые жертвы среди мирных жителей. Сообщалось, что 9 августа на перевале Хабуработ установлен правительственный пост.
9-го же августа в результате диверсии возник пожар на складах боеприпасов 201-й мсд, расположенных в местности Ляур в 30 км от Душанбе. Лишь 11-го пожарные смогли приступить к тушению огня. Полностью было уничтожено 6 складов дивизионного значения.
10 августа в районе кишлака Кургов в Бадахшане перешедшие границу таджикские моджахеды захватили в плен 5 военнослужащих миротворческих сил СНГ: 4 российских солдат и 1 майора российского происхождения из Казахстана Сергея Петухова.
Продолжала обостряться борьба за власть не только между «Севером» и «Югом», но и внутри самого «Народного фронта». На севере, в Ленинабадской области, с лета предпринимался ряд мер, призванных обеспечить устойчивость власти в критической ситуации: создавались параллельные душанбинским органы государственного управления, науки, культуры и другие, должности в которых предоставлялись эмигрантам северо-таджикского происхождения из Душанбе. В Ходженте все громче раздавались голоса о неспособности власти стабилизировать ситуацию в республике, а в сознании населения укоренялась идея о необходимости создания в Ленинабадской области «свободной экономической зоны».