Практические занятия со студентами медицинского и естественного факультетов теперь были уже в числе рекомендуемых, то есть почти обязательных. На этом настоял Сеченов, доказав университетскому начальству абсолютную необходимость организации практических курсов и упражнений по физиологии.
Он добивается дополнительных ассигнований на приобретение нового инструментария и оборудования, расширения штата сотрудников института. Он хлопочет о присвоении звания экстраординарного профессора своему прозектору Льву Захаровичу Мороховцу и делит с ним всю работу по физиологической кафедре. Новый профессор обладает большими организаторскими талантами, и Сеченов поручает ему заведование институтом. Кроме того, Лев Захарович два раза в неделю читает студентам лекции. Сеченов берет на свою долю основную часть курса, практические занятия с участниками физиологического кружка.
В полное свое распоряжение Сеченов получил две комнаты в нижнем этаже (в одной из них теперь помещается музей его имени) и зажил в свое удовольствие с любимым учеником и сотрудником Шатерниковым. Отрешившись от всех административных и хозяйственных вопросов, он целиком отдается научной работе и занятиям со своими слушателями.
Он продолжает изучение газов и дыхательной функции крови, начинает изучение газообмена у животных и человека, зачинает новую отрасль физиологии — физиологию труда.
Михаил Николаевич Шатерников — сущий клад для Сеченова. Молодой и энергичный, со светлой головой и умелыми руками, он становится первым помощником профессора, а затем и его другом, сохранив эту близость и дружбу до конца дней Ивана Михайловича и став затем талантливым продолжателем его учения.
Первой совместной работой учителя и ученика было устройство придатка к манометру сеченовского абсорбциометра для быстрого, точного и многократного анализа атмосферного воздуха. Это было начало почти десятилетней совместной работы по газообмену у животных и человека. Вместе с Шатерниковым Сеченов затем сконструировал специальный дыхательный аппарат, позволяющий определять на людях газообмен в состоянии покоя и при мышечной нагрузке. А еще позже по идее Сеченова Шатерников построил более современный аппарат, на котором можно было ставить опыт любой продолжительности с предельной точностью.
Научные внуки Сеченова — ученики Шатерникова продолжили эти исследования по изучению затрат энергии человеком при различных видах физического и умственного труда. Так было положено начало еще одной отрасли отечественной физиологии — физиологии питания. На основании начатых Сеченовым и Шатерниковым исследований их ученики и последователи разработали научно обоснованные пищевые рационы для различных профессиональных групп населения и для различных возрастных групп.
Началом было изучение Сеченовым газов крови, продолжением — изучение газообмена в живом организме, завершением — диетология и оценка уровня окислительных процессов у здоровых и больных людей.
Как всегда, Сеченов не замыкался в своей лаборатории и в своем университете. Он с охотой принял приглашение читать лекции на женских курсах при обществе воспитательниц и учительниц. С удовольствием вспоминал он эти лекции:
«…И здесь, как в дружной семье бестужевок времен Надежды Васильевны Стасовой, чувствовалась та свобода и непринужденность, в связи с порядочностью, которые даются в семье только образованностью ее членов, порядочностью преследуемых семьей целей и любовным отношением старших к младшим. Отрадно вспоминалось в этой среде былое: на лекциях перед моими глазами опять сидели бескорыстно стремившиеся к знанию бестужевки с столь знакомым мне напряженным вниманием на лицах… Учреждение это имело благую цель — дать возможность пополнить образование учительствующим и готовящимся к учительству женщинам; оно не стоило правительству ни копейки, не требовало для слушательниц никаких прав и жило себе годы спокойно, но не пользовалось организованным правительственным надзором… и поэтому было закрыто, как только возникли высшие курсы Герье, Самоуправление у нас вообще не в моде…»
В 1894 году Сеченов открывал 9-й съезд естествоиспытателей и врачей в Колонном зале Дворянского собрания. Огромный зал был полон съехавшимися со всей России врачами. Иван Михайлович стоял на кафедре и с присущей ему простотой и доступностью рассказывал слушателям о «Предметном мышлении с физиологической точки зрения».
— На мою долю выпала высокая честь обратиться к вам первому с речью научного содержания, и так как мы собрались здесь на праздник научной мысли, то я нашел уместным избрать предметом нашей беседы вопрос о мышлении… Итак, речь у нас будет о мышлении предметами внешнего мира, воспринимаемыми органами чувств, о том, из каких физиологических элементов слагается предметная мысль; прежде чем она облекается в слово, какие органы участвуют в ее образовании…