По уставу, настоятель монастыря в XVI–XVII вв., как и раньше, в XIV и XV столетиях, избирался братией и утверждался епархиальным архиереем в так называемых ставропигиальных (подчиненных непосредственно Патриарху. —
Хотя упомянутые выше уставы указывают монастырской братии на необходимость послушания воле игумена, в то же время они определенным образом ограничивают власть и инициативу настоятеля; ограничивается эта власть собором монастырских старцев — советом наиболее опытных пожилых монахов, обычно из 12 человек. В уставе Евфросина этот собор вовсе не упоминается, напротив, в уставе прп. Иосифа собору монастырских старцев отводится важная роль в управлении обителью (главы 13 и 14). Из этих глав видно, что институт соборных старцев действовал параллельно с волей и властью игумена. Строго говоря, собор пока не ограничивал власть настоятеля, но в вопросах монастырской дисциплины имел почти такие же права, как и настоятель, ибо прп. Иосиф предоставляет собору право наказывать братий за нарушения устава и вообще осуществлять надзор за его соблюдением. Эта «конституционная» черта еще резче выразилась в уставе прп. Герасима Болдинского; как уже сказано, по этому уставу соборные старцы могли делать замечания и выговоры настоятелю. О праве соборных старцев указывать настоятелю на его ошибки говорится и в уставе архиепископа Макария, составленном для Свято-Духовского монастыря. Повиновение монаха настоятелю — это нечто совсем иное, чем безусловное послушание инока своему старцу. Может быть, это и было причиной того, что в XVI–XVII вв. старчество не нашло широкого распространения (особенно в киновийных монастырях).
Уравнение в правах настоятеля и соборных старцев несло в себе зародыш раздоров. Мы знаем немало примеров, когда игумен, пытавшийся бороться с нарушениями аскетических требований монастырского устава, терпел поражение, натолкнувшись на сопротивление братии, не желавшей следовать указаниям игумена и отказываться от своих противоречащих уставу привычек. Старец Паисий Ярославов, несколько лет управлявший Троице-Сергиевым монастырем (1479–1482), был вынужден сложить с себя сан настоятеля и возвратиться в белозерские леса. Старец Артемий смог управлять этим монастырем лишь полгода (1551), а затем из-за непослушания монахов сложил с себя настоятельский сан. Прп. Иосиф тоже вынужден был ссориться с братией. Митрополит Даниил (1522–1539) в пору своего настоятельства в Иосифовом монастыре, через несколько лет после кончины Иосифа, тоже испытывал трудности в отношениях с братией и даже составил особое сочинение, в котором объяснял братии основы общежития и оправдывал свои распоряжения. О непослушании братии упоминают почти все сочинения, в которых речь идет о негативных явлениях в монастырской жизни XVII в. Замена выборов настоятеля его назначением, что стало обычным делом в XVII столетии, разумеется, упрочила его положение внутри монастыря, отчасти и за счет соборных старцев.