Алексей Михайлович построил крепостные стены в 2 с лишним метра толщиной, а высотой до 8,5 метра. Все строительство происходило в 1650–1654 годах, перед самой войной с Польшей, когда сюда были привезены часы из возвращенного Руси Смоленска. Шесть из семи мощных башен до сих пор окружают обитель. Здесь располагался стрелецкий гарнизон, который позднее переберется в Саввинскую слободу (Стрелецкую слободу). От 100 до 300 стрельцов постоянно охраняли монастырь и царские покои. Сам же Алексей Михайлович ездил сюда не просто на службу, а жил здесь, устраивал обитель и даже, по воспоминаниям современников, руководил монашеской братией словно игумен. Панорама монастыря раскрывает царский замысел. С одной стороны он поставил собственный дворец. С другой — Царицыны палаты. Он создавал для себя новый дом, миниград, но не светский, а духовный, вокруг вновь тогда обретенных мощей преподобного старца (что произошло в 1652 году, 19 января — теперь это один из важнейших монастырских праздников).
Именно при Алексее Михайловиче в XVII веке строятся здесь новые храмы, а их стены покрываются уникальными росписями. Они были выполнены царскими иконописцами, руководили ими Степан Григорьевич Рязанец и Яков Тихонович Рудаков (Казанец). Росписи «Рязанца и Казанца» были удивительны для современников, считались образцовыми. Гордостью зодчих стала трапезная (1652–1654). Это было чудо строительной техники того времени. Ее третий этаж занимала палата, площадь которой была почти аналогична Грановитой палате Московского Кремля, то есть почти 500 квадратных метров. При Алексее Михайловиче появился и знаменитый 35-тонный колокол (настоящее чудо и отчасти рекорд!), ставший символом Звенигорода. Говорят, что низкий гул и звон его был слышен даже в Московском Кремле. Трудно нынче подтвердить эту легенду, ведь достижение мастеров-литейщиков было утрачено в XX веке…
В строительстве крепостных стен приняло участие свыше тысячи человек, которые расселились в округе на весь период работ. Это были суздальские и дмитровские каменщики, работники Дмитрова, Мячкова, Костромы, Владимира, Арзамаса, Можайска, Галича и самого же Звенигорода. Стало известно имя зодчего укреплений — Иван Шарутин, из известного тогда рода «каменных дел мастеров», именно из этой фамилии мастер Трефил вместе с товарищем, которого звали Огурцов, будет строить Теремной дворец Московского Кремля.
Благодаря Алексею Михайловичу Саввино-Сторожевский монастырь получил статус лавры. Первым и до конца XVII века — единственным в России! Только в 1688 году статус лавры приобретет Киево-Печерский монастырь, а в 1744 году — лаврой назовется Троицкая обитель, основанная Сергием Радонежским.
Известно, что в московских кремлевских палатах Алексей Михайлович окружал себя многочисленными иконами. Среди них насчитывалось 194 иконы (!) с ликами преподобного Саввы Сторожевского.
В году 1680-м царь Федор Алексеевич привезет в монастырь изготовленную лучшими мастерами Оружейной палаты по наказу его отца серебряную раку для мощей святого Саввы.
Саввино-Сторожевскому монастырю «повезет» и с другими монархами. В более поздние времена даже будут говорить о самом основателе обители — как о святом, утверждающем Царствие. Из XIX века идет мнение о том, что монастырь был призван «воспитывать в благочестии русских государей». Истоки такого «воспитания» можно относить и ко временам Юрия Звенигородского, и к царствованию Алексея Михайловича.
Известно повышенное внимание к монастырю со стороны Екатерины II. Узнав о временах Алексея Михайловича, о влиянии на его жизнь образа святого заступника и размышляя о необходимости нового походного дворца перед въездом в Москву из Санкт-Петербурга, она приказывает ремонтировать обитель. Проект заказали французскому архитектору Леграну. В него входил и загородный дворец — прямо на территории монастыря. По этому проекту предполагалось вообще снести часть стен, башен, церковь Сергия Радонежского и Царицыны палаты.
Но проект не осуществился всерьез (Москве «не везло», вспомним баженовское Царицыно, или — наоборот — везло!). Дворец не построили, стены не разрушили. Но ремонт кое-какой осуществили.
В течение XVIII и XIX столетий «к преподобному Савве» в Звенигород приезжали императрицы, императоры, великие князья и княгини, среди них — Елизавета Петровна и та же Екатерина II, Николай I и Александр II, Мария Федоровна и Мария Александровна, Михаил Павлович и Павел Александрович, сын Евгения Богарне (пасынка Наполеона) — герцог Максимилиан Лейхтенбергский и его супруга, дочь императора Николая I — Мария Николаевна.
Царственные особы много жаловали монастырю. Александр II обустраивал новые сени над мощами преподобного Саввы. А великий князь Сергей Александрович с супругой Елизаветой Федоровной в годовщину (500-летие) Саввиной обители пожаловали «массивную и драгоценную серебряно-вызолоченную лампаду с нижеследующей вокруг лампады надписью: «Святому Молитвеннику о Царях Богоизбранных».