В 1492 году Саввин монастырь, где основателя уже почитали как святого, перешел под непосредственное управление великого князя — Ивана III.
Наиболее значительные события развернулись в середине XVI столетия, когда о преподобном Савве Сторожевском вдруг вспомнили, для того чтобы провозгласить его в числе новых русских святых. В 1547 году его канонизировали на Первом соборе при митрополите Макарии. Впервые появился день его всеобщего почитания — 3 (16) декабря, единственная точно известная дата его жизни — день кончины. Именно тогда и напишет Житие Маркелл Безбородый. Ему поручил это сделать митрополит Макарий, а того попросили старцы Саввиной обители.
Известно, что к этому времени с южной стороны Рождественского собора уже появилась пристройка — придел во имя преподобного Саввы Сторожевского. Он выглядел как небольшая одноглавая церковь. В память об учителе преподобного в монастыре возводится каменная ндцвратная церковь во имя Сергия Радонежского, а также трапезная палата.
По случаю канонизации, в сентябре 1548 года в обитель неожиданно направляется сам царь — Иван Васильевич Грозный с супругой — Анастасией Романовной. Со времен Юрия Звенигородского здесь, видимо, еще не видели правителя Руси. Встреча с иноками немного смутила государя. В истории осталось его мнение о запустении в монастыре, «слабом житии иноков». После праздничного пира он увидел некоторую праздность монашествующих и отметил: «А на Сторожах до чего дожили? Уже и затворити монастыря некому!»
Однако времена менялись. Самые трудные дни монастырь в древнем Звенигороде переживал в так называемое Смутное время, в начале XVII века, когда не было праведного царствия на Руси, пресеклась династия Рюриковичей, когда в страну вторглись польско-литовские захватчики и посадили на престол самозванцев. И до того, как гражданин Кузьма Минин
До нас дошло уникальное свидетельство о том, каким уважением тогда на Руси пользовалась обитель преподобного Саввы. Оказывается, самозваному царю из Польши и его супруге Марине Мнишек было просто необходимо приехать в Саввино-Сторожевскую обитель, без чего русские и вовсе не признавали их за монархов. В сентябре 1608 года Лжедмитрий II собственноручно писал, что необходимо отправить жену «для поклонения святому в монастыре Звенигородском, дабы в Москве могло возрасти к нам великое уважение».
С особой неприязнью польские солдаты относились к православному духовенству, стремились захватить «богатства» из церковных хранилищ. Однако известно, что в этот период среди монахов монастыря почти никто не погиб. Во всяком случае, в документах нет сведений о трагической кончине кого-нибудь из иноков обители во времена смуты.
В Звенигородском крае до пришествия лютых грабителей — обоих Лжедмитриев и королевича Владислава — известно было несколько монастырей, часть из них, как предполагается, была задумана и, быть может, заложена еще князем Юрием Дмитриевичем — сыном Дмитрия Донского, а значит, возможно, и по благословению старца Саввы. Но только одна Сторожевская обитель, находящаяся под покровительством святителя, не погибла, не была сожжена дотла и ожила во времена возрождения монархии и появления новой царской династии Романовых.
Именно в это время, в течение почти полувека, преподобный Савва Сторожевский уже почитался как святой, и с каждым годом множество паломников стремились к обители чудотворца и целителя.
Кардинальные перемены в жизни монастыря произошли при царе Алексее Михайловиче. Обитель стала называться «собственным государевым богомольем» и превратилась в уникальный храм-дворец богомольного правителя Руси. Именно он начал грандиозное строительство стен и башен, новых зданий. Этот облик монастыря, собственно, и дошел до наших дней. И если его величие поражает наших современников, то можно себе представить, какое впечатление он производил на гостей XVII века. Одним из них стал патриарх Антиохийский Макарий III, сын которого, писатель Павел Аллепский, оставил уникальный документ. Он запечатлел все события чуть ли не по часам. Отсылаем читателя в раздел «Дополнительные материалы», дабы ознакомиться с отрывком из этого неповторимого по колориту сочинения.