Самый ход событий, казалось, неудержимо толкал Савонаролу на политический путь, несмотря на благое решение не вмешиваться в дела политики. Нравственно-этическая реформа, которой он добивался взамен «эстетических» новаций Медичи, неумолимо требовала этого. Отныне каждому новому закону республики предшествует проповедь Савонаролы, и даже речи граждан во вновь избранных Советах города — только послушное эхо его проповедей. Да и сами законопроекты — нечто вроде его пастырских посланий. С их помощью фра Джироламо воцаряется над Флоренцией безраздельно.
Савонарола 12 декабря выступает перед магистрами и народом с программой, где цели нравственного совершенствования тесно сплетаются с задачами экономическими и политическими. С истинным торжеством победителя объявляя всеобщий мир, прощающий сторонников прежнего режима, и снисхождение всем должникам, он провозгласил форму всеобщего управления — «нового и святого», дающего право участия в нем всем гражданам, которым, согласно древним законам, и принадлежит государство.
И начинается полным ходом реорганизация его устройства — продолжается плодотворно развитие переворота, который в различных его фазах Савонарола патетически сравнивал с семью днями творения. В качестве первых реформ народовластия восстанавливаются в их полном значении и объеме республиканские учреждения, утратившие значение при Медичи. Законодательный Большой совет и исполнительный Совет Восьмидесяти становятся чем-то вроде древнеримского Народного собрания и Сената, причем фра Джироламо проводит восторженную параллель между новым правлением и ангельской иерархией. Он предлагает собирать на неимущих во всех церквах, чтобы издержать на них «по крайней мере» деньги, которые назначались обычно в пособие Пизанскому университету. В результате университет, восстановленный в свое время заботой Лоренцо Медичи, был закрыт вследствие очередных волнений в вечно готовой к возмущению Пизе. Если ассигнований, изъятых у университета, окажется недостаточно, Савонарола рекомендует продавать церковные сосуды и украшения, первый готовясь подать тому пример в церкви Сан Марко. Но важнее всего издать постановление, чтобы «дана была работа народу, который праздно шатается по улицам».
В экономическом плане Савонарола требует обложить налогами недвижимые имущества богатых, поскольку отныне «коммуна есть отец и потому всякий обязан помогать ей». А посему все остальные налоги, лежавшие прежде непосильным бременем на бедняках, отменяются. 28 декабря 1495 года проводится законопроект, начинающийся словами: «Блажен тот, кто заботится о бедном и нуждающемся. В день гнева он будет помилован Господом». Этот закон положил начало изгнанию из Флоренции дотоле всесильных ростовщиков. Вместо их многочисленных контор учреждается государственный Ломбард. День его открытия выливается в подлинно всенародный праздник.
В июне 1495 г. выпускается весьма оригинальное постановление, в котором «Великолепные члены Синьории и Гонфалоньер, принимая во внимание, что мессер Данте Алигьери, правнук поэта Данте, не может возвратиться в город, ибо не заплатил налога, который следует взыскать с него по определению Синьории прошлого ноября и декабря, и считая делом добрым выказать какую-нибудь признательность к памяти поэта, бывшего украшением Флоренции, определяют: указанный мессер Данте должен считаться свободным от всякого изгнания, ссылки и т. д.». Поклонник Алигьери, Сандро Боттичелли должен был улыбнуться подобному решению, задним числом отпускающему несуществующие грехи его любимому поэту.
Близость особой «революции духа» Боттичелли по-своему развивает в торжественной композиции «Мадонны на троне». В так называемом «Алтаре св. Барнабы» он вновь обретает себя в своем истинном качестве лирического откровения после напряженно-застылого великолепия и аллегорического многословия работ, подобных «Мадонне Барди».
В большом многофигурном алтарном образе Боттичелли синтезирует, своеобразно преломляя, художественный опыт сугубо интимных своих произведений типа «Маньификат» и «Мадонны с гранатом». Предстоящие изящному трону Марии святые образуют два крыла по сторонам, как ангелы в вариантах «Мадонны с гранатом». Строгая перспектива архитектуры и пола оттеняет текуче-волнистую гибкость очертаний фигур. Вся сцена обрамлена большой аркою свода, который должен символизировать вселенскую природу церкви, а классические формы арки — ее чисто римское происхождение.