Министрам приходилось делить полномочия не только со Ставкой. В годы войны изменилась сама процедура принятия решений. Большую силу обрели Особые совещания (прежде всего – Особое совещание по обороне под председательством военного министра), включавшие представителей администрации, Думы, Государственного совета, общественности. Компетенция этих учреждений пересекалась с кругом ведения Совета министров. В этой связи главноуправляющий землеустройством и земледелием А. В. Кривошеин говорил о фактической самоликвидации правительства. Поскольку такие общественные организации, как Всероссийский земский союз (ВЗС) и Всероссийский союз городов (ВСГ), часто вмешивались в дела государственного управления, по его мнению, это практически наделяло председателя ВЗС князя Г. Е. Львова полномочиями премьер-министра.
Правительство, оказавшееся в столь сложном положении, не было однородным по своему составу. Некоторые министры (А. В. Кривошеин, С. Д. Сазонов, П. А. Харитонов и др.) поддерживали тесные контакты с общественностью, думской оппозицией, порой даже согласовывали с ней свои действия. У них формировалось стойкое убеждение, что состав кабинета должен соответствовать общественным и, в частности, думским настроениям. Председатель Совета министров И. Л. Горемыкин был иного мнения, чем вызывал раздражение у некоторых своих коллег. Министры – сторонники компромисса с Думой – полагали необходимым уволить своих оппонентов из правительства. В мае 1915 года Кривошеин подготовил несколько вариантов состава кабинета, который включал бы и представителей общественности. Согласно одному из этих вариантов правительство возглавил бы П. А. Харитонов, согласно двум другим – сам Кривошеин.
В июне 1915 года Сазонов, Барк, Кривошеин, Рухлов, Харитонов потребовали немедленного созыва Думы и изменения состава Совета министров. Они обратились к Горемыкину, который должен был предоставить соответствующее прошение императору. Горемыкин поддержал инициативу коллег. В итоге были уволены военный министр В. А. Сухомлинов, министр юстиции И. Г. Щегловитов, министр внутренних дел Н. А. Маклаков и обер-прокурор Святейшего синода В. К. Саблер.
Некоторые в правительстве ждали отставки и самого премьера И. Л. Горемыкина, полагая, что его мог бы заменить Кривошеин. При этом они рассчитывали на компромисс со складывавшимся думским большинством – Прогрессивным блоком.
6 августа 1915 года министры почти единодушно высказались против принятия императором обязанностей верховного главнокомандующего. Но Николай II не собирался отступать от своего решения. 20 августа почти все члены правительства, за исключением Горемыкина, просили царя отложить отъезд в Ставку. Однако государь отверг и эту просьбу. На следующий день министры подписали письмо царю об опасности сложившегося положения, о рисках, которые он принимал на себя, возлагая столь тяжкие обязанности. Наконец, они выражали свое недовольство Горемыкиным и одновременно высказывались в пользу сотрудничества с недавно образовавшимся Прогрессивным блоком. 16 сентября правительство в полном составе собралось уже в Ставке. Председательствовал император. Он говорил глухим голосом, с явным оттенком неудовольствия: «22‐го [августа] мы расстались в Зимнем дворце. Накануне вечером я совершенно точно выразил мою волю об отъезде для принятия верховного командования и после этого получил письмо, подписанное многими из вас, с просьбой о том, чтобы я не ехал. Высказываю неодобрение за письмо, удивившее и огорчившее меня. Не сбылось мнение, в нем выраженное: вся истинная Россия со мной, а что говорят в Петрограде и в Москве – мне все равно… Я имею полное доверие к председателю Совета министров и надеюсь, что он долго останется председателем и что все будут следовать его руководству…» Горемыкин дал возможность высказаться своим коллегам. Взял слово Кривошеин, который говорил о необходимости сотрудничать с Думой. Схожие мысли отстаивали П. А. Харитонов, Н. Б. Щербатов, С. Д. Сазонов. А. Д. Самарин говорил о пользе диалога с общественными организациями. Министры высказывались эмоционально, с жаром, а Горемыкин язвительно комментировал их выступления. Итоги подвел царь: «Я вас выслушал, и когда приеду в Царское Село, то там, – делая жест, как бы разрубая что-то, – решу». Решения последовали. В конце сентября 1915 года были уволены А. Д. Самарин и Н. Б. Щербатов, а в октябре – Кривошеин.
Бывший в те дни помощником управляющего делами Совета министров А. Н. Яхонтов впоследствии вспоминал: «Совет в августе 1915 г. умно, не без ловкости и с глубоким сознанием сущности переживаемых событий справлялся с безмерно трудной задачей лавирования на трясине, по которой бушевали опасность гибели в окончательном военном поражении и в революционной бездне». Вместе с тем правительство вышло из этого кризиса, настроив против себя Думу, утратив остатки авторитета у общественности, демонстрируя свою неэффективность в деле управления страной.