Депутат Б. И. Каразин в марте 1913 года писал жене, пересказывая ей один забавный случай из жизни бюджетной комиссии: «При входе Коковцова во время заседания два пограничных генерала встают и встают чиновники канцелярии, ведущие делопроизводство, из членов Думы вскакивает также [К. А.] Невиандт (Полтавский). Легкий смех. Недурной отпечаток кладет чиновничество». Коковцову не составляло большого труда отвечать на критику народных избранников: «Сейчас Шингарев лезет на Коковцова. Эрудиция у Коковцова большая и как-никак впечатление такое, что думцы слабее. Шингаревские же вопросы наивны, так как их разделывает Коковцов легко и спокойно». Впрочем, далеко не всегда министры столь успешно справлялись с задачей. Сюда «являлись как бы на экзамен, или, скорее, на суд в последовательном порядке все ведомства, одно за другим», – вспоминал бывший министр торговли и промышленности С. И. Тимашев, который практически не пропускал заседаний комиссии. «Надо было видеть и полюбоваться, как искусно и с каким достоинством профессор Алексеенко вел заседания с приглашенными министрами: он был в высшей степени корректен и любезен. Но стоило какому-либо министру… поверхностно отнестись к делу или к задаче Государственной думы, как он моментально его осаживал». Так, он «осадил министра торговли Шипова, который думал отвертеться на пустяках или с кондачка: профессор Алексеенко произвел ему… экзамен, и министр отвечал так неудовлетворительно, что всем стало неловко». 24 марта 1913 года депутат Каразин писал домой: «Сижу в бюджетной комиссии, где распинают Тимашева за эксплуатацию нефти… Тимашев слаб, и, судя по нему, министром быть не трудно». Чаще всего вопросы не были всегда сугубо финансовыми. Один из лидеров националистов А. И. Савенко с нескрываемой радостью писал жене: «Сегодня в бюджетной комиссии я много спорил с министром иностранных дел Сазоновым (о нашей внешней политике) и посадил его в калошу». Министрам оставалось сетовать на недисциплинированность правых депутатов. Оппозиция (кадеты и прогрессисты) аккуратнее посещала заседания, создавая трудности руководителям ведомства.
Чаще всего утверждение бюджета занимало большую часть времени пленарных заседаний. Обычно дискуссия по вопросам бюджета требовала около 90 часов (то есть 15 заседаний). Выступление каждого из 45 докладчиков (по всем сметам) укладывалось в 30 минут, что подразумевало еще четыре дня заседаний. Четыре дня обычно уходили на разъяснения ведомств. Наконец, само голосование требовало не менее 5 заседаний: следовало проголосовать около 650 номеров сметы (иными словами, по три минуты на каждый номер). Таким образом, на обсуждение бюджета должно было выделяться не менее 28 заседаний. На практике на государственную роспись уходило около трети всех пленарных заседаний.
В ходе ее обсуждения поднимались вопросы, которые были вне компетенции Думы или же только опосредованно были связаны с бюджетной проблематикой. В марте 1910 года, рассуждая о смете Министерства торговли и промышленности, октябрист М. Д. Челышев поставил вопрос о государственной монополии на торговлю хлебом. В марте 1912 года, при утверждении сметы Синода, Гучков заявил о вредной роли Г. Е. Распутина в ближайшем окружении императора, в апреле 1912 года П. Н. Милюков, выступая о бюджете МИД, дал оценку внешнеполитического курса России, в мае 1912 года В. А. Маклаков свою речь о смете Министерства юстиции посвятил положению Сената. Обсуждение бюджета шло не вокруг цифр, но по принципиальным вопросам. В некоторых случаях это даже были политические демонстрации. В. Н. Коковцов вспоминал, как при обсуждении росписи на 1909 год его беспощадно критиковал А. И. Шингарев за заключение внешнего займа. Министр подошел к депутату после заседания с просьбой прокомментировать свою точку зрения. В ответ Шингарев признался, что считает принятые Россией обязательства по кредитам оптимальными. Рядом стоял депутат Мотовилов, который заметил Коковцову, что тот делает «большую ошибку, предполагая, что члены Думы думают то, что говорят, так как многое говорится для совершенно посторонних целей».
Порой думские лидеры, тесно сотрудничавшие с премьер-министром и министром финансов, оказывались посредниками между отдельными ведомствами и руководством правительства. Так, председатель Думы Гучков вел переговоры со Столыпиным и Коковцовым о дополнительных кредитах Военному министерству, фактически выступая представителем последнего. В июне 1910 года он писал А. А. Поливанову: «Вчера имел большой разговор с П. А. Столыпиным и Коковцовым по поводу военных кредитов, которые можно было бы внести в смету 1911 г. Условия сведению бюджета намного благоприятнее, что, мне думается, можно миллионов 60–70 чрезвычайных расходов втиснуть. В эти рамки, мне думается, уложатся Ваши потребности и по продолжению Кронштадтских работ и по артиллерии… и по запасам. В этих пределах Коковцов обещал. Вам он, вероятно, не сразу поддастся. Поэтому лучше не говорите ему, что Вы знали о нашем уговоре».