Правительство часто преуменьшало размеры будущих доходов. В итоге у него оказывались заметные излишки так называемой свободной наличности, которой можно было распоряжаться практически по своему усмотрению. К 1 января 1909 года свободной наличности было 1900 тысяч рублей, в 1910 году – 107 400 тысяч, в 1911 году – 269 800 тысяч, в 1912 году – 473 400 тысяч, в 1913 – 823 млн рублей. По подсчетам бюджетной комиссии, в 1910 году правительство использовало 123 млн рублей из свободной наличности, в 1911 году – 129 млн, в 1912 году – 301 700 тысяч. Причем из последней суммы расходы в размере 156 млн были одобрены Думой, а 144 млн были потрачены без ведома депутатов. В то же самое время в Англии, Голландии и Италии тоже существовали особые резервные фонды, которыми распоряжалось правительство. Однако оно это делало под контролем парламента, с соблюдением необходимой отчетности.
Многие расходы бюджета не могли быть скорректированы депутатами не в силу законодательных ограничений, а из соображений здравого смысла. В этом отношении показательна смета 1912 года: 1 млрд рублей расходов (из 2,5 млрд, то есть около 40 %) не подлежал обсуждению в Думе. Впрочем, из этого не следовало, что оставшиеся 1,5 млрд могли быть произвольно перераспределены народными избранниками. По расчетам М. М. Алексеенко, не подлежали сокращению – без ущерба для благополучия и безопасности государства – операционные расходы по железным дорогам (более 500 млн рублей), по винной монополии (более 200 млн), расходы на морское, продовольственное дело, обмундирование, снабжение армии. «Если вы все эти расходы примете во внимание, то вы увидите, что предел сокращения очень узок, что тот размах, который был бы возможен со стороны бюджетной комиссии, этот размах при тех правилах, которые действуют, очень связан».
Процесс принятия государственной росписи не мог быть быстрым. Пока новый бюджет не был утвержден, действовал старый. В этой связи каждый месяц министерствам и прочим ведомствам открывался кредит в размере 1/12 от прошлогоднего бюджета. Такая ситуация совершенно не устраивала правительство. В. Ф. Романов, чиновник Переселенческого управления Главного управления землеустройства и земледелия, вспоминал: «Понятно, что никакое большое хозяйство, в особенности столь живое и многостороннее, как переселенческое дело, не может идти правильно, раз финансовые средства переводятся не сразу в необходимой сумме, а небольшими частями, тем более что потребность в том или ином расходе не распределялась равномерно по отдельным месяцам; например, выдавать ссуды переселенцам нельзя было в течение всего года, а требовалось немедленно по приступе их к хозяйству на новом месте, также необходимо было сразу снабжать необходимым запасом средств межевых и других техников при самом отъезде их на полевые работы, нередко в весьма отдаленные от центров глухие места. Задержка в кредитах не могла не нервировать местных руководителей делом…» Длительное обсуждение бюджета депутатами ставило в затруднительное положение самого царя, который при таких обстоятельствах вынужден был по своему разумению распределять пенсии и дотации. Как раз по этой причине 2 мая 1913 года Николай II просил Коковцова прислать ему столь нужные 300 тысяч рублей из фонда на непредусмотренные сметами надобности.
Задержка в утверждении бюджета была неизбежна. Правительство вносило его на рассмотрение Думы лишь к 1 ноября – за два месяца до начала бюджетного года. За столь короткий период обсудить и принять столь объемный документ было технически невозможно. В итоге бюджет 1908 года был принят 28 июня 1908 года, бюджет 1909 года – 29 мая 1909 года, бюджет 1910 года – 26 марта 1910 года. Многие депутаты безуспешно настаивали на переносе начала сметного года с 1 января на более позднюю дату, что было характерно для законодательства Англии, Британской Индии, Германской империи, Пруссии, Дании, Румынии, США, Испании, Италии, Португалии и других стран.
При этом даже весьма ограниченные бюджетные права Думы давали ей значимый рычаг давления на правительство. «Сметные вопросы все больше и больше привлекают меня и, несмотря на весьма ничтожные результаты, которые получаются из всей работы, все же в ней и только в ней видится некоторый просвет. Постепенная эволюция конституционных элементов в Третьей Думе идет медленно, но верно», – писал А. И. Шингарев 2 июня 1908 года. «И, действительно, права нашей палаты были до такой степени урезаны, что единственным серьезным, чем могла Дума воздействовать на правительство, определять политическую жизнь страны, влиять на ход ее экономической жизни, был государственный бюджет», – отмечал экономист (и вместе с тем зять Алексеенко) П. П. Мигулин.