В таком правительстве не могло быть безусловной солидарности. В 1906–1907 годах государственный контролер П. Х. Шванебах открыто противостоял Столыпину. Особое положение в правительстве занимал министр финансов В. Н. Коковцов. Отчасти это объяснялось статусом «хранителя государственной казны», отчасти – характером Коковцова и заседаний Совета министров. Это были товарищеские беседы, происходившие на даче Столыпина или в Зимнем дворце, где жил премьер-министр. Председательствующий давал высказаться всем желающим, чем обычно злоупотреблял словоохотливый Коковцов. Большую часть заседаний занимали его бесконечные выступления. Они были умно составлены и не лишены изящества, однако поздний час (порой это происходило в три часа ночи) делал их нестерпимыми. Многих коробило и содержание выступлений. Согласно воспоминаниям Тимашева, «постоянное стремление Коковцова урезывать кредиты озабочивало и раздражало Петра Аркадьевича. Он прислушивался к сетованиям других министров на невозможность развивать деятельность при систематических возражениях финансового ведомства, и чувствовалось, что замена Коковцова другим, менее упорным министром, соответствовала бы его видам». И все же Коковцов не утрачивал влияния при решении сметных вопросов. Так, он регулярно добивался сокращения средств на содержание армии. В этом он находил поддержку прочих министров, рассчитывавших на увеличение сметы собственного ведомства. Но их надежды далеко не всегда оправдывались, не случайно Коковцов находился в натянутых отношениях едва ли не со всеми своими коллегами.
В столыпинском кабинете формировались коалиции министров, которые пытались совместно защищать интересы своих ведомств на заседаниях правительства. В сентябре 1909 года министр народного просвещения А. Н. Шварц отмечал «ясно выраженный, хотя по мне противоестественный» союз Коковцова с обер-прокурором Святейшего синода С. М. Лукьяновым. В мае 1908 года помощник военного министра А. А. Поливанов и товарищ морского министра И. Ф. Бострем заявили П. А. Столыпину об опасности формировании «блока» Коковцова, в который входили главноуправляющий землеустройством и земледелием А. В. Кривошеин и министр торговли и промышленности И. П. Шипов. В действительности эти опасения не оправдались: Коковцов находился в конфронтации как с Кривошеиным, так и с Шиповым. В то же время Кривошеин, Рухлов и государственный контролер П. А. Харитонов согласовывали свои действия, образуя своего рода неформальное объединение в правительстве.
В период премьерства Коковцова (9 сентября 1911 – 30 января 1914) проблемы лишь усугубились. Новое правительство охарактеризовал еще сам Столыпин в марте 1911 года, когда вопрос о его отставке казался решенным. Раздумывая о ближайших перспективах, Столыпин замечал: «Теперь два выхода: или реакционный кабинет, или бюрократический под знаменем продолжения прежней политики. По-видимому, избирается второй путь и будет назначен Коковцов».
Влияние Коковцова на министерские назначения было несопоставимым с тем, каким пользовался Столыпин. По сведениям Шварца, в 1912 году Н. А. Маклаков был назначен министром внутренних дел по предложению придворных дам, и прежде всего Е. А. Нарышкиной. В. А. Маклаков так характеризовал брата и обстоятельства его назначения: «Это обыкновенный карьерист, выдвинувшийся благодаря стоящим у трона старушкам, их прислужникам – гр. Игнатьевой, Мещерского и т. д.». Сам Коковцов полагал, что Маклаков был назначен с подачи влиятельного издателя газеты «Гражданин» князя В. П. Мещерского. При этом премьер не скрывал своего невысокого мнения о ближайшем сотруднике. «Ну блеска-то там что-то незаметно», – говорил Коковцов члену фракции кадетов М. В. Челнокову в январе 1913 года.