Однако всех министров сплачивало общее дело. Правительство, претендовавшее на то, чтобы называться объединенным, готовилось к встрече с Первой Думой, разрабатывая целый пакет законопроектов. Сам Витте прилагал к этому немалые усилия. «Он хотел явиться в Думу не с пустыми руками, а с готовой программой широких преобразований во всех областях народной жизни. Подготовкой соответствующих законопроектов усиленно заняты были все ведомства. Некоторые из законопроектов обсуждались и в Совете министров. Для составления списка всех законопроектов, подлежащих внесению в Думу ко времени начала ее работ, образована была особая комиссия из представителей отдельных ведомств… Список вышел весьма внушительный». Эта работа была напрасной. Кабинету Витте не суждено было встречать Думу (в апреле 1906 года Витте подал прошение об отставке, и она была принята), а новому правительству нечем было «порадовать» депутатов.
В короткий период премьерства Горемыкина (22 апреля – 8 июля 1906) объединенное правительство существовало лишь номинально. А. П. Извольский дал чрезвычайно низкую оценку кабинету, в который входил и сам: «Кабинет Горемыкина – сходбище ничтожных людей, которые ожидают событий, но не в состоянии ни их предвидеть, ни их направлять». Впрочем, и Горемыкин весьма критично относился к собственному правительству. В частности, он жаловался императору на разногласия среди министров, которые выносили на суд царя даже второстепенные вопросы.
В период премьерства Столыпина (8 июля 1906 – 5 сентября 1911) положение правительства кардинально изменилось. По словам министра торговли и промышленности С. И. Тимашева, «кабинет П. А. Столыпина был действительно объединенным правительством, чего нам так недоставало как до, так и после него. Не согласные с ним министры уходили в отставку, а если они задерживались и начинали подпольную интригу, то в один прекрасный день находили у себя на столе указ об увольнении, как было с государственным контролером Шванебахом. Для проведения в Совете министров задуманной меры нужно было вперед заручиться поддержкой Петра Аркадьевича, и тогда успех был обеспечен».
Столыпин принимал самое деятельное участие в формировании правительства, добивался удаления из него нежелательных лиц. Так, в июле 1906 года он настоял на увольнении главноуправляющего землеустройством и земледелием А. С. Стишинского и обер-прокурора А. А. Ширинского-Шихматова, которые не принимали программу действий нового кабинета. В большинстве случаев премьер сам вел переговоры с будущими главами ведомств, предлагал их кандидатуры императору. Целенаправленная кадровая политика приносила свои плоды. 22 апреля 1909 года, после неутверждения Николаем II штатов Морского Генерального штаба (и, соответственно, после того как стали очевидны разногласия между царем и премьер-министром), весь состав правительства в знак солидарности со Столыпиным был готов подать в отставку (что, правда, не потребовалось).
Подобно кабинету Витте, столыпинское правительство обстоятельно готовилось к встрече со Второй Думой, разрабатывая пакет законопроектов и выступив с собственной программой реформ. Крайне критично относившийся к Столыпину государственный контролер П. Х. Шванебах так охарактеризовал эту работу: «Пошла спешная, лихорадочная реформаторская деятельность. Столыпин начертал себе какой-то календарь междудумья, в котором, вроде расписания экзаменов, распланировал чуть ли не по дням всю реформаторскую работу правительства. Канцеляриям были заданы уроки с таким расчетом, чтобы ко времени созыва Думы подоспел букет готовых реформ по всем отраслям управления».
Цитата из воспоминаний Шванебаха свидетельствует о том, что отношения в правительстве Столыпина были далеки от гармонии. Отнюдь не все министры назначались с учетом мнения премьера, а иногда это происходило вопреки его воле. В феврале 1909 года в Министерстве путей сообщения ходили небезосновательные слухи о том, что новый глава ведомства С. В. Рухлов назначен исключительно под давлением придворных сфер, сочувствовавших Союзу русского народа. Примерно тогда же, 5 февраля 1909 года, обер-прокурором Святейшего синода стал С. М. Лукьянов. Это произошло по инициативе его предшественника П. П. Извольского и без санкции премьер-министра. В 1911 году новым обер-прокурором был назначен В. К. Саблер – кандидатура, совершенно неприемлемая для Столыпина. Даже товарищ (заместитель) министра внутренних дел мог быть возведен в должность без одобрения его прямого начальства. В итоге Столыпину приходилось терпеть в качестве своего заместителя нелюбимого им П. Г. Курлова, который интриговал против премьера.