Чтобы заполнить возникший вакуум власти в иракском руководстве, на сцене появилось Национальное управление в Дамаске, принявшее на себя руководство иракским филиалом. Это оказалось роковой ошибкой. Поскольку иракское руководство Баас было успешно устранено, а вмешательство Национального управления в иракские дела рассматривалось общественностью как грубое нарушение суверенитета страны, репутация партии в Ираке опустилась до низшей точки. Это, в свою очередь, позволило президенту Абдель Салам Арефу, которого Баас сделала чисто номинальной фигурой, выступить против своих прежних благодетелей. В ноябре 1963 года, после девяти бурных месяцев у руля, Баас оказалась вышвырнутой из коридоров власти.
Это вытеснение было болезненным событием в истории Баас. Баасисты почувствовали горечь великой потери, упущенной исторической возможности. После язвительных взаимных обвинений и напряженных махинаций для занятия постов начался процесс самоанализа и критики. Но так же, как всеобщее благо не всегда приносит пользу каждому отдельному человеку, так и коллективная неудача часто не бывает фатальной для всех. Для Саддама Хусейна провал партии оказался скрытой удачей, важным поворотным пунктом в его карьере, за несколько лет сделавшим его одним из самых могущественных людей в партии.
Пока Хусейн был незначительным членом центристской фракции в администрации правящей Баас, учитывая предыдущую расстановку сил, шансы на его быстрое продвижение были фактически равны нулю. Однако, как только в партии началась сумятица, перед молодым и честолюбивым уроженцем Тикрита открылись многообещающие перспективы. К середине 60-х годов группировка Бакра превратилась в господствующую силу внутри Баас. Сам аль-Бакр в 1964 году был избран членом Национального управления, а через год стал генеральным секретарем Иракского Регионального управления. И в его свите оказался Саддам. Он быстро завоевал доверие Бакра, став его близким доверенным лицом и, в конце концов, его правой рукой.
Вскоре последовала награда за верность. В феврале 1964 года Седьмой съезд Национального управления попытался вдохнуть новую жизнь в ослабленную иракскую ветвь, учредив временное Региональное управление и исключив тех, кто был замешан в потере партией власти. Благодаря усилиям Мишеля Афляка и поддержке Бакра, Хусейн был назначен секретарем нового органа. Когда в конце года постоянное Региональное управление было восстановлено, они оба ввели своего молодого протеже и в него.
Буквально с первых минут своего пребывания в высшем органе партии, принимающем важные решения, Хусейн приложил все усилия, чтобы взять под контроль органы безопасности. Даже если из своей жизни он извлек один-единственный урок, так это то, что в бурном политическом мире Ирака не было замены физической силе, что физическая сила была совершенно необходима и для того, чтобы прийти к власти, и для того, чтобы удержать ее, подчинить своей воле все и всякие политические фракции. Именно вооруженные силы дали возможность Касему свергнуть монархию в 1958 году, и они же были причиной его гибели пять лет спустя. И именно отсутствие контроля над государственными органами насилия не позволило Баас оказать нужное сопротивление военному перевороту Арефа. Следовательно, если Баас собирается возвращаться к власти, эффективен только военный путч.
Рассуждая таким манером, Хусейн, поставленный в 1964 году во главе партийной военной организации, спешно разработал план государственного переворота против президента Арефа. Быстро было разработано два варианта действий, и оба были намечены к исполнению не позже середины сентября 1964 года. В соответствии с первым планом группа вооруженных баасистов во главе с Хусейном должна была проникнуть в президентский дворец во время заседания кабинета и уничтожить все иракское руководство. В ходе второй операции предполагалось сбить самолет, на котором Ареф направится в Каир для участия во встрече глав арабских государств. Обоим этим планам не суждено было осуществиться. Проникнуть во дворец не удалось, так как офицер Республиканской гвардии, который должен был провести заговорщиков в нужное место, был неожиданно сменен на своем посту. Еще печальней для Баас оказалось то, что план сбить президентский самолет был выдан одним из летчиков, который, как оказалось, работал на секретные службы. Реакцией Арефа на это разоблачение был немедленный запрет деятельности партии Баас и ее руководства.