Вначале японцы позволили Кёнигсвальду продолжить работу в Геологической службе, но в конце войны, когда империя стояла на пороге краха, его, как и других коллег, заключили в концентрационный лагерь, разлучив с женой и дочерью. Лишь после разгрома Японии союзные войска освободили пленников из лагеря, и он смог узнать, что ближние его остались живы. «Я возвращаюсь к жизни опять!» — воскликнул Кёнигсвальд при радостном известии. Его счастье было дополнено тем, что с риском для жизни запрятанные останки питекантропа полностью сохранились. Что стоила по сравнению с этим весть о разграбленной квартире, исчезнувшей библиотеке и погибших коллекциях костей млекопитающих, которые хранились дома! Главное, что ужасное бедствие пережил благополучно предок.
Как только восстановилась связь с Явой, Вейденрейх через Музей естественной истории сразу же пригласил Кёнигсвальда прибыть в Нью-Йорк вместе с коллекциями черепов питекантропа и нгандонгских неандертальцев, а также челюстями мегантропа, зубами гигантопитека и прочими находками, с помощью которых можно было вновь приступить к разработке самой увлекательной из проблем — становления человека. В сентябре 1946 г., преодолев последнее препятствие (строгий таможенный досмотр в Филадельфии), останки предков нашли, наконец, свое пристанище в сейфах Музея естественной истории. Вейденрейх рассказал Кёнигсвальду, как американцы безуспешно пытались перед самой оккупацией Явы в 1942 г. получить разрешение вывезти коллекции из Бандунга. Власти их предложение, однако, отвергли, и кто знает, как ни парадоксально, но, может быть, такое решение спасло питекантропа; только здесь, в Нью-Йорке, Кёнигсвальд узнал печальное известие о таинственном исчезновении коллекции черепов синантропа, вывезенной из Пекина командой морских пехотинцев армии США. Что же касается единственной потери в собрании яванских черепов, то Кёнигсвальд знал конечный пункт маршрута, по которому следовал нгандонгский неандерталец, — Токио, а затем Киото. Поэтому он информировал о своей потере военную разведку США, занятую тогда кроме прочих дел также поисками черепов синантропа. В декабре 1946 г. в его кабинет зашел молодой офицер Вальтер Файрсервис и вручил Кёнигсвальду нгандонгский череп. Оказывается, в последние годы он хранился в императорской сокровищнице в Киото среди других редкостей.
Совместная работа Кёнигсвальда с Вейденрейхом продолжалась полтора года. В то время как первый обрабатывал черепа питекантропа, его коллега готовил к публикации книгу, в которой исчерпывающе описывались «люди с реки Соло» — нгандонгские неандертальцы. Кроме того, Вейденрейх, несмотря на скептицизм большинства палеоантропологов, продолжал разрабатывать свою «лебединую песню» — детали «гигантоидной» теории происхождения человека. Мысли, связанные с нею, он изложил в книге «Люди, гиганты, обезьяны». Напрасно Кёнигсвальд обращал его внимание на то, что челюсть мегантропа залегала в том же горизонте черных глин, где ранее нашли череп «питекантропа моджокертского», или, если применять его терминологию, «массивного», что ставило под сомнение вывод о мегантропе как предковой форме последнего и, возможно, вообще отделяло его от магистральной ветви родословного древа человека. Что же касается гигантопитека, то возраст его еще более проблематичен. Во всяком случае, он определенно не на много превосходит по возрасту самого позднего из питекантропов — «прямоходящего». Гигантская обезьяна скорее странный современник его, чем предок, что, впрочем, не менее интересно для палеоантропологии, поскольку встает вопрос о необычайно густой разветвленности древа гоминид. И вообще, время, когда это древо представлялось в виде одинокого голого ствола, лишенного боковых побегов, кануло в прошлое. Однако Вейденрейх отмахивался от предостережений друга: «У вас на Яве часты извержения вулканов. Лава на своем пути могла захватить, сдвинуть и перемешать костные останки предков из горизонтов разных эпох. Поэтому при определении возраста гоминид решающим следует считать их размеры и степень примитивизма». Когда Кёнигсвальд слушал подобное, в памяти его неизменно всплывал образ упрямца Дюбуа; не правда ли, знакомая категоричность и странное нежелание принять во внимание факты, разрушающие ранее сложившиеся представления?
Какая роковая сила, сбивающая даже великие умы, заключена в этих тяжелых, как камень, костях, жалких остатках предрассветной зари истории человечества, отделенной от нас полумиллионом, а может быть, и целым миллионом лет, думал Кёнигсвальд, наблюдая за потоком посетителей Музея естественной истории, которые пришли взглянуть на уникальную коллекцию с Явы, выставленную здесь в январе 1948 г.