После Бородина Барклай продолжал упрямо отстаивать необходимость стратегического отступления. Именно ему Кутузов приказал оценить все плюсы и минусы выбранной Беннигсеном позиции на берегу Москвы-реки между Филями и Воробьевыми горами для последнего, решающего сражения под стенами старой столицы. Методичный Михаил Богданович сделал подробный анализ, показал главнокомандующему рисунок позиции, который произвел на «старую лисицу севера» сильное впечатление. «Он ужаснулся, выслушав меня», – писал позднее Барклай. Все штабные офицеры, с которыми консультировался Кутузов, были того же мнения. На военном совете в Филях Барклай высказался категорично и по делу. Он раскритиковал выбранную Беннигсеном позицию: уж очень она походила на позицию под Фридландом. Он подал голос за оставление Первопрестольной в целях спасения армии и предложил отступить на Владимирскую дорогу, чтобы сохранить сообщение с Петербургом.
Именно ему Кутузов поручил руководить прохождением русских войск через Москву и выводом их к селу Тарутино. Миссия в глазах обывателя не престижная и весьма двусмысленная. Жители едва не растерзали Барклая на улице, и только умелые действия его адъютанта А. А. Закревского, вовремя обнажившего шпагу, отпугнули толпу.
В личном письме жене Барклай писал: «Чем бы дело ни кончилось, я всегда буду убежден, что я делал все необходимое для сохранения государства, и если у его величества еще есть армия, способная угрожать врагу разгромом, то это моя заслуга. После многочисленных кровопролитных сражений, которыми я на каждом шагу задерживал врага и нанес ему ощутимые потери, я передал армию князю Кутузову, когда он принял командование в таком состоянии, что она могла помериться силами со сколь угодно мощным врагом. Я ее передал ему в ту минуту, когда я был исполнен самой твердой решимости ожидать на превосходной позиции атаку врага, и я был уверен, что отобью ее. …Если в Бородинском сражении армия не была полностью и окончательно разбита – это моя заслуга, и убеждение в этом будет служить мне утешением до последней минуты жизни».
В том же письме Барклай признался в тяжелой моральной обстановке вокруг себя. После назначения Кутузова на пост главнокомандующего Александр I подписал еще один указ – об увольнении Барклая с должности военного министра. Поэтому Кутузов мог свободно игнорировать советы предшественника. Разногласия случались и в ходе Бородинского сражения, и после него, достигнув апогея во время отступления из Москвы. 1-я и 2-я армии оказались слиты в одну, и генерал Барклай попал в двусмысленное положение. Формально сохраняя пост, он был фактически отстранен от управления войсками. После того как Барклай узнал, что Кутузов в своем письме Александру I обвинил его в сдаче Смоленска и плачевном состоянии войск, хладнокровие наконец изменило ему. В конце сентября он написал прошение об отставке, сославшись на нездоровье: «Я твердо решился лучше впасть в бедность, от которой я не избавился во время моей службы, нежели продолжать службу… Я надеюсь, однако, что беспристрастное потомство произнесет суд с большей справедливостью». Михаил Богданович отправился в Калугу, затем через Петербург поздней осенью прибыл в свою деревню в Лифляндии. Там он составил «Записку», отправленную императору, в которой еще раз доказывал правоту своих действий.
Любопытно, но весь путь отступления Барклая от Вильно до Тарутина занял ровно 100 дней, так что и у Михаила Богдановича, как и у его главного врага, были свои «Сто дней»! Они не стали дорогой побед, а превратились для него в Голгофу, без которой не было бы победы России над Бонапартом. Прощаясь с адъютантом В. И. Левенштерном, Барклай сказал: «Великое дело сделано. Теперь остается только пожать жатву. Я передаю фельдмаршалу сохраненную, хорошо одетую, вооруженную и не деморализованную армию… Фельдмаршал ни с кем не хочет разделить славы изгнания неприятеля из империи».