Все окна и двери первого этажа теремов растесаны. Единственное древнее окно сохранилось слева, у висячей галереи. Фасады здания, окрашенные при реставрации в конце XIX века по образцу ярославской церкви Петра и Павла в „шахмат“, имеют очень простые карнизы в виде „бегунков“ и тяги из валиков. Напротив княжьих теремов расположена Белая палата. Стена ее первого служебного этажа гладкая и только глубокие ниши арочных окон оживляют ее плоскость. Второй, парадный этаж отделен от первого нарядной тягой с карнизом и украшен более парадно. Средняя часть фасада и углы отмечены широкими лопатками, окно с двойной аркой и с гирькой окружено прямоугольной рамой, орнаментированной кирпичной порезкой. В этом приеме оформления самого окна и его обрамления очень своеобразно сочетались приемы обработки окон московских теремов с их гирьками и прямоугольных окон Грановитой палаты.
У восточного фасада церкви Спаса на Сенях расположена лестница, ведущая на „верхние или открытые сени“, объединяющие церковь, Белую палату и Самуилов корпус. Сени, разобранные в XVIII веке, были восстановлены в конце XIX века, но без соблюдения исторической точности. Не была восстановлена на восточной стене аркада, где висели колокола звонницы церкви Спаса, не были сделаны кирпичные столбы и арки, которые поддерживали площадку гульбища, выстланную чугунными плитами.
Вход в церковь Спаса на Сенях сделан с северной, а не с западной стороны, как обычно, так как с запада к ней примыкает Белая палата. Он отмечен сенью на столбахкубышках, формы которых были несколько изменены во время реставрации конца XIX века.
Внутреннее решение интерьера церкви совершенно уникально и оставляет глубокое впечатление. Поражает ее высота, приподнятая на несколько ступеней солея с золоченой колоннадой, поддерживающей двойные арки с гирьками, красочное убранство стен (илл.27). Пространство церкви, где располагались молящиеся, очень небольшое, оно меньше площади солеи и алтарной части. Такое необычное разделение интерьера церкви объясняется тем, что Иона очень любил торжественные богослужения, часто собирал на них несколько десятков священников и большие хоры; для них-то и отведено
Привлекают внимание круглые отверстия в стенах церкви — камеры, в которых расположены громадные глиняные горшки с довольно тонкими стенками. Эти так называемые голосники служили для улучшения акустики помещения.
Считается, что церковь Спаса на Сенях была расписана первой среди всех кремлевских церквей. Существует мнение, что росписи выполняли „ростовский поп Тимофей, волгжанин Дмитрий Степанов, Иван и Федор Карповы“ в 1670-х годах, сразу же по окончании строительства церкви.
В соответствии с посвящением храма Христу росписи стен рассказывают евангельский миф о его земной жизни и явлениях после воскресения. На сводах помещены наиболее драматические эпизоды мифа: „Распятие“, „Снятие со креста“, „Положение во гроб“, „Воскресение“ и „Сошествие святого духа на апостолов“.
Остальные сюжеты размещены в пяти поясах на южной и северной стенах. Причем повествование начинается с композиции, расположенной на южной стене, в самом верхнем ярусе от алтарной преграды, продолжается на северной стене до нее, переходит во второй ярус на южную стену, и так до конца нижнего яруса.
Вся западная стена посвящена важнейшему религиозному догмату, занимающему в любой религии основное место, — учению о загробной жизни. Композиция „Страшный суд“ в Спасской церкви полностью раскрывает истолкование этого догмата православной церковью в конкретных условиях исторической обстановки второй половины XVII века. Два нижних яруса (нижний более высокий) посвящены рассказу о страданиях Христа. Эта часть мифа особенно занимательна и больше, чем другие, обращена к чувствам человека.
Такая последовательность размещения росписей применялась в течение всего XVII века во всех храмах. Этим церковь приучала народ находить начало и конец иллюстрированного рассказа о жизни Христа, доходчивость которого проповедник усиливал живым словом.