Гдва успела стихнуть война с Польшей, как правительство должно было обратить внимание на новые внутренние беспорядки, на соловецкое возмущение и бунт Разина. С падением Никона не уничтожено было главное его нововведение: исправление церковных книг. Многие священники и монастыри не согласились принять эти новшества. Особенно упорное сопротивление оказал Соловецкий монастырь; осажденный с 1668 года, он взят был воеводой Мещериновым 22 января 1676 года; мятежники были перевешаны.
В то же время на юге поднял бунт донской казак Степан Разин. Ограбивши караван гостя Шорина в 1667 году, Разин двинулся на Яик, взял Яицкий городок, грабил персидские суда, но в Астрахани принес повинную. В мае 1670 года он снова отправился на Волгу, взял Царицын, Черный Яр, Астрахань, Саратов, Самару и поднял черемису, чувашей, мордву, татар, но под Симбирском разбит был князем Барятинским, бежал на Дон и, выданный атаманом Корнилом Яковлевым, казнен в Москве 6 июня 1671 года.
Вскоре после казни Разина началась война с Турцией из-за Малороссии. Брюховецкий изменил Москве, но и сам был убит приверженцами Дорошенки. Последний стал гетманом обеих сторон Днепра, хотя управление левой стороной поручил наказному гетману Многогрешному.
Многогрешный избран был в гетманы на раде в Глухове, снова перешел на сторону Москвы, но свергнут старшинами и сослан в Сибирь. На его место в июне 1672 года избран Иван Самойлович. Между тем турецкий султан Магомет IV, которому поддался Дорошенко, не хотел отказаться и от левобережной Украины. Началась война, в которой прославился польский король Ян Собесский, бывший коронным гетманом. Война окончилась двадцатилетним миром лишь в 1681 году.
Из внутренних распоряжений при царе Алексее замечательны: запрещение беломестцам (монастырям и лицам, находившимся на государственной, военной или гражданской службе) владеть черными, тяглыми землями и промышленными, торговыми заведениями на посаде; окончательное прикрепление тяглых классов, крестьян и посадских людей к месту жительства; переход воспрещен был в 1648 году не только крестьянам-хозяевам, но и детям их, братьям и племянникам. Основаны новые центральные учреждения, а также приказы: тайных дел, хлебный, рейтарский, Счетных дел, занятый проверкой прихода, расхода и остатков денежных сумм, Малороссийский, Литовский, Монастырский.
В финансовом отношении сделано также несколько преобразований: в 1646 и следующих годах совершена перепись тяглых дворов с их совершеннолетним и несовершеннолетним населением мужского пола, сделана неудачная вышеуказанная попытка введения новой соляной пошлины, указом от 30 апреля 1654 года запрещено было взимать мелкие таможенные пошлины или отдавать их на откуп и велено было зачислить в рублевые пошлины, взимаемые в таможнях; в начале 1656 года, ввиду недостатка денежных средств, выпущены медные деньги.
Вскоре медный рубль стал цениться в 25 раз дешевле серебряного; наступившая вследствие этого страшная дороговизна вызвала народный мятеж 25 июля 1662 года. Мятеж усмирен обещанием царя наказать виновных и высылкой стрелецкого войска против мятежников. Указом от 19 июня 1667 года велено было приступить к постройке кораблей в селе Дединове на Оке; впрочем, выстроенный тогда же корабль сгорел в Астрахани.
В области законодательства: составлено и издано Уложение.
В 1676 году при царе Алексее продолжалось колонизационное движение в Сибирь.
В последние годы правления царя Алексея при дворе особенно возвысился А. С. Матвеев. Через два года по смерти Милославской царь женился на его родственнице, Наталье Кирилловне Нарышкиной, 22 января 1671 года Матвеев, поклонник западноевропейских обычаев, давал театральные представления, на которые ходил не только сам царь, но и царица, царевичи и царевны.
1 сентября 1674 года царь «объявил» сына своего Федора народу как наследника престола, а под 20 января 1676 года умер, 47 лет от роду.
ОТЕЦ
Царь Алексей Михайлович (1629–1676)
МАТЬ
Мария Ильинична Милославская (1624/26 1669)
РОЖДЕНИЕ
Москва, 30 мая (9 июня) 1661 года
НАЧАЛО ПРАВЛЕНИЯ
Царь с 29 января (8 февраля) 1676 года.
ЖЕНА
Агафья Семёновна Грушецкая (1663–1681)
ДЕТИ
Илья (1681–1681)
ЖЕНА
Марфа Матвеевна Апраксина (1664–1715/16)
СМЕРТЬ
Москва, 27 апреля (7 мая) 1682 года