Замечательный деятель русского просвещения Михаил Никитич Муравьев (1757–1807), придя в Московский университет на должность попечителя в начале 1803 г., сетовал на то, что «из-за особых обстоятельств, в результате несовершенной организации, первые успехи были остановлены. Потери, понесенные университетом, не восстанавливались, их место замещали посредственности».[826] О том же задумывались кураторы университета и в предыдущие годы. В ОПИ ГИМ Ф. А. Петровым обнаружен документ, составленный в 1802 г и озаглавленный «Краткое начертание нужд Московского университета», в котором его кураторами утверждалось, что университету «всего нужнее скорейшее утверждение нового штата и устава, поелику настоящее положение крайне недостаточно по всем отношениям», а многие профессора «по старости, слабости и болезням совсем не в силах отправлять должностей, а через то делают Университету тягость».[827] Однако и среди начальников Московского университета не было порядка: в 1801–1802 гг. действующих кураторов было уже четверо, что значительно затрудняло принятие решений, к тому же некоторые из них находились в постоянном конфликте с директором университета.[828]
Само существование Московского университета в конце XVIII в. находилось под угрозой из-за изменившегося отношения к нему со стороны высших властей. Впервые она возникла в начале 1790-х гг. из-за т. н. «дела мартинистов».[829] Хотя обвинения тогда концентрировались вокруг Н. И. Новикова и возглавлявшейся им Типографической компании, но университет был непосредственно задет в них, поскольку толчком к развертыванию деятельности Новикова, столь встревожившей власти, послужило открытие в 1782 г. профессором И. Г. Шварцем Дружеского ученого общества при Московском университете. От имени общества воплощались в жизнь многие проекты кружка московских масонов – организация при университете «филологической семинарии», воспитанники которой занимались переводами книг мистического содержания, и т. п. Главным покровителем «мартинистов» в университете выступал куратор M. М. Херасков, противодействовал же ему другой куратор И. И. Мелиссино, долго и безуспешно добивавшийся увольнения Хераскова с должности (на что не давал согласия И. И. Шувалов как «высший» куратор и основатель университета).
Уже в 1786 г. императрица Екатерина II охарактеризовала Дружеское ученое общество при университете как «скопище известного нового раскола», после чего его публичные заседания прекратились, в Москве была проведена проверка всех изданий Новикова на благонадежность, а сам он временно лишен прав книжной торговли. Но потерпел неудачу и выдвинутый в 1789 г. Мелиссино в противовес Хераскову проект создания Общества любителей российской учености при Московском университете. Этот проект носил безусловно прогрессивный характер, поскольку Мелиссино ставил задачу основания «такого общества, которое бы подходило к прочим ученым обществам, заведенным при чужестранных европейских университетах».[830] За образец было принято известное Sozietät der Wissenschaften в Гёттингене, и новое учреждение было призвано стать центром, активизирующим всю научную жизнь Московского университета. Но Екатерина II, получив уже предубеждение против университета, не одобрила проект из опасения, что новое ученое общество повторит характер старого. Как объяснял Шувалов, само «слово общество, где некоторые мистические дела входили, причиною неудачи нашей».[831]
Начало Французской революции лишь усугубило негативное отношение властей к университету В подстрекательстве к беспорядкам тогда обвинялись не только заговорщики-масоны, но и ученые, философы вообще. Так, в 1793 г. в Петербурге вышел анонимный памфлет, посвященный Французской революции, автор которого обвинял во всех потрясениях «народ, состоящий из попов, стряпчих, профессоров, бродяг…»[832] В 1802 г. в представленном Александру I докладе о состоянии университетского образования в России при описании развития просвещения в царствование Екатерины II говорилось, что «потрясение славного просвещением Государства, не имеющее примера в летописях народов, распространившее ужас в самые отдаленные страны, к несчастию слишком приписываемое философии и письменам, послужило кажется к остановлению сей Монархини среди Ея таковых подвигов. С тех пор науки и произведения их представлялись в некотором видимом противуположении с общественным благосостоянием. Они понесли наказание за употребление их во зло несколькими извергами. Все учрежденное в их пользу, одни после других, чувствовали сие вредное влияние: может быть конечное падение их было уже близко».[833]