Через несколько месяцев в Вильне была получена и привилегия папы римского Григория XIII от 30 октября 1579 г., которая полностью подтверждала королевскую в отношении всех традиционных прав средневековых университетов, делая упор на спасительную роль нового училища в крае, «осажденном пагубой множества сект и схизматических заблуждений, также и магометанской неверностью запятнанном».[234] Кроме того, права Виленской академии, равные Краковской, были подтверждены сеймом Речи Посполитой в 1585 г.114
Первые годы Виленская академия, как и многие другие иезуитские университеты, состояла лишь из философского и богословского факультетов, объединенных в единую учебную программу планом «Ratio studiorum». Продолжительность обучения на философском факультете (философских классах коллегии) составляла 3 года, по окончании чего студенты могли переходить на богословский факультет, где слушали лекции еще 4 года. Первые присуждения ученых степеней в Виленской академии состоялись уже в 1584 г.[235] Однако разрешение на преподавание и возведение в степени медицины и обоих прав (канонического и гражданского) академия получила только в 1641 г., по грамоте короля Владислава IV. Тогда, благодаря средствам, особо пожертвованным литовским вице-канцлером Львом Сапегой, был открыт юридический факультет, впрочем не сумевший добиться популярности и существовавший почти без профессоров. Медицинский же факультет впервые появился в Вильне лишь в последней четверти XVIII в.
На рубеже XVI–XVII вв. иезуитские академии в Вильне и Браунсберге превратились в активно посещаемые училища, которые готовили католических священников и вообще образованную элиту не только для Речи Посполитой, но и для других областей Восточной Европы, например Трансильвании. Наряду с академией в Ольмюце (Моравия), именно здесь обучались посланцы иезуитов, распространявшие влияние Ордена и католическую экспансию дальше на восток, «среди татар, русских и всякого рода сектантов».[236] Это ярко отразилось в большом числе коллегий, основанных иезуитами на западнорусских землях в составе Речи Посполитой. Первая из иезуитских школ здесь была открыта в недавно завоеванном Полоцке в 1581 г. На ее содержание Баторий передал все местные православные монастыри и церкви с имениями. За ней последовала школа в Несвиже (1584) – одном из главных центров Реформации в Великом княжестве Литовском XVI в., который теперь, благодаря возвращению в католичество одной из ветвей семьи Радзивиллов, превратился в штаб-квартиру иезуитов. Коллегии в Полоцке и Несвиже в первые годы ограничивались обучением на начальных классах и перешли к преподаванию предметов философского цикла (до риторики) лишь с 1605 г.[237]
В XVII – начале XVIII в. на территории Великого княжества Литовского открылось около двух десятков иезуитских коллегий в Орше, Бресте, Пинске, Крожах, Гродно, Ковно, Витебске, Смоленске, Новогрудке, Минске, Бобруйске, Слуцке, Жодишках и еще ряде небольших городов и местечек. Продвигаясь на юг королевских земель, в Галицию, иезуиты в числе первых основали коллегию во Львове (1608), а оттуда распространили свои училища по Подолии и Волыни (Луцк, Перемышль, Каменец-Подольский, Винница, Фастов, Новгород-Северск и др.), вплоть до Киева (1646).
Изучение организации иезуитских коллегий в восточной части Речи Посполитой позволяет даже более четко, чем на примере немецких земель, понять, почему эти училища необходимо выделить в