Жестокое обращение не прекращалось с поступлением задержанных на фильтрационный пункт. Очевидные следы избиений и пыток у вышедших из ФП многократно отмечали представители правозащитных организаций, депутаты Государственной Думы РФ, журналисты. Жалобы на факты жестокого обращения наличествуют в большинстве свидетельских показаний людей, побывавших в ФП. Сообщенные пострадавшими сведения о сроках их содержания в ФП полностью подтвердились при посещении этих пунктов депутатами Государственной Думы РФ и членами группы Уполномоченного по правам человека РФ. Имеющиеся же акты судебно-медицинского освидетельствования пострадавших, составленные вскоре после документально подтвержденной даты их освобождения из ФП, делают достоверность показаний о применении пыток практически бесспорной.
Избивая и пытая задержанных, их пытались заставить признаться в участии в боях, от них добивались сведений о том, кто из известных им людей является боевиком, где хранится оружие и т.п.
При организации ФП должностными лицами вообще не было предусмотрено их материально-техническое снабжение, достаточное для обеспечения задержанным сколько-нибудь приемлемых условий существования. Это обстоятельство имело тяжкие последствия.
Условия содержания задержанных в фильтрационных пунктах отличались в разные периоды и в различных ФП, но в целом могут быть охарактеризованы как тяжелые.
В Моздоке ФП был размещен в нескольких железнодорожных вагонах для перевозки заключенных. Практически все содержавшиеся в моздокском ФП в январе 1995 г. в своих показаниях жаловались на крайне скудное питание, недостаток воды и страшную скученность. В конце января положение там изменилось к лучшему, и подобные жалобы задержанными уже не высказывались. Очевидно, что некоторое улучшение условий содержания было связано с разгрузкой этого ФП, снижением числа вновь задержанных и, главное, привлечением внимания российской и мировой общественности к происходящему в фильтрационных пунктах. По имеющимся у ПЦ "Мемориал" сведениям, в конце января 1995 г. моздокский ФП посетила комиссия МВД РФ; по результатам проверки персонал ФП был полностью сменен, а кто-то из низшего начальства был наказан в дисциплинарном порядке. Пытки во время допросов прекратились. Раненым и травмированным начали выдавать перевязочные материалы и йод; людям, находящимся в тяжелом состоянии, медицинскую помощь оказывал фельдшер. Улучшилось питание задержанных. Однако издевательства и избиения со стороны персонала ФП продолжались.
Впрочем, поступление в моздокский фильтрационный пункт относительно крупной партии задержанных после проведения 7-8 апреля 1995 г. МВД РФ операции в Самашках немедленно вновь привело к страшной скученности в камерах, недостатку питания и воды. Следует отметить, что недостаток воды не может быть объяснен плохим снабжением и является прямым проявлением жестокого обращения с задержанными.
---------------------------------------------------------------------------"10 апреля нас погрузили в вертолет и отвезли в Моздок. Там избили и привезли в фильтрационный пункт. На допросах снова избивали, угрожали расстрелом. Следователь сам не бил, били люди в масках, когда он выходил из отсека. То же самое творилось в соседних отсеках ...> Предлагали подписать, не читая, какую-то бумагу или рассказ о том, что первыми из села открыли стрельбу боевики. Иногда приходил военный врач, который давал йод и одну таблетку от всех болезней. Человеку, у которого грудь сильно болела, видимо, ребра были поломаны, он лишь дал бинт, чтобы тот сам себя перевязал"9. ---------------------------------------------------------------------------
В Грозном ФП был размещен в помещении 1-го производственного автотранспортного предприятия (ПАП-1). При его посещении Уполномоченным по правам человека РФ С.А.Ковалевым и представителями его группы А.Ю.Блинушовым, Н.Г.Охотиным, С.В.Сироткиным 25 февраля 1995 г. было установлено, что камера для задержанных находится в подвальном помещении, перегороженном металлическими решетками. Отопления не было (впрочем, как и во всем городе), освещение также отсутствовало - задержанные содержались в полной темноте.
Вскоре после посещения ФП этой группой здание было оборудовано движком, в результате чего все помещения ФП были освещены, на первом этаже были оборудованы восемь камер (одна - м, одна - м, шесть - м) с металлическими решетками вдоль всех стен изнутри.