С июля 1918 года начались открытые боевые действия и на Севере. К этому времени почти все боевые корабли Северной флотилии оказались в руках белогвардейцев и интервентов. Революционно настроенным морякам удалось вывести из Архангельска только небольшую часть речных пароходов, катеров и буксиров, ставших ядром Северодвинской флотилии, которая вместе с частями Красной Армии сорвала попытки противника продвинуться вверх по Северной Двине.
Летом и осенью тяжелые бои шли на востоке и юге страны, где поддержку войскам Красной Армии оказывали корабли военных флотилий. На Волге и ее притоках были созданы четыре речные флотилии, подчинявшиеся командованию сухопутных армий или непосредственно фронту. Флот Астраханского края действовал в дельте Волги и северной части Каспийского моря, Каспийская флотилия — в районах Баку и Закавказья, Вольская — в районах Вольска, Сызрани и Самары, Волжская — в районах Казани и на реке Каме.
Корабли Астрахано-Каспийской военной флотилии (так с 13 октября 1918 года стал называться Флот Астраханского края) вели разведку в интересах сухопутных войск Красной Армии, обстреливали своей артиллерией вражеские части, находившиеся в прибрежных районах. К началу ноября 1918 года в составе флотилии находилось около 50 судов, 6 гидроаэропланов и 4 истребителя. Для более успешных действий она была разделена на три речных отряда.
Волжская военная флотилия (3 миноносца, 9 вооруженных пароходов, 2 плавучие батареи, 4 катера и 4 самолета) активно поддерживала действия сухопутных частей Восточного фронта при обороне и взятии Казани, в Ижевско-Воткинской операции. В конце года корабли флотилии ушли на зимовку в Нижний Новгород.
В ноябре 1918 года, после капитуляции Германии перед Антантой и ухода их войск с территории Советской Республики, англо-французские корабли высадили свои десанты в Новороссийске, Севастополе, Одессе, Баку и Батуми. В Финском заливе появилась английская эскадра, угрожавшая Петрограду с моря. Одновременно активные боевые действия продолжали вести войска генералов Колчака и Деникина.
Но и окрепшая к этому времени Красная Армия в конце 1918— начале 1919 года провела несколько успешных наступательных операций на всех фронтах, в результате которых были освобождены Левобережная Украина, Донская область, Южный Урал. Войска интервентов были вынуждены эвакуироваться из Одессы, Херсона, Николаева.
Важную роль в наступлении войск РККА сыграли действия военных флотилий и отрядов моряков. Корабли флотилий оказывали артиллерийскую поддержку наступлению своих войск, высаживали десанты, обеспечивали переправы частей Красной Армии через водные преграды, вели борьбу против морских и речных сил противника, осуществляли воинские перевозки, ставили минные заграждения, принимали участие в обороне многих городов страны.
В годы Гражданской войны и иностранной интервенции около 170 отрядов и частей, сформированных из моряков (около 75 000), действовали в составе свыше 20 флотилий и 14 армий, проявляя в боях отвагу и храбрость.
К началу 1919 года положение на фронтах Гражданской войны несколько улучшилось: войска Красной Армии вели наступательные действия на Урале, освободили от интервентов и белогвардейцев большую часть Украины, Белоруссии и Прибалтики, нанесли вражеским частям ряд ощутимых ударов на Севере.
Но кровопролитная борьба продолжалась с неослабевающим напряжением. Весной 1919 года на Восточном фронте перешли в наступление войска адмирала Колчака, нацеливая свой удар на Москву. Одновременно с северо-запада, севера, юга и запада повели наступление войска генералов Юденича, Миллера, Деникина, белополяков.
На всех фронтах разгорелись ожесточенные бои, участие в которых принимали и моряки. В ходе оборонительных действий, а затем предпринятого наступления войска Красной Армии и морские силы страны разгромили главные силы Колчака, Деникина, отразили удары частей генерала Юденича.
Большая заслуга в защите завоеваний революции по праву принадлежит морякам Балтийского флота, активно ведущим боевые действия против интервентов и белогвардейцев, несмотря на тяжелые условия, в которые был поставлен флот. Для противодействия морским силам противника 15 ноября 1918 года на Балтике был создан Действующий отряд флота, в который вошли 2 линейных корабля, один крейсер, 4 эсминца и 7 подводных лодок.
Развозов А.В. — 7.7–5.12.17 г.
Ружек А.А. — 7.12.17–12.3.18 г.
Развозов А.В. — 13–20.3.18 г.
Щастный А.М. — 22.3–5.18 г.
Зарубаев С.В. — 16.6.18–18.1.19 г.
Зеленой А.П. — 18.1.19–6.20 г.
Раскольников Ф.Ф. — 6.20–27.1.21 г.
Кукель В.А. — 27.1–9.3.21 г.
Кожанов И.К. — 9.3–6.5.21 г.
Викторов М.В. — 6.5.21–6.24 г.
Векман А.К. — 1924–1926 гг.
Викторов М.В. — 1926–1931 гг.
Флагман флота 2 ранга Галлер Л.М. — 22.8.32–12.36 г.
Флагман 2 ранга Сивков А.К. — 1.1–7.37 г.
Флагман 2 ранга Исаков И.С. — 8.37–2.38 г.
Флагман флота 2 ранга Левченко Г.И. — 2.38–5.39 г.
Вице-адмирал Трибуц В.Ф. — 5.39–15.2.46 г.