Историки спорят: К такому выводу историки пришли, сравнив описания двух персонажей: набожного и чуть ли не слабоумного Фёдора Ивановича и активного и беспринципного Бориса Годунова. Всё очень хорошо складывается: карьерист за спиной царя-марионетки руководит страной и готовит себе почву для будущего царствования. Но есть одна неувязочка. Большая часть дошедших до нас описаний Фёдора Ивановича и впечатлений о нём – это показания иностранных послов и правителей. Все они рисуют примерно одинаковый образ: слегка припухлый и низкорослый добряк, который не то расслаблен, не то неразвитый физически, постоянно любезен со всеми, но на всё смотрит с глуповатой улыбкой – не то юродивый, не то дурачок. Так изображать русского царя могли намеренно, чтобы принизить его значимость и возвыситься на его фоне. Интересно, что обидные записки иностранцев об Иване Грозном подвергаются сомнению, но заметки о Фёдоре – не так часто.
При этом есть небольшие, но подтверждённые свидетельства местных летописцев, где Фёдора называют самым милостивым и справедливым правителем, а его царствование сравнивают по уровню спокойствия с временем Ивана Калиты, когда никто и ничто не беспокоило столицу. Оттого некоторые современные историки и оспаривают устоявшуюся версию: на самом деле Фёдор Иванович был ещё ого-го каким самостоятельным правителем, а Годунов просто был его правой рукой и в нужный момент ловко подсуетился, став самым влиятельным придворным. Оттого все последующие события можно воспринимать двояко – либо как талант Фёдора Ивановича, либо как удачные закулисные интриги Бориса Годунова.
Подтверждая версию историков о несамостоятельности Фёдора, иногда можно встретить упоминание некоего опекунского совета в помощь государю. Но, скорее всего, речь идёт о некоем ближнем круге бояр-помощников, с которыми царь советовался по важным делам. С семействами Годуновых и Захарьиных-Юрьиных к престолу смогли приблизиться и живучие Шуйские, которые, пережив опричнину, всё ещё сохраняли былое богатство и влияние. Именно противостояние Шуйских и Годуновых за спиной царя и запустило семейные разборки, повлиявшие на дальнейшую судьбу династии Рюриковичей.
Фёдор Иванович первым делом убрал подальше из столицы своего сводного братца – царевича Дмитрия. Его вместе с семейством Нагих, родственниками последней жены Ивана Грозного, отправили в Углич, чтобы те не интриговали против Фёдора. Дмитрий Иванович считался бастардом – незаконнорождённым сыном Ивана IV, а потому не мог претендовать на царство. Но все всё прекрасно понимали: если что стрясётся с Фёдором, судьба даст Дмитрию и семейству Нагих шанс подняться из грязи в князи. Поэтому царь и переживал по поводу будущего наследника, но детей у него от Ирины Годуновой не получалось. А это уже беспокоило Годуновых, которые именно через брак Ирины с царём и сохраняли своё влияние. О том, что что-то было неладно в царской чете, мы знаем из пары провальных спецопераций, организованных Борисом Годуновым.