При первом же знакомстве с эскизами Рериха Павел Петрович сказал: «Вы оригинальничать хотите, а сделайте лучше порутиннее, так-то вернее будет». Показанный эскиз был заброшен учеником. Аналогичный случай повторился с эскизом на заданную тему «Медный змий». Рассматривая его, Чистяков заметил: «Чего выдумывать, возьмите Дорэ». Наметанный глаз педагога определил, что сложные замыслы еще не под силу студенту — ему с трудом давался рисунок. Но профессор не учел, что по складу своего характера Рерих просто не мог ограничиваться слепым подражанием. И взаимопонимания между учителем и учеником не установилось.
На переводных экзаменах из фигурного класса в натурный Чистяков подошел к Николаю Константиновичу, и на весь класс раздался возглас: «Да это француз, а не Аполлон, ноги тонки!» «Кажется, провал!» — с тревогой подумал Рерих. Но не растерялся и быстро подправил мускулатуру Аполлоновых икр. Античное происхождение Аполлона Павел Петрович в конце концов подтвердил, и Рерих закончил его курс. Однако успех был обманчивым, и за юношескую поспешность в выводах, помешавших преодолеть недоверие к талантливому педагогу, пришлось впоследствии расплачиваться.
Сложности и противоречия русской общественной жизни конца XIX столетия сказались, конечно, и в области искусства. Президент Академии художеств, великий князь Владимир Александрович, бережно отстаивал чистоту присвоенного ей звания «императорская» и охранял рутинную догматику далекого от жизни «академизма». Но против натиска прогрессивных веяний его усилия оказались тщетными. В 1893 году был разработан новый устав академии, а в 1894 году проведена реформа, обновившая и ее преподавательский состав. Вынуждены были удалиться П. Шамшин, К. Вениг, В. Верещагин. Вместо них пришли И. Репин, В. Маковский, А. Кившенко, А. Куинджи. Действительными членами академии стали В. Суриков, В. Васнецов, В. Поленов, В. Беклемишев, М. Антокольскиц.
Николай Константинович старался постичь значение происходивших перемен. Его душевному складу вряд ли отвечала роль рьяного ниспровергателя старых мастеров, но и безоговорочно подчиняться их авторитету он также не мог. К тому же жизнь за стенами академии опережала проведенную в ней реформу. Все чаще высказывались мнения, ставившие под сомнение взгляды на искусство некоторых новых руководящих педагогов академии.
Рерих, искренне восхищаясь «полубожественностью» Репина как художника, все же сомневался в его педагогических способностях и в непогрешимости некоторых его высказываний о задачах современной живописи. Так же обстояло дело и с другими преподавателями академии, характеристиками которых пестрят страницы студенческих дневников Рериха. Его оценки носят подчас следы юношеской запальчивости, однако они отражают те переломные моменты, которые обусловили коренные сдвиги в русском искусстве в конце XIX и начале XX столетия.
Эстетические взгляды Рериха в студенческую пору не были достаточно зрелы. Но пришел Николай Константинович в академию со своей внутренне осознанной темой, связанной с занятиями археологией, историей Древней Руси. Достаточно четкую направленность имели и его философские искания. Отсюда весьма требовательное отношение молодого студента к своим преподавателям. Ему был нужен не только руководитель в освоении профессиональных навыков, но и педагог, который помог бы овладеть образным языком живописи для воплощения на полотнах исторических сюжетов.
Вначале Николай Константинович занимался у Н. Лаверецкого и И. Пожалостина (головной класс), П. Чистякова и Г. Залемана (фигурный класс). В дальнейшем пришлось учиться у Б, Виллевальде, Н. Бруни, В. Маковского, И. Подозерова. Нередко беспокойный ученик обращался также к тому или иному профессору академии за советами. Показывал свои эскизы Репину и прислушивался к его указаниям.
В 1893 году, то есть в первый год занятий в академии, Рерих работает над композициями: «Плач Ярославны», «Святополк Окаянный», «Пскович», «Избушка пустынная». В 1894 году появляются «Ушкуйник», «Зверя несет», «Иван Царевич наезжает на убогую избушку». В 1895 году — «В греках», эскизы к «Утру богатырства Киевского» и «Вечеру богатырства Киевского». Под впечатлением музыки Римского-Корсакова создается картон «Садко у морского царя», начинается работа над иллюстрациями к первому литературному сборнику студентов университета. Все это носит следы подражаний известным мастерам. Но вместе с тем уже в первых работах намечаются и некоторые характерные для Рериха черты самостоятельного прочтения исторической темы.