Большие познания и любовь к старине выработали у Николая Константиновича чуткость и бережность к лучшим традициям древнерусской иконописи. Тот же Александр Бенуа, отрицая в иконописи художника элемент религиозности, замечает: «…если уж выбирать, то я бесконечно предпочитаю поверхностные, но декоративно прекрасные «фрески» Рериха всему тому богохульству, которое так нагло располагается на стенах упадочных наших церквей. В имитациях Рериха есть все же отражение настоящего искусства, а в том, чем принято «украшать» огромное большинство храмов, видно только отражение корысти ремесленников да глупого чванства «благодетелей».
Примерно то же писал и критик С. Маковский: «…останавливаться на иконописи Рериха я не буду. Отдавая дань его археологическим познаниям, декоративному вкусу и «национальному чутью», все это, бесспорно, есть и в иконах, — я не нахожу в нем призвания религиозного живописца. Рерих — все, что угодно: фантаст, прозорливец, кудесник, шаман, йог, но не смиренный слуга православия». Отсутствие смирения, раскаяния и страха перед «лицом божьим» не могло примирить с работами Рериха для церкви как многих ее служителей, так и паству. Николай Константинович явно предпочитал библейское изречение, обращенное к людям: «А я говорю, вы — боги».
К наиболее известным произведениям Рериха на религиозные темы относятся исполненные в 1904–1907 годах станковые композиции и эскизы для мозаик «Сокровище ангелов», «Борис и Глеб», «Апостолы Петр и Павел», «Архистратиг Михаил». Эти произведения созданы на основе тщательного изучения древнерусской живописи. Для них характерны старые иконописные принципы композиции, филигранность письма, сочетания трех-четырех цветов.
В 1906 году Рерих, получив большой заказ на роспись церкви в киевском имении Голубевых Пархомовка, создает двенадцать эскизов. За этой работой следуют эскизы мозаик для церквей в Шлиссельбурге (1906) и Почаевской лавре (1910), четыре эскиза для росписи часовни во Пскове (1913), двенадцать панно для молельни виллы Лившиц в Ницце (1913).
Николай Константинович очень своеобразно раскрывал религиозные темы. В этом отношении особого внимания заслуживает оформление церкви св. Духа в Талашкине. Уже издалека бросается в глаза изумительная по красоте мозаика на портале храма. Она сверкает огненно-красными, золотистыми, бирюзовыми тонами. Центральную часть мозаики занимает громадное изображение Нерукотворного Спаса. По лаконизму это изображение напоминает иконопись XII–XIII веков. Справа и слева от лика расположены фигуры трубящих архангелов, за ними крепостные башни и стены, а выше, над пламенеющими облаками, композицию замыкает «град нездешний». Скорбные, как бы насквозь пронизывающие глаза Христа преисполнены человеческой болью.
Стремясь возродить принципы древнерусской мозаики, Рерих отказался от характерных для мозаичных работ конца XIX — начала XX века измельченных, зеркально отшлифованных материалов и остановил свой выбор на горящей чудесными переливами нешлифованной смальте. Значительность образа, выразительность композиции, крупные куски смальты делают мозаику подлинно монументальной.
Не сохранился до нашего времени внутренний декор храма — композиция «Царица Небесная». Она особенно интересна своеобразным толкованием религиозного сюжета. Намерение разместить роспись в алтарной абсиде вызвало протест со стороны Смоленской епархии, но церковь строилась на личные средства Тенишевой, и это препятствие удалось обойти.
«Царица Небесная» изображена сидящей на троне без традиционного младенца на руках. Ее изображение организует сложную символическую композицию. Основание трона опирается на незыблемую твердь земную, которую омывает «река жизни». К ногам царицы, борясь с бурными волнами, устремляются в утлых челнах люди. Голова владычицы достигает надземных сфер, и ангелы славят ее. Роспись венчает шествие пророков, поклоняющихся кресту.
Используя архитектурные детали храма, Рерих с большим мастерством решает сложную, трехъярусную композицию. Особую красоту и декоративность придают ей богатейшие орнаменты, созданные по мотивам русского народного искусства.
Но в самом решении образа «Царицы Небесной» уже явно чувствуется пантеизм религий Востока, которые признают бога лишь в его творении.