Под руководством Рериха в течение нескольких лет школа Общества поощрения художеств преобразилась до неузнаваемости. Александр Бенуа, назвав перестройку школы чудом, писал: «Это чудо произошло благодаря энергии одного человека, одного художника — Рериха, заслуживающего все большего и большего уважения за ту последовательность, с которой он борется за живое искусство против мертвечины и казенщины. Рерих во имя своего хорошего дела готов взять на себя подвиг иметь сношения с самыми скучными людьми, и при этом он искусно проводит свою линию, не слишком оскорбляя их, не слишком ускоряя свое наступательное движение, зато производит его с тем большими и верными результатами».
Действительно, представители царствующей фамилии и их ставленники, с которыми Рериху часто приходилось иметь дело, требовали к себе «особого подхода». Известно, что, работая над портретом Николая II, Серов должен был показать полотно Александре Федоровне. Императрица сочла уместным сделать несколько замечаний относительно рисунка и композиции. Опешивший художник не сдержался, подал ей палитру и предложил самой дописать портрет своего венценосного супруга.
На одной из выставок Александра Федоровна «осчастливила» своим замечанием и Рериха. Окинув взыскательным взглядом «Половецкий стан», она строго спросила, как могла попасть грязь на небо. Сопровождавший ее государь со свойственной ему неуверенностью высказал предположение, что это, пожалуй, не грязь, а дым от костра.
Однажды президент Академии наук великий князь Константин Константинович обругал безобидный этюд Браза, а затем требовательно спросил у Рериха: «Зачем фонарь кривой?» Николай Константинович выбрал наиболее понятный для великого князя ответ: «Вероятно, сломался». Однако ответ не понравился, и художник нажил себе недоброжелателя.
Не удивительно, что при таком «высоком покровительстве» отношение к искусству и со стороны чиновных лиц выражалось иногда в весьма странных формах. Так, например, перед открытием одной из годовых выставок в школе Общества поощрения художеств приехал туда помощник градоначальника генерал Вендорф и придрался к работам натурного класса. Выставку-де могут посетить уважаемые особы со своими дочерьми, а тут расставлены скульптуры и развешаны картины, непозволительные для приличного общества.
Вызывают Рериха. Генерал наотрез запрещает открытие выставки с работами натурного класса. Рерих категорически отказывается снять экспонаты. Наконец, генерала осенила «гениальная» мысль, и он в виде компромисса предложил прикрыть «недопустимые места». «Не берусь решить, где начинается и где кончается недопустимость, — сказал Николай Константинович, — и поэтому прошу вас в присутствии преподавателей указать, что именно подлежит прикрытию».
Когда разбушевавшийся начальник удалился, Рерих созвал педагогов и учеников и сообщил им об оригинальном решении генерала. Решение надлежало выполнить, однако о способах выполнения точных инструкций не последовало, и Николай Константинович сказал, что он не будет стеснять инициативы исполнителей.
Не прошло и часа, как улыбающиеся ученики старших классов доложили Рериху, что все сделано. Рерих идет на выставку и застает там необычное оживление. Оказывается, ученики устроили из разноцветной папиросной бумаги замысловатые юбочки и штаны. К вечеру выставочные залы были переполнены. Посетители шумели, смеялись, возмущались, в газетах появились негодующие рецензии.
На другой день к Рериху спешно приезжает второй помощник градоначальника Лысогорский и смущенно начинает: «Профессор, ведь это скандал». — «Да еще какой прискорбный скандал, — отвечает Николай Константинович. — Я чрезвычайно сожалею о распоряжении генерала Вендорфа». Лысогорский продолжает: «Но ведь так не может оставаться. Нужно найти выход». — «К сожалению, выход зависит не от меня, а от градоначальства», — парирует Рерих. После долгих переговоров Лысогорский попросил снять с выставки хотя бы один этюд, чтобы не пострадал авторитет вышестоящего начальства.
— Реорганизацию школы Общества поощрения художеств Николай Константинович начал с обновления преподавательского состава. В школу были приглашены В. Матэ, Я. Ционглинский, И. Андрелетти, Г. Малышев, И. Билибин, К. Вроблевский, В. Шуко, А. Шусев, палешанин Д. Тюлин и др.
Рерих восстановил регулярные заседания педагогического совета, который при Сабанееве собирался два раза в год перед экзаменами. На совете коллегиально обсуждались все важнейшие вопросы. В его работе чувствовались хорошая слаженность и деловитость. А. Рылов вспоминает: «Заседания совета не были надоедливыми, без лишних словопрений. Свою идею о какой-нибудь реформе Рерих выносил сначала на обсуждение двух-трех близких товарищей (Бобровского, Химоны и меня), а затем в «курилке» потолкует с другими преподавателями, узнает их мнение и тогда уже готовое доложит общему собранию преподавателей. Вопрос настолько уже бывал продуман, что возражений не встречал и принимался единогласно».