На западной (каспийской) оконечности Туркестана нестабильность сохранялась до начала 1880-х гг., а мелкие местные правители и просто главари разбойников продолжали свои традиционные набеги на сопредельные земли, грабежи, пиратство на Каспии, захват невольников, работорговлю. В 1880–1881 гг. в ходе Ахалтекинских экспедиций генерала М.Д. Скобелева туркменские земли были подчинены России. Но, отделенные от Туркестанского генерал-губернаторства территориями Бухары и Хивы, они не могли управляться из Ташкента, и потому были переданы в ведение властей Закавказского края. Контроль над Туркменией был установлен не одномоментно: лишь в 1884 г. к России присоединился Мерв (Мары). Годом позднее произошло столкновение с афганскими отрядами у Кушки. Войска генерала Комарова одержали победу в этом бою местного значения, и южная граница Русского Туркестана стабилизировалась на широте Кушки. Еще десять лет понадобилось для стабилизации границы края в верховьях Амударьи – р. Пяндж. В 1895 г. по договору между Англией и Россией Афганистан вернул Бухаре захваченные ранее районы Памира, и основная часть его отошла под контроль России. Первым Памирским отрядом русской армии командовал капитан В.Н. Зайцев, в прошлом туркестанский адъютант генерала М.Д. Скобелева (впоследствии – в начале XX в. – начальник Ошского уезда Ферганской области и… тесть капитана А.Е. Снесарева – в свою очередь начальника Памира в 1902 г.).
Целый ряд авторитетных специалистов, знакомых со Средней Азией практически и по многу лет, не считал указанное разрешение среднеазиатского вопроса окончательным. Так, генерал Л.Ф. Костенко еще в 1871 г. указывал, что логичным было бы дальнейшее продвижение России до Гиндукуша, т. е. присоединение Афганского Туркестана с проведением вполне естественной границы народов и зон политического влияния великих держав. «Наша задача, – писал он, – стать хозяевами по сю сторону Гиндукуша». Генерал М.А. Терентьев придерживается того же мнения, но признает, что с прекращением в 1881 г. активной деятельности ген. Кауфмана закончился «героический период» освоения Туркестана, хотя и до того много десятилетий инициатива местных властей и командования сдерживалась столицей и МИДом в интересах «сердечного согласия» с европейским «концертом». Даже для лучших дипломатов XIX в. (включая, прежде всего, Горчакова) Туркестан оставался досадным препятствием на западном направлении внешней политики. Дело доходило до получения генерал-губернатором Кауфманом более чем странных инструкций министра иностранных дел Горчакова. Так, генерал Терентьев цитирует на тот момент (Вторая англо-афганская война) секретную депешу: «…не увлекаться перспективой того первенствующего значения в Средней Азии, которое мы за собой закрепили». Напротив, многим государственно-мыслящим специалистам была понятна мысль М.А. Терентьева: «Будь мы вовремя сильны в Средней Азии, многого могли бы достигнуть и на Балтике, и в Азии Малой».
При этом, по сей день непонятно, по какой из двух причин тот же Горчаков в беседе с Кауфманом не советовал последнему продвигаться из Ташкента в Хиву через… Кашгар: то ли это и вправду поразительное незнание географии Азии («на это у меня есть Стремоухов» – начальник Азиатского департамента МИД), то ли тонкий намек (он же опасение) на вполне логичный геополитический балансир – Кашгар в деле подчинения Хивы. И хотя, скорее всего, прав генерал Терентьев, и Горчаков ухитрился перепутать Коканд с Кашгаром, весьма возможен и второй вариант (в случае, конечно, его оглашения самим Кауфманом; сам Горчаков никогда бы и не задумался о данной возможности, напоминая Кауфману: «меня только заботит, чтобы не восстановить против себя Англию»).
Дело в том, что генерал Кауфман в своей среднеазиатской политике неплохо следовал некоторым традициям великого Тимура (Тамерлана), а тот в конце жизни как раз и поставил под контроль Кашгар – для скорейшего подчинения Монголии и Китая. То и другое было необходимо Тимуру для континентального геополитического уравновешивания восстановленной им державы Александра Македонского возрождением в том или ином объеме державы своего предшественника и кумира Чингисхана. В свою очередь, именно в период ввода ограниченного контингента войск Кауфмана в Синьцзян прорабатывался вопрос ограниченной войны с Китаем, в связи с чем Н.М. Пржевальский (находясь в Урге – нынешнем Улан-Баторе) даже составил план операции на Пекинском направлении.