Самое непростое положение создалось в XVIII – первой половине XIX вв. на территории Большой орды южнее двух предыдущих – в бассейне Сырдарьи и оз. Балхаш. Ханов там никогда не было, правил ордой ряд султанов. В бассейне Сырдарьи орда поначалу контролировала такие города, как Ташкент и Туркестан. В середине XVIII в., когда пало Джунгарское ханство, орда разделилась: часть ее переместилась в кочевья Джунгарии, часть – к Балхашу и р. Чу. Казахи Большой орды настолько досадили к концу столетия всем своим соседям, что были вынуждены под их давлением рассеяться в семипалатинско-сибирском и акмолинско-уральском направлениях. Те, кто остался в бассейне Чу, в 1798 г. были покорены правителем Ташкента. А поскольку в 1814 г. Ташкент подчинило себе Кокандское ханство, остаток Большой орды также подчинился Коканду. Коканду не подчинились остатки Большой орды у рек Чу и Или, а также близ гор Алатау. В 1819 г. правивший в Средней орде сын Аблая обратился к России за покровительством. Тогда же пограничные с Китаем остатки Большой орды (часть которой ранее смешалась со Средней) также получили содействие
России: для их защиты построили крепость Копал. Однако до самого 1847 г. власти России мирились с претензиями Китая на территории к востоку от Балхаша. Лишь тогда было принято за данность, что это земли подданных России – казахов.
В то же самое время пришлось принимать меры и против претензий Коканда на подчинение казахов. Стоило казахам и киргизам начать подчиняться России, как в их землях появились кокандские сборщики налогов. В 1850 г. из Копальской крепости начали посылать отряды для оттеснения кокандцев, а в 1854-м было основано укрепление Верное – впоследствии Алма-Ата, что сделало возможным соединение Оренбургской и Сибирской укрепленных линий. Стабилизация российской власти в степи позволила в 60-е гг. провести здесь административную реформу по проекту генштабистов генерала Гугковского, полковников Проценко и Гейнса. Было утверждено широкое выборное начало, упразднены султаны, «белая кость» (степная знать) лишилась властной монополии. Стабилизация казахских степей позволила в конце 50-х и в течение 60-х гг. преобразовать данные территории в области под контролем МВД, а не военной администрации. Так завершился к 1873 г. 139-летний период упрочения влияния России в степях Казахстана. Около ста лет при этом, напоминает генерал Терентьев, было потеряно на поддержку формально полномочного, но фактически лишенного авторитета института ханской власти. В то же самое время к концу XVIII в. Россия отгородилась от степи следующими укрепленными линиями: Уральской длиною 700 верст, Оренбургской в 1100 верст, Ишимской (Горькой) в 600 верст, Иртышской в 1100 верст. (Всего эти линии включали 48 крепостей и 96 редутов.) Но среди этих линий были и такие, которые «свисали как люстры с потолка» в меридиональном направлении и между собой были слабо связаны. В результате агрессивная часть сопредельных кочевников получала удобные коридоры для вторжений.
Главная же проблема, признавал еще в 40-е гг. оренбургский губернатор генерал Обручев, пока не могла быть решена именно потому, что летние кочевья казахов находились на землях России, тогда как зимние – на землях Хивинского ханства. Без подчинения в той или иной степени Хивинского ханства влиянию России о полной стабильности и порядке в Казахстане оставалось только мечтать. Нерешенность хивинской геополитической проблемы в 1820-е гг. дополнилась и усугубилась проблемой кокандской. Возникшее в XVIII в. на территории в основном Ферганы Кокандское ханство усилилось и становилось все агрессивнее. Оно завладело Ташкентом, укрепилось в бассейне Сырдарьи (где возникла целая цепь кокандских крепостей) и резко активизировалось в Казахстане; набеги кокандских войск в направлении российских границ становились все более дерзкими. Русские укрепления и станицы внутри степи служили, по определению генерала Терентьева, неплохими «громоотводами» внутренней нестабильности Казахстана, но не кардинальным решением проблемы внешней безопасности степных регионов. В то же самое время активизация двух сопредельных с Казахстаном и далеко не дружественных России ханств – Хивы и Коканда – с первой половины XIX в. подстегивалась интригами Англии в Афганистане, Бухаре и обоих ханствах и даже попытками конкретной поддержки (в т. ч. военно-технической). Активность Англии нарастала в ходе Первой афганской войны, а затем войны Крымской.
Следует отметить, что против кокандского господства в первой половине прошлого века не единожды восставали за Балхашем казахи Старшего жуза (Большой орды). После этих неудачных восстаний Семиречье (территория данного жуза) перешло под покровительство России. В 1860 г. русские войска и казахские ополченцы вместе защищали от кокандских войск г. Верный, и после победы над кокандцами при Узун-Агач все Семиречье перешло в состав России. Тем самым многовековое соседство России с Казахстаном завершилось его окончательным вхождением в Российскую империю.