Ягоду давно уже принято считать верным сталинским сатрапом, который на определенном моменте перестал устраивать «тирана». Но ряд данных свидетельствует об обратном. Ягода вовсе не был таким уж подхалимом, во всем поддакивающим Сталину и высшему партийному руководству. Довольно часто он противопоставлял себя партийным верхам, проявляя качества ведомственного вотчинника, имеющего свои «хозяйственные» интересы. А какие интересы могут быть у вотчинника, если он стоит во главе тайной полиции? Понятно какие — стремиться всячески усилить свою власть над свободой и жизнью людей. Что Ягода и старался делать, иногда пытаясь обходить Сталина и Политбюро. Причём ведомственный сепаратизм стал проявляться у него ещё с начала 20-х годов.
«В 1922 году столкнулись между собой нарком юстиции Курский, Прокурор республики Крыленко и управделами ГПУ Ягода, — пишет Е. А. Прудникова. — Речь шла о внесудебных приговорах ГПУ по делам собственных сотрудников. По-простому говоря, первые двое считали, что чекистов, совершивших должностное преступление, следует судить на общих основаниях, а Ягода отстаивал право структуры самой наказывать своих преступников. Конфликт выплеснулся наверх, в форме письма Сталину, последующие десять лет его решали, да так толком и не решили… В 1931 году, в порядке оздоровления кадров, первым заместителем председателя ОГПУ Менжинского был назначен старый большевик И. А. Акулов, „профсоюзник“, до того зам. наркома РКИ — в общем, „варяг“, из партийцев. И вот какую историю рассказал бывший чекист Михаил Шрейдер: „Характерной для различия позиций, занимаемых Ягодой и Акуловым, была оценка вскрытого мною летом 1932 года дела о массовом хищении спирта на Казанском пороховом заводе (я был тогда начальником экономического отдела ГПУ Татарии). По делу проходило 39 работников ГПУ Татарии. Акулов, поддерживаемый Менжинским, настаивал, чтобы всех участников хищений и взяточников, состоявших на службе в органах, судили по всей строгости на общих основаниях. Ягода же считал, что это будет позором для органов, а потому всех этих преступников надо тихо, без шума снять с работы и отправить служить куда-нибудь на периферию, в частности в лагеря…“ Акулова вскоре из органов выдавили, Менжинский умер, и Ягода стал начальником политической полиции СССР» («Хрущёв. Творцы террора»).
А вот ещё один, ярчайший пример. 8 мая ЦК и СНК приняли постановление «О прекращении массовых выселений крестьян» (его подписали Сталин и Молотов). «Однако руководство ОГПУ его игнорировало, и потому только спустя год и пять месяцев была подписана Ягодой секретная Инструкция, адресованная всем партийно-советским работникам и всем органам ОГПУ, суда и прокуратуры от 27 октября 1934 года, — пишет С. Кузьмин. — Г. Г. Ягода добился оставления за собой права производить аресты без санкций прокуроров в отношении лиц, обвиняемых в террористических актах, взрывах, поджогах, шпионаже, нарушении границы, политическом бандитизме, а также — членов антипартийных группировок» («Лагерники»).