К 1999 году боевики лишились современной зарубежной аппаратуры разведки, пеленгования и регистрации, возможности ведения радиоперехвата и создания помех в радиосетях федеральных сил. В значительной степени была ликвидирована и система связи НВФ. Поэтому они перешли к тактике проведения диверсий против федеральных сил и органов государственной власти, после чего одной из основных задач РЭБ стало подавление радиоканалов управления фугасами.
В августе 2001 года Указом Президента РФ войсковые части радиоразведки были реорганизованы в Центры приема информации. Так, в с. Мещерино Московской области функционирует 476-й центральный пункт приема и обработки информации ГРУ (в/ч 03770).
Во время Грузино-Осетинского конфликта в августе 2008 года для выявления и вскрытия группировки войск Грузии широко использовались средства радиотехнической и радиоразведки, беспилотные летательные аппараты (далее — БПЛА) типа «Гермес».
В этих условиях положительную роль сыграли средства радиотехнической разведки РЭБ ВВС. Уже в первый день военных действий была выявлена работа радиоэлектронных средств зенитно-ракетных комплексов (далее — ЗРК) «Оса» и «Бук» в районе Гори и Тбилиси, которые в первых же вылетах силами авиации ВВС были выявлены и подавлены.
В ходе конфликта для прикрытия ударной авиации от средств ПВО Грузии применялись: вертолеты Ми-8ППА со станциями радиопомех «Азалия» для подавления РЛС, Ми-8СМВ-ПГ со станциями радиопомех «Смальта — ПГ» для подавления РЛС управления оружием ЗРК «Бук-М1» и С-125.
Интенсивность применения группировки РЭБ ВВС была крайне высокая. Вертолеты — постановщики помех в воздухе дежурили практически круглосуточно, за исключением получасовых перерывов на заправку и отдых операторов, а самолеты — постановщики помех дежурили в воздухе до 12–16 часов в сутки. Усилиями этой группировки боевые возможности грузинской ПВО были существенно снижены.
В данном конфликте на силы и средства РЭБ Сухопутных войск возлагались следующие задачи: вскрытие (выявление) радиообстановки в зоне боевых действий; радиоподавление систем и средств управления войсками, разведки и РЭБ противника; снижение эффективности применения противником средств радиоподавления; обеспечение электромагнитной совместимости радиосредств.
Применением наземных средств РЭБ в тактическом звене удалось снизить эффективность работы передовых авианаводчиков и корректировщиков артиллерийского огня противника. Успешно действовал в вооруженном конфликте 1077-й отдельный батальон РЭБ. При проходе Рокского тоннеля его средствами РЭБ были подавлены радиолинии управления БПЛА с потерей 3-х грузинских аппаратов.
Противодействие техническим средствам разведки противника обеспечивалось:
— путем радиоэлектронного поражения выявленных средств воздушной радиолокационной и радиотехнической разведки Грузии, уничтожением БПЛА «Гермес»;
— введением ограничений на работу радиосредств с излучением в новых районах;
— радиоподавлением средствами частей РЭБ каналов передачи разведданных, радиосвязи и управления Грузии;
— специальной защитой технических средств передачи и обработки информации;
— выявлением технических каналов утечки информации и проведением мероприятий по их устранению.
В целом, организацию РЭБ и эффективность средств РЭБ, применяемых в ходе операции по принуждению Грузии к миру, российское командование признало удовлетворительными. Хотя и запоздалые, но принятые дополнительные меры позволили исключить дальнейшие потери авиации и способствовали обеспечению господства в воздухе ВВС России.
5 октября 2014 года Свободная сирийская армия захватила Центр РЭР, который использовался совместно ГРУ и одной из сирийских спецслужб. Центр, расположенный около Аль Хары, имел огромное значение для Сирийской республики, так как он осуществлял перехват и расшифровку радиопереговоров всех повстанческих групп действующих в Сирии.
С целью обеспечения Сирии и Ирана ситуативной информацией по Ближнему Востоку, Россия усовершенствовала этот Центр. После модернизации, которая была проведена в период с января по февраль, он смог осуществлять радиоперехват на территории всего Израиля и Иордании, а также значительной части Саудовской Аравии.
Модернизация была проведена в ответ на обеспокоенность, высказанную Ираном в связи с тем, что Центр слишком сосредоточен на сирийской гражданской войне, не уделяя должного внимания разведдеятельности в отношении Израиля. По этой причине на разведбазу было доставлено новое оборудование и направлен дополнительный персонал.
Поскольку при захвате Центра РЭР были обнаружены только стационарные и выработавшие свой ресурс приборы, не было никаких сомнений в том, что более современное оборудование и российский персонал были заблаговременно с базы эвакуированы.