Начиная с эпохи Канъэй (1624.II-1644.XII) наметилась новая тенденция в развитии секретной службы оммицу. К этому времени ситуация в стране в значительной степени стабилизировалась, и период опасливого отношения к потенциальным мятежникам-даймё ушел в прошлое. Тайные агенты все меньше и меньше использовались для слежки за князьями и их вассалами, и в целом их численность резко сократилась. Однако система секретной агентуры не разрушилась окончательно, хотя и претерпела коренные изменения. Этому в немалой степени способствовало бурное развитие городов, прежде всего Эдо, Киото и Осаки, формирование городского сословия, увеличение численности населения в стране, рост числа крестьянских выступлений. В этих условиях усилия тайной службы все чаще направлялись на поддержание порядка и контроль за настроениями масс. Таким образом система мэцукэ постепенно трансформировалась из секретной службы политического и военного характера в полицейский аппарат. В этот период многие специалисты по нин-дзюцу стали переходить под начало городских и храмовых управляющих (бугё). А деятельность по контролю за даймё, хотя и не была полностью свернута, но продолжалась в гораздо меньших масштабах.
Так, многие ёрики (полицейские) из числа Кога-моно заняли важные посты в полицейской структуре, а Ига-моно по большей части остались на прежнем месте службы, в качестве садовников-телохранителей и лишь некоторые из них поступили на службу в полицию. Такая разница в судьбах Ига-моно и Кога-моно объясняется различиями в их подготовке. Дело в том, что Кога-моно по большей части были выходцами из слоя тюнинов. Поэтому они владели не только приемами рукопашного боя, разведки и маскировки, но и навыками анализа, оценки ситуации, глубоко разбирались в человеческой природе. А вот ниндзя из Ига, комплектовавшие ряды «садовников», владели, в основном, приемами уровня гэнин — могли тайком прокрасться куда надо, убить кого нужно и бесследно исчезнуть. Только все это для полицейского-стражника большого значения не имело.
Переход из службы безопасности сёгуната в полицейское ведомство не мог не повлиять на содержание подготовки бывших ниндзя. Теперь им приходилось разоблачать и задерживать разного рода преступников. Отсюда повышенный интерес к технике обезоруживания, связывания, конвоирования, пыток и допроса свидетелей. С другой стороны, старинные шпионские методы проникновения в охраняемые помещения и крепости, сближавшие ниндзя с ворами, из системы обучения полицейских агентов были изъяты. Фактически, это привело к полному пересмотру наследия нин-дзюцу, которое теперь рассматривалось с точки зрения преследователя, а не с точки зрения преследуемого.
Интересно, что даже многие приемы боя новых полицейских были позаимствованы из арсенала синоби периода Сэнгоку-дзидай. Так классическим оружием мэцукэ стали дзюттэ (затупленная металлическая дубинка с «усиком» для защемления меча), манрики-гусари (цепь с грузиками на концах) и рокусяку-бо (шест около 180 см длиной). Эти 3 вида в период Токугава назывались «мицу-догу» — «3 приспособления». Они считались наиболее эффективными видами оружия в бою с фехтовальщиком, вооруженным мечом. Кроме того, манрики-гусари и дзюттэ можно было легко спрятать в складках одежды, чтобы не выдавать свою принадлежность к мэцукэ, и использовать в толпе или тесном пространстве. Известно, что древнейшей школой бу-дзюцу, специализировавшейся в овладении манрики-гусари, была Масаки-рю, которую основал Масаки Тосимицу, начальник охраны центральных ворот Эдо. По легенде, он стремился исключить всякую возможность вооруженного конфликта в таком ответственном месте. Однако, по мнению известного американского исследователя японских бу-дзюцу Дона Дрэгера, использование этих видов оружия отражало снижение мастерства фехтовальщиков, поскольку только в этом случае мэцукэ мог приблизиться достаточно близко к своему противнику, чтобы использовать такое короткое оружие как дзюттэ. Для сравнения, в период Сэнгоку-дзидай в число мицу-догу входили такие мало известные ныне виды оружия как сасумата (двузубое копье), содэгарами (багор с шипами для зацепления клинка противника) и цукубо (Т-образное шипастое оружие). Эти 3 вида оружия имели длинные древки, позволявшие держать мастера кэн-дзюцу на дистанции.
Спрос на подготовленных ниндзя катастрофически упал. Многие отпрыски старинных семей, практиковавших нин-дзюцу, забросили тренировки по дедовским рецептам. И вправду, зачем было им истязать себя до изнеможения на протяжении целого ряда лет, если потом от полученных навыков все равно не было никакого проку? Период расцвета нин-дзюцу уже миновал, и оно неуклонно деградировало. Лишь единицы во всей стране Восходящего солнца овладевали приемами нин-дзюцу в полной мере. Те из них, кто не находил себе применения на государственной службе или на службе даймё, становились разбойниками. Возможно, именно поэтому документы XVII–XIII вв. содержат столь много сообщений о супер-ворах.