Гринев прибывает в крепость, похожую на небольшую деревушку. В ней всем заправляет жена коменданта крепости Василиса Егоровна. Петр познакомился с молодым офицером Алексеем Швабриным, который вводит его в курс дел и рассказывает о семье коменданта крепости. Гринев узнал, что Швабрин попал в крепость из-за дуэли. Швабрина и Гринева пригласили на обед в дом коменданта Ивана Кузьмича Миронова. Молодые люди приняли приглашение. На улице Гринев увидел военные учения: взводом инвалидов командовал сам комендант. Он был «
Гриневу понравилась семья коменданта, и в особенности Маша. Он посвятил ей стихи о любви. Петр стал офицером. Со Швабриным у них сначала установились дружеские отношения, но колкие замечания в адрес Маши очень раздражали Гринева. Петр имел неосторожность показать свои любовные стихи Алексею, и тот вновь высказал резкие замечания, коснувшись Маши. Гринев назвал Швабрина лжецом и получил от Швабрина вызов на дуэль. Узнав о дуэли, Василиса Егоровна приказала арестовать молодых офицеров и забрать у них шпаги. А позже тайна поведения Швабрина разъяснилась: Швабрин некогда сватался к Маше, но она ему отказала. Спустя некоторое время дуэль возобновилась: Швабрин ранил в ней Гринева.
Савельич и Маша ухаживают за раненым. Гринев признается Маше в своих чувствах и делает ей предложение. Маша согласна. Гринев в письме просит отца благословить его на брак с дочерью коменданта крепости. Ответ пришел, но он отрицательный, благословенья отец не дает, да еще и откуда-то узнал про дуэль… Кто доносчик – неизвестно. Возможно, это Швабрин. С виду он осознал свою вину и даже пришел просить у Петра прощения. Маша не желает выходить замуж без благословения отца, возникла неловкая ситуация, и молодые люди стали избегать друг друга.
Комендант получает приказ укрепить крепость ввиду того, что сбежавший донской казак Емельян Пугачев собирает большую шайку. Пугачеву уже удалось разграбить несколько крепостей, а офицеров повесить. Военная тайна держалась недолго: через Василису Егоровну вскоре новости распространились по всей крепости. Пугачев подсылал лазутчиков в селения казаков с листовками, где были угрозы повесить тех, кто не признает Емельяна государем и не примкнет к его шайке. Удалось поймать одного из таких лазутчиков, изувеченного башкирца. У бедного пленного не было носа, языка и ушей. По всему было видно, что бунтует не впервые и знаком с пытками. Иван Кузьмич по предложению Гринева решил утром отправить Машу из крепости в Оренбург. Гринев и Маша простились. Василиса Егоровна решает остаться с супругом в крепости.
Маша не успела уехать в безопасное место. Под покровом ночи казаки покинули Белогорскую крепость и перешли на сторону Пугачева. В крепости осталось совсем немного защитников, они не смогли отстоять крепость, и Пугачев захватил ее. Многие тут же присягнули разбойнику, который провозгласил себя царем. Он казнил коменданта и Ивана Игнатьевича. Следующим должны были казнить Гринева, но Савельич бросился в ноги Пугачеву и умолял оставить его в живых, обещая за жизнь молодого барина выкуп. Пугачев согласился, но потребовал от Гринева поцеловать руку. Гринев отказался: он предпочел бы такому унижению смерть. Но Пугачев все равно помиловал Петра. Оставшиеся в живых солдаты и жители крепости также перешли на сторону разбойников и все целовали руку «государя» Пугачева, который для этой цели уселся в кресло на крыльце комендантского дома. Разбойники грабили дом коменданта, вытаскивая из сундуков и шкафов посуду, перины… Старую Василису Егоровну не пожалели и вытащили на крыльцо раздетую: один из бандитов позарился на ее душегрейку. Боевой дух жены коменданта не был сломлен: она проклинала бандитов до тех пор, пока не была убита. Пугачев уезжает на белом коне.
Гринев переживает, успела ли спрятаться Маша. В разграбленном доме коменданта он находит Палашу и от нее узнает, что маша – в доме попадьи. Ужаснувшись (в доме попадьи пируют разбойники!) Петр бросается туда. Попадья рассказывает, что Швабрин уже успел присягнуть разбойнику, остригся в кружок и пирует с Пугачевым, а Маша лежит в горячке. Пугачеву попадья заявила, что девушка приходится ей племянницей. К счастью Швабрин не выдал правды Пугачеву.
В разговоре Савельич напоминает Гриневу, что Пугачев – их бывший провожатый, которому Петр подарил заячий тулуп.