Что явилось непосредственной причиной создания «Военной коллегии»? На одном из допросов самозванец говорил, будто учредил ее по просьбе сподвижников для управления войском во время своих отлучек из Берды. Однако «Военная коллегия» продолжала действовать и во время пребывания «государя» в Берде. По всей видимости, «Петр Федорович» не желал утруждать себя лишней работой. По словам судьи пугачевской «Военной коллегии» Ивана Творогова, учреждена она была самозванцем потому, «что ему наскучило давать самому указы свои тем, которые, приходя к нему со стороны, изъявляли свое усердие набирать в его службу людей или грабить помещичьи домы и самих [помещиков] убивать, так [же] как и разбирать многие жалобы на Башкирцев и казаков, в его толпе находящихся, в обидах и разорениях, народу причиняемых». О нежелании Пугачева лично разбирать жалобы, а также заниматься делами повстанческих командиров, находившихся в отдалении от Оренбурга, говорил и секретарь этой коллегии Максим Горшков[389].
Очевидно, что главный повстанческий орган управления получил свое название от Военной коллегии, находившейся в Петербурге, потому что именно этому правительственному учреждению подчинялись все казаки и им приходилось иметь дело главным образом с ним. Впрочем, пугачевская «Военная коллегия» мало походила на настоящую. Последняя делилась на три экспедиции, в ее штате состояли президент, вице-президент, а также советники в генеральском чине и асессоры в полковничьем. Что же касается пугачевской «Военной коллегии», то в первые месяцы существования она состояла из четырех судей, секретаря, думного дьяка и еще нескольких сотрудников. В ее компетенцию входили как военные, так и гражданские вопросы (впрочем, в условиях войны порой сложно отделить одно от другого)[390]. Вот как обрисовал деятельность этого учреждения советский историк В. А. Спирков: «Члены Государственной военной коллегии занимались составлением манифестов и указов, ведали судом и расправой, вводили казацкое самоуправление на территории, отвоеванной восставшими, поддерживали связь с отдельными очагами восстания и иногда даже направляли их боевую деятельность, налаживали связь с заводами и заказывали им оружие для восставших. Наряду с этим Государственная военная коллегия ведала денежной казной, запасами продовольствия и фуража, комплектованием войска, назначением командного состава и присвоением учрежденных Е. Пугачевым воинских званий, награждением отличившихся повстанцев медалями, деньгами или другими материальными ценностями. Военная коллегия принимала меры для укрепления дисциплины в войсках, боролась с мародерством среди восставших, пыталась практически осуществить лозунги восстания, выдвигавшиеся в повстанческих манифестах, и т. п.». К этому исчерпывающему списку можно добавить, пожалуй, лишь еще одну сферу деятельности: обеспечение неимущего населения продовольствием[391].
Создавая «Военную коллегию», Пугачев назначил в нее судьями яицких казаков Андрея Витошнова, Максима Шигаева и Данилу Скобычкина, а также илецкого казака Ивана Творогова. Главным судьей стал Витошнов, за ним следовал Творогов, «а Шигаев, хотя и ниже их сидел, но как он был их замысловатее и любимее больше самозванном, то они следовали больше его советам». Кстати, Шигаев также отвечал в войске за раздачу денег, за «прием» и «отпуск» провианта и прочего награбленного добра[392]. Единственным грамотным из четверки судей был Творогов, а потому «для письменных дел» в коллегию были определены: думным дьяком — яицкий казак Иван Почиталин, секретарем — илецкий казак Максим Горшков, письмоводителями («повытчиками») яицкие казаки Семен Супонев (Супонин) и Иван Герасимов; бузулуцкий казак, бывший писарь Игнатий Пустоханов и, наконец, еще один бывший писарь Иван Григорьев с Твердышевского завода. Кроме того, в «Военной коллегии» в качестве секретарей-переводчиков служили яицкий казак Балтай Идеркеев, переводивший с восточных языков, и пленный офицер Михаил Шванвич, отвечавший за французский и немецкий языки. После поражения Пугачева под Оренбургом весной 1774 года из членов «Военной коллегии» уцелел только Творогов — остальные или попали в плен, или погибли. Однако орган не прекратил своего существования. В качестве единственного судьи в нем продолжал служить Творогов, а должности секретарей и «повытчиков» исполняли различные грамотеи из простонародья, например бывшие работные люди или заводские писари. Наиболее яркой фигурой среди них был беглый мценский купец Иван Трофимов, который у бунтовщиков действовал под именем Алексей Дубровский. Он был автором самых радикальных антидворянских воззваний от имени Петра III. Пугачевская «Военная коллегия» прекратила существование после окончательного разгрома повстанческого войска 25 августа 1774 года в битве у Солениковой ватаги под Черным Яром.