На следствии Перфильев вспоминал, как они с Герасимовым по дороге из Петербурга засомневались в том, что «простой человек мог назваться государем». Припомнили разговоры, ходившие на Яике, будто «государь не умер, а жив и неизвестно каким образом из-под ареста выкраден и освобожден». А коли так, то человек, которого Орлов называет самозванцем, никакой не самозванец, а самый настоящий государь — «ему надобно где-нибудь объявиться». Пораскинув мозгами, казаки решили, что если Герасимов признает государя (он уверял товарища, будто императора «видал много раз») «и другие какие доказательства их о сем уверят», то они не станут выполнять данный им приказ: «Как, де, можно нам свои руки поднять на государя, их главы помазанныя?» Кроме того, рассуждали казаки, «бог знает, чью сторону держать: государя или государыни? они между собою как хотят, так и делят, а нам нечего в их дела вступаться. Неравно, де, ево сторона возьмет, так мы в те поры безо всего пропадем, а лутче останемся у него служить».
Приехав в Яицкий городок около Николина дня (6 декабря), Перфильев и Герасимов явились к коменданту Симонову и рассказали, «с чем они из Петербурга сюда присланы». Герасимова комендант «послал для исполнения порученного дела на Нижние Яицкие фарпосты», а Перфильева, дав в сопровождающие трех казаков, отправил непосредственно «в толпу к самозванцу». Сопровождающими, кстати, были «непослушные» казаки, которые, как нетрудно догадаться, сочувствовали самозванцу; однако послать с Перфильевым казаков «старшинской стороны» по понятным причинам было невозможно. По дороге, разговорившись с провожатыми, Перфильев рассказал им, зачем едет к Пугачеву. Те закричали на него:
— Нет, не моги ты етова делать, мы тебя изколим, ежели хоть чуть станешь что-нибудь предпринимать. Он, мы слышали, точный государь, и прислал к войску указ, в котором обещает нас жаловать многими милостьми. Мы еще в городке будучи, догадались, что вы с Герасимовым недаром из Петербурга приехали, и хотели было по приезде в Берду на тебя до-несть, но хорошо, что сам нам открылся, и мы тебе еще подтверждаем, что не моги етого делать.
Перфильев просил не доносить на него и обещал, что «станет с ними служить верно» и никакого зла «царю» не причинит.
Прибыв в Берду, Перфильев первым делом явился к войсковому атаману Андрею Овчинникову, «которой притом и ему, Перфильеву, был великой друг». Однако Афанасий не стал сразу открываться ему, а сказал, что, «будучи в Петербурге, услышав про проявившагося здесь государя, бежал оттуда с тем, чтоб вступить к нему в службу».
— Как же ты, не окончивши нашего войсковаго дела, оттуда ушол? — неожиданно спросил Овчинников.
— Да что же уже нечева там поклоны-та терять: вить сам знаешь, что не скоро дождешься конца. А я прослышал, что здесь государь, так разсудил: лутче здесь у него милости искать.
Овчинников согласился, добавив:
— Мы теперь и сами резолюцию делаем. Пойдем, я тебя представлю государю.
«Государю» Перфильев повторил ту же версию бегства из Петербурга. Пугачев, выслушав его рассказ, спросил:
— Полно, правда-ли ето, не шпионствовать ли ты пришол, а не подослали ли тебя меня извести?
— Нет, ваше величество, я, право, отнюдь против вас не имею никакова злова намерения, сохрани меня господи, а приехал с тем, чтоб усердно вам служить.
— Ну, когда ето правда, так будь здесь, служи мне так, как и другие ваши казаки служат верно. И хотя бы ты и подлинно с злодейством каким сюда ко мне прислан, так я етого не боюсь и думаю, что со мною никто сего не зделает. А в Петербурге-то уже нечего вам просить, мы и без прозьбы с ними разделаемся.
Несколько погодя Пугачев спросил Перфильева:
— Как обо мне в Петербурге говорят?
— Да бог знает, батюшка, мы от больших господ ничего не слыхали, а слышали в кабаках от черни, да и то не вьявь, а тихонько говорят, что явился де около Оренбурга император Петр Третий и берет города и крепости.
Пугачев быв явно доволен таким ответом:
— Ето правда, ты сам видишь, сколько теперь взято крепостей, а народу у меня, как песку. А дай сроку, будет время, и к ним в Петербург заберемся, моих рук не минуют. Я знаю, что вся чернь меня везде с радостию примет, лишь только услышит.
По окончании аудиенции Перфильев получил «красной суконной кавтан да денег 13 рублев» и быв определен в команду Овчинникова.
Перфильев «охотно» остался у самозванца, возможно, со временем даже поверив, что он и вправду царь, ибо, находясь в его войске, видел, что все бунтовщики считают его таковым, в том числе и «многие самовидцы покойного государя». Через дня три после приезда в Берду Перфильев, будучи наедине с Овчинниковым, по-дружески открылся ему, кем и зачем был послан. Атаман, выслушав друга, успокоил: